股权转让生效的时间在司法实践中一般有三种观点：一是以合同签订并生效的时间为准，但这种观点在司法实务中得不到支持，因为合同签订生效不等于履行，合同缔约双方均有可能违约并按照合同履行违约责任，最终股权转让并未实际发生；二是按照被转让企业股东名册内部登记为准，部分人民法院采纳这种观点，但由于内部登记信息较难采集，税务部门难以适用；三是按照公司登记机关办理股权变更手续的时间作为股权转让时点，部分人民法院按照此种观点裁判。
在税收实践中，股权转让企业所得税的纳税义务发生时间以股权变更手续日为准，信息容易采集，确定性较强，而股权转让个人所得税则不完全按照股权变更手续日确定纳税义务发生时间。《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号，以下简称67号文）列举了“受让方已支付或部分支付股权转让价款”“股权转让协议已签订生效”等多个条件，满足其中之一的，就要在主管税务机关申报纳税。实践中，由于个人转让股权的纳税义务发生时间较难把握，大部分纳税人依然是在办理股权转让手续时申报缴纳个人所得税。现结合案例进行解析。
案例
2020年12月，A公司与B公司签订股权转让协议，将全资子公司M公司100%股权以1000万元的价格转让给B公司，股权转让协议签订即生效。2021年10月，A公司收到B公司股权转让款1000万元，M公司股东名册将B公司登记为股东，据此A公司会计账簿记载股权转让收入1000万元；2022年2月，M公司在公司登记机关办理了股权变更手续。
A公司持有M公司股权的计税基础为200万元，在2021年度确认股权转让所得800万元（1000－200），由于该企业2016年度亏损800万元，因此2021年度弥补亏损后应纳税所得额为0。
税务分析
本案例涉及三个时间，2020年股权转让协议生效，2021年收到合同价款、股东名册记载并进行会计记账，2022年办理股权变更手续。《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函[2010]79号）规定：“企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。”因此本案例中股权转让收入应在2022年确认，A公司在2021年确认收入属于提前确认，应对2021年应纳税所得额进行调减，同时对2022年应纳税所得额进行调增。由于2016年产生的亏损弥补截止期限为2021年，因此2022年确认收入时不能再弥补这部分亏损。由案例可以看出，提前确认收入并非一定对纳税人不利。