关联交易错用加计抵减
此类风险是指部分总分机构、同一控制下的公司之间发生关联交易，违反“总分机构、同一控制下的公司间发生应税交易，取得的进项税额不得计提加计抵减额”的规定，利用关联交易增加（或改变）开票（或取票）主体，将只能由1个主体加计抵减的进项税额，人为由2个以上主体重复加计抵减；或者将不具备加计抵减资格的主体取得的进项税额，人为由具备加计抵减资格的主体申报加计抵减额。
案例一：乙公司为高新技术制造业企业，同时为甲公司全资子公司。在乙公司符合加计抵减政策条件后，甲公司在无合理商业目的情况下，将原自行采购的原材料转至乙公司采购后再转销给甲公司。乙公司在计算加计抵减金额时未扣减此部分关联交易取得的进项税额。
进项转出未及时足额调减
此类风险是指部分企业发生按规定应作进项税额转出情形，转出进项税额后，未及时调减或未足额调减加计抵减额；或者加计抵减资格到期的企业，在转出加计抵减期间进项税额时，未追溯调减对应的加计抵减额。
案例二：A公司为高新技术制造业企业。2025年3月A公司购进一批原材料用于生产制造，当月按适用政策申报享受了增值税加计抵减政策。2025年9月A公司将3月购进的原材料中部分用于食堂改造，相应增值税进行了进项税额转出，但在计算加计抵减金额时未进行相应调减处理。
出口业务错用加计抵减政策
此类风险是指部分出口企业有出口免抵退或出口免税销售额，但对应的进项税额全额计提加计抵减，未剔除出口对应的进项税额；或者企业存在出口应征税货物，对应的进项税额按内销计提加计抵减额，存在超额计提风险；或者纯出口企业违规计提加计抵减额。
委托加工业务错用加计抵减额
此类风险是指部分企业委托其他加工企业开展加工业务，未按正常业务取得加工费专用发票，而是抵扣原材料的同时将原材料开具发票销售给受托加工企业，再回购加工后的产成品取得购进货物的进项发票抵扣，从而重复抵扣原材料的进项税额，虚增加计抵减额。
案例三：A公司为高新技术制造业企业，有部分工艺需要委托B公司进行加工，A公司和B公司未按委托加工业务进行签约，而是直接将需要加工的原材料全部销售给B公司，并开具增值税发票，B公司完成加工后再全部返销给A公司，A公司取得增值税进项税发票，并申请了加计抵减政策，A公司通过销售-回购模式虚增进项税额，重复计提加计抵减额。
不符合高新技术企业相关条件
此类风险是指部分企业不具备高新技术企业资格，或者实际不符合高新技术企业条件，违规计提加计抵减额。
案例四：A公司2023年取得高新技术企业资格，但2024年A公司受到市场转型和同类产品大量涌现的冲击，2024年度高新技术产品（服务）收入占同期总收入的比例不到40%，虽然2025年时其高新技术企业资质尚在有效期内，但已无法达到高新技术制造业企业的标准。
案例五：B公司2023年取得高新技术企业资质，相关产品在市场处于领先地位，2024年销售额也从原0.90亿元突破到2亿元以上，但企业在2024年的研发投入并未相应增长，同时在产品定型且已可批量生产的情况下仍将技术微调的费用计入“研究开发费”，虚增研发支出。2025年，其高新技术企业资质尚在有效期内，但近三年研发费用占比不达标，已无法达到高新技术企业的标准。
但上述A、B公司在2025年仍然对取得的增值税进项税额计提加计抵减额，违规享受加计抵减政策。
未实际从事制造业或销售额占比不足
此类风险是指部分企业名义为制造业，实际未从事制造业或者制造业销售额占比未达到50%（不含），但错误享受加计抵减政策。
案例六：A公司为高新技术制造业企业，自身开展生产、制造、销售产品，同时兼营为其他企业提供设计、咨询、安装等综合业务。随着产品不断成熟，企业年度收入中服务业收入占比已实际超过产品制造销售收入，但A公司仍然对取得的增值税进项税额申请了加计抵减政策，将设计、咨询、安装等综合业务收入全部计入制造业销售额，增加销售额占比，错误享受加计抵减政策。
委托加工业务错误计入制造业销售额
此类风险是指部分企业将委托加工产品销售收入错误计入制造业销售额，扣除该部分销售额后，制造业销售额占全部销售额的比重实际未达到50%（不含），错误享受加计抵减政策。
案例七：A公司为高新技术制造业企业，即自身生产、制造、销售产品，同时也开展为其他企业提供委托加工和设计、咨询等综合业务。有部分工艺需要委托B公司进行加工，A公司和B公司未按委托加工业务进行签约，而是直接将需要加工的原材料全部销售给B公司，并开具增值税发票，B公司完成加工后再全部返销给A公司，A公司取得增值税进项税发票，并申请了加计抵减政策，A公司将委托加工收入计入制造业销售额，增加销售额占比，错误享受加计抵减政策。