风险提示一：土地增值税和增值税预征税款计征依据存在税税差异
根据现行政策，纳税人采取预收款方式销售自行开发的房地产项目土地增值税和增值税均实行先预缴后清算（申报）的征管模式，但土地增值税和增值税计算预缴税款的计征依据并不相同，存在税税差异。
《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》（国家税务总局公告2016年第70号）规定，土地增值税预征的计征依据=预收款-应预缴增值税税款。
《国家税务总局关于发布〈房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法〉的公告》（国家税务总局2016年18号公告）规定，纳税人应预缴增值税=预收款÷（1+适用税率或征收率）×3%，适用一般计税方法计税的，按照11%的适用税率计算；适用简易计税方法计税的，按照5%的征收率计算。
根据前述规定，纳税人采取预收款方式销售自行开发的房地产项目无论是适用一般计税方法还是简易计税方法，其土地增值税预征税款的计征依据都与增值税预缴税款的计征依据不同。
风险提示二：土地增值税应税收入确认需把握两个要点
《财政部 国家税务总局关于营改增后契税、房产税、土地增值税、个人所得税计税依据问题的通知》（财税〔2016〕43号）规定，土地增值税纳税人转让房地产取得的收入为不含增值税收入。
70号公告进一步明确，适用增值税一般计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税销项税额；适用简易计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税应纳税额。
由于房地产开发业务增值税差额征税规定和预缴规定的存在，使得土地增值税应税收入确认容易出现错误。防范此类风险需把握以下两个要点：
一是差额征税情形下土地增值税应税收入与增值税不含税销售额不一致，存在税税差异，土地增值税应税收入应当按增值税实际税率进行价税分离。
二是土地增值税应税收入不包含的增值税是指纳税人申报的增值税销项税额或应纳税额，而非预缴的增值税额。
风险提示三：允许抵减的增值税销项税额在土地增值税清算时应当调增房地产开发成本
根据《财政部关于印发〈增值税会计处理规定〉的通知》（财会〔2016〕22号）规定，房地产开发企业适用一般计税方法的，因允许从销售收入中扣减土地价款、拆迁补偿费等而允许抵减的销项税额应当贷记“开发成本”科目，即适用一般计税方法允许抵减的增值税销项税额会计上作冲减“开发成本”处理。
根据70号公告规定，适用增值税一般计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税销项税额，即土地增值税应税收入的确认按照增值税实际税率进行价税分离。
由于销项税额在计算时已扣除土地价款、拆迁补偿费等，即依据18号公告和140号文件计算的销项税额已经抵减了允许抵减的销项税额，故土地增值税确认的转让房地产应税收入中包含允许抵减的销项税额。
综上，纳税人自行开发房地产项目并适用增值税一般计税方法的，因从转让房地产收入中扣减土地价款、拆迁补偿费等而允许抵减的增值税销项税额会计上冲减房地产开发成本，而土地增值税则确认为应税收入，产生税会差异。尽管土地增值税的增值额是依据税法规定计算的增值额而非会计上核算的增值额，但土地增值税清算时允许扣除的房地产开发成本仍然是以会计上核算的房地产开发成本为基础确定的，而根据现行土地增值税规定，实际发生的房地产开发成本允许在土地增值税清算时扣除。故土地增值税清算时，由于确认的转让房地产应税收入已包含允许抵减的增值税销项税额，而会计上对允许抵减的增值税销项税额又作了冲减房地产开发成本处理，则清算时应当相应调增房地产开发成本，否则将导致该允许抵减的增值税销项税额被重复确认，造成土地增值税多缴。
风险提示四：不得抵扣的进项税额应当区分情况记入相关扣除项目
43号文规定增值税进项税额，允许在销项税额中计算抵扣的，不计入扣除项目，不允许在销项税额中计算抵扣的，可以计入扣除项目。
22号文规定一般纳税人不得抵扣的进项税额借记相关成本费用或资产科目，即不得抵扣的进项税额应当增加相关成本、费用或调增资产的计税基础。根据《企业会计准则》、《小企业会计准则》等规定，因管理不善造成购进货物、固定资产、无形资产等被盗、丢失、霉烂变质不得抵扣的进项税额应当记入“管理费用”；因自然灾害、意外事故、违反法律法规被依法没收、销毁、拆除等造成货物、固定资产、无形资产等不得抵扣的进项税额应当记入“营业外支出”。
如前所述，房地产开发业务土地增值税成本、费用项目的划分以会计上的划分为基础确定，现行土地增值税规定中也未对不得抵扣进项税额的划分作出特殊规定，故纳税人自行开发房地产项目不得抵扣的进项税额应当根据会计规定区分情况分别确认为“取得土地使用权所支付的金额”、“房地产开发成本”、“房地产开发费用”和“营业外支出”。其中计入“取得土地使用权所支付的金额”、“房地产开发成本”的依法加计扣除；计入“房地产开发费用”的依法计算扣除；计入“营业外支出””的因不属于可以扣除的项目，在清算时不得扣除。
