首先，从会计的角度看一下，土地增值税清算是清算什么？
根据土地增值税清算的公式，收入－成本费用＝增值额，计算得出增值额，然后用增值额计算出增值率，按超率累进税率计算出土地增值税税额。
上述公式很容易使人联想到动态会计等式：收入－费用＝利润。
将这两个公式核算内容核对后会发现，其实这两个公式反映的内容大同小异。
第一，这两个公式中“收入”所反映的内容基本相同，土地增值税反映的内容稍窄，反映的是房地产企业利润表中主营业务收入，不包括出租、利息等其他收入。
第二，这两个公式中“费用”反映的内容相同，但在量化方面，土地增值税对管理费用和销售费用按照土地及开发成本的5%计算、对财务费用按照实际发生（需符合清算规定要求）和按照土地及开发成本5%两者中较大者计算，并且对房地产企业开发的项目，可以按照土地及开发成本总额的20%抵减收入；会计等式中的“费用”则是全部实际发生的费用。虽两者有所不同，但皆反映了企业一定时期的经营成果，是企业综合经营成果的反映，因此，增值额和利润都是综合指标。增值额在一定程度上反映了收益，收益的大小与收入和成本相关，同时与增值率密切相联。对普通住宅来说，因为低于20%的增值率免征土地增值税，所以，企业在制订销售价格时要做好税收筹划，避免因销售价格高而收益反而较低的情况发生。
其次，从部门职能来看，土地增值税清算到底是企业哪个部门应该做的事情？
按照从大到小，由远及近的思路，从宏观来说，税收政策是国家宏观调控的手段之一，和行政、信贷、法律等一道起着举足轻重的作用。企业，作为国家经济的一个小的单元，时刻受到政策的指导。财务部门由受过专业培训尤其是税收和会计法规培训的人员担当，肩负着管理和反映企业经济运行成果的重任，同时接受国家和行业的监督和检查。虽然企业经济运行成果最终由财务部门来反映，但从当代管理理念及方法，经济运行成果是企业各个部门协同、全体人员共同努力的结晶，而不是某个人某个部门的业绩反映。正因如此，涉及到企业方方面面的土地增值税清算，绝不仅仅是财务部门能单独完成的，它需要企业各个部门的全力配合。为了做好土地增值税的清算，企业需要从立项开始，按照企业规划要求，搭建企业税收筹划平台，将税收事项纳入预算管理、内部控制工作之中，监控企业运行，及时反映运行情况，使企业围绕战略目标开展各项工作。简言之，土地增值税清算工作需要由财务部门牵头，公司各部门协同才能完成。
第三，公司各部门如何协同？
房地产开发一般采用项目公司制，公司结构相对简单。主要部门包括销售、工程（含预算）、财务、办公室等。根据上述土地增值税清算等式可知，收入主要涉及销售部门，销售部门需要配合财务部门做好商品房销售合同、收款、库存商品房等资料提供和核对；成本费用方面涉及到工程、办公室等，办公室（或档案管理部门）需要配合财务做好工程合同、图纸、企业证照（如土地使用证、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、建筑工程施工许可证、商品房预售许可证、房产证等）、招投标书等的提供；工程需要配合财务做好工程款支付与合同核对、工程签证变更、工程预决算、设计变更等，并需对清算中出现的工程方面疑问做出解释。财务需要把账务与合同等资料汇总，列示资料清单，并根据账簿收入编制收入汇总表（列示到凭证号，并与销售合同一一核对）；根据成本编制成本明细表（主要包括土地征用及拆迁补偿费、前期费用、基础设施、建筑安装、公共配套、开发间接费用等）；根据缴纳的税费编制税费缴纳明细表，此表要求按年度及税费明细核对，列示时同样要求有凭证号。基础工作做好后，清算便是水到渠成的事情。
