企业所得税
在企业所得税中，税务合规处理的关键要素是实际的用工人数和支付的劳动或劳务报酬。一方面，企业所得税要求企业按期申报本单位的从业人数，作为企业所得税基础申报内容。另一方面，企业支付给员工的劳动或劳务报酬属于企业的生产经营成本，主要涉及工资薪金支出和劳务费支出两个核心要素。
第一，从业人数既是企业所得税基础申报内容之一，更是小型微利企业和高新技术企业的认定标准之一，要准确把握要求。其中，小型微利企业认定标准要求从业人数不超过300人，高新技术企业认定标准要求企业从事研发和相关技术创新活动的科技人员占企业当年职工总数的比例不低于10%。可见从业人数直接影响企业是否能享受相应税收优惠政策。企业所得税中的从业人数核算口径，是与企业建立劳动关系的职工人数和企业接受的劳务派遣用工人数之和，即未建立劳动关系或属于劳务关系的非全日制用工、季节性用工、临时性用工等不计入该统计范围。而高新技术企业认定标准中的职工总数统计口径则有所区别，包括企业在职、兼职和临时聘用人员。其中，在职人员可以通过企业是否签订了劳动合同或缴纳社会保险费来鉴别；兼职、临时聘用人员全年须在企业累计工作183天以上。
第二，工资薪金支出和劳务费支出都属于企业的用工成本，均具备税前扣除属性，但扣除标准有所不同。工资薪金支出是劳动关系下支付的报酬，需要满足工资薪金支出税前扣除要求；劳务费支出是劳务关系下支付的报酬，需要取得合规的发票或合理凭证作为税前扣除凭证。对此，要着重把握工资薪金支出的合规性要求：一是支付工资薪金的对象应是与企业具有任职或受雇关系的员工，具体可通过劳动合同或事实劳动关系认定等法定标准予以把握。二是支付的工资薪金必须是合理的，应准确把握《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函[2009]3号）规定的“合理工资薪金”的确认原则。三是支付的工资薪金必须是实际发生的，尚未支付的应付工资薪金支出不能在当期纳税年度扣除，而是在实际支付时准予扣除。上述三项合规性要求均涉及代扣代缴个人所得税之法定义务，该义务的履行是判定工资薪金支出是否合理及能否在企业所得税税前扣除的核心条件。
第三，企业所得税对企业主要的灵活用工方式提出了明确的合规性要求。一是劳务派遣员工。企业支付给劳务派遣员工的报酬，需要依据支付方式计入不同的扣除项目。一方面，对于按照劳务派遣协议约定直接支付给劳务派遣公司的费用，应作为劳务费支出。比如，在研发费用加计扣除政策下，人员人工费用包含的外聘研发人员劳务费用，就特指接受劳务派遣的企业按照协议（合同）约定支付给劳务派遣企业，且由劳务派遣企业实际支付给外聘研发人员的工资薪金等费用。另一方面，对于直接支付给劳务派遣员工个人的费用，应作为工资薪金支出和职工福利费支出。二是季节工、临时工、实习生以及退休返聘人员。企业支付给上述人员的费用应计入劳务费支出还是工资薪金支出这一问题争议已久，解决这个问题的关键是识别是否存在雇佣关系，即是否存在劳动关系或事实劳动关系。如果双方建立了劳动关系或事实劳动关系且企业代扣代缴了“工资、薪金所得”个人所得税的，企业可将这部分费用作为工资薪金支出进行税前扣除。如果双方建立了劳务关系且企业取得发票或者合法凭证的，企业可将这部分费用作为劳务费支出进行税前扣除。
个人所得税
在个人所得税中，企业多元化用工方式的税务处理主要涉及“工资、薪金所得”和“劳务报酬所得”两个项目，劳动关系下支付的持续性劳动报酬应纳入“工资、薪金所得”项目，劳务关系下支付的临时性劳务报酬应纳入“劳务报酬所得”，企业应依据与用工对象的法律关系精准适用应税项目，并遵循个人所得税扣缴要求。
第一，企业在向传统用工方式下的员工支付劳动报酬时，应当作为扣缴义务人按“工资、薪金所得”采用累计预扣法计算预扣个人所得税，并按月办理全员全额扣缴申报。全员全额扣缴申报是企业作为扣缴义务人的法定义务，税收征收管理法对扣缴义务人应扣未扣的法律责任作出了明确规定。企业应重点关注“全员”和“全额”两方面税务合规要求。一方面，“全员”要求企业应当为全体员工按“工资、薪金所得”扣缴申报税款，全体员工的范围是以个人所得税法实施条例对“工资、薪金所得”作出的同类解释为依据，即以任职或受雇为判断标准。而任职或受雇的本质特征是存在劳动关系，既包括通过订立劳动合同确立的劳动关系，也包括未订立劳动合同但符合劳社部发[2005]12号规定的事实劳动关系。另一方面，“全额”要求企业扣缴申报的计税依据是支付给员工的属于“工资、薪金所得”应税项目的全部劳动报酬。个人所得税法实施条例对“工资、薪金所得”应税项目作出的是不完全列举，即“个人因任职或者受雇取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得”都属于“工资、薪金所得”应税项目。同时，有关文件也通过有限列举的方式反向明确了不属于“工资、薪金所得”的项目，比如，《国家税务总局关于印发〈征收个人所得税若干问题的规定〉的通知》（国税发[1994]89号）规定，独生子女补贴、托儿补助费、差旅费津贴、误餐补助等不属于工资、薪金性质的补贴、津贴。
第二，企业在向灵活用工方式下的用工对象支付劳务报酬时，原则上应当作为扣缴义务人按“劳务报酬所得”按月或按次代扣代缴个人所得税。但是，并非所有灵活用工方式下支付的报酬都属于“劳务报酬所得”。一是企业与非全日制员工、季节性用工、临时性用工等签订劳动合同，应按照“工资、薪金所得”扣缴申报个人所得税。二是企业返聘退休人员，如果退休人员符合《国家税务总局关于离退休人员再任职界定问题的批复》（国税函[2006]526号）和《国家税务总局关于个人所得税有关问题的公告》（国家税务总局公告2011年第27号）规定的“退休人员再任职”界定条件，应按“工资、薪金所得”扣缴申报个人所得税。三是劳务派遣员工与劳务派遣单位存在劳动关系，取得的报酬应按“工资、薪金所得”缴纳个人所得税，具体的代扣代缴主体需要根据支付主体确定。如果用工单位按照劳务派遣协议约定直接支付给劳务派遣公司，再由劳务派遣公司支付给劳务派遣员工个人，则劳务派遣单位是代扣代缴主体；如果用工单位直接支付给劳务派遣员工个人，则由用工单位代扣代缴个人所得税，再由劳务派遣员工按照从两处以上取得工资、薪金所得办理自行纳税申报。