范围界定模糊
部分支出是否属于职工福利费存在争议，如企业为员工提供的非货币性福利（如免费住房、车辆使用等），需判断是否属于“为职工生活、住房等所发放的各项补贴和非货币性福利”范畴。
对于新型福利形式（如员工心理健康服务、职业培训补贴等），现行政策未明确列举，企业需自行判断是否符合职工福利费定义。
核算与归集困难
企业需单独设置账册对职工福利费进行准确核算，但实际操作中，部分企业难以清晰区分职工福利费与其他费用（如管理费用、销售费用），导致核算不准确。
对于跨部门、跨项目的福利支出，如何合理分摊和归集到职工福利费科目存在困难。
扣除限额计算复杂
扣除限额以“工资薪金总额14%”为基准，但工资薪金总额的计算需排除职工福利费、职工教育经费、工会经费及社会保险费等，企业需准确计算基数，否则易导致扣除限额错误。
对于存在大量临时工、实习生或劳务派遣员工的企业，其工资薪金总额的计算需区分直接支付和间接支付，增加了计算难度。
福利性补贴的定性问题
列入工资薪金制度、固定与工资薪金一起发放的福利性补贴，可作为工资薪金支出税前扣除；未列入的则作为职工福利费计算限额扣除。企业需准确判断补贴是否符合“列入工资薪金制度”的条件，否则可能面临税务调整。
特殊情形处理
对于已实行医疗统筹的企业，为员工报销的医药费不属于职工福利费扣除范围，但企业需明确区分已统筹和未统筹的情况，避免误扣。
企业接受外部劳务派遣用工时，直接支付给员工个人的费用需作为工资薪金支出和职工福利费支出分别处理，企业需准确区分两种支出类型。