来源：陇上税语
企业重组 2026 年第 13 号公告新旧政策变化与争议问题总结
一、新旧政策的核心变化
变化 1：一致性税务处理——股东同意门槛从 100% 降至 50%
背景：近年来上市公司吸收合并案例激增（如国泰君安吸并海通证券等），上市券商股东众多，达成 100% 一致意见几无可能。即便设有现金选择权机制，受股价波动影响，实际行权比例通常极低。
变化 2：首创“部分适用”特殊性税务处理机制
- 达成一致部分：居民企业股东对应的被合并企业资产/负债，适用特殊性税务处理（暂不确认所得，计税基础平移）。
- 未达成一致部分：对应资产/负债适用一般性税务处理（当期确认所得，按公允价值确认计税基础）。
变化 3：扩大重组当事各方股东类型范围
关键澄清：非居民企业等类型股东本身按现行规定进行所得税处理，但不影响居民企业股东适用特殊性税务处理。
变化 4：股权锁定期要求扩展
变化 5：新增简便计税方法
对适用一般性税务处理的资产和负债，合并（分立）企业可选择以下方式：
- 原方法：按公允价值逐项确认计税基础（核算负担高）。
- 简便方法：按原计税基础确认，将公允价值与原计税基础的差额单独作为一项资产，自重组日所属年度起分 10 年均匀在税前摊销扣除。
- 限制：一经选择，不得改变。
变化 6：适用时间
适用于重组日在 2026 年 1 月 1 日以后的企业重组业务。重组日按 2015 年 48 号公告规定确定（通常以市场主体变更登记完成日为准）。
二、明确解决的争议问题
争议 1：非居民企业类型股东是否影响居民企业股东适用特殊性税务处理
长期争议：合并/分立业务中，若被合并企业股东包含自然人、合伙企业、契约型资管产品或非居民企业，居民企业股东能否适用特殊性税务处理？此前各地执行口径不一。
现已明确：合并中被合并企业股东和分立中被分立企业股东，可以是自然人、合伙企业、契约型资管产品、非居民企业。上述股东应按现行规定进行所得税处理，不影响居民企业股东适用特殊性税务处理。
争议 2：是否需要所有股东 100% 同意
长期争议：4 号公告要求“当事各方应采取一致税务处理原则”，但未明确是需 100% 同意还是按比例同意。
现已明确：不需要所有股东同意，但须同时满足以下三个条件：
- 持股≥5% 的居民企业股东：全部须同意；
- 前十大居民企业股东：全部须同意；
- 同意的居民企业股东合计持股比例超过 50%。
争议 3：部分适用特殊性税务处理时的操作方法
长期争议：此前企业层面只能“全有或全无”，缺乏“部分适用”的操作规则。
现已明确：
- 股东层面：达成一致的居民企业股东暂不确认所得，计税基础平移；未达成的确认所得，按公允价值确定新股计税基础。
- 企业层面：按股东持股比例拆分资产/负债，分别适用特殊性和一般性税务处理。
- 计税基础：合并企业取得资产按比例分别确认（特殊性部分按原计税基础，一般性部分按公允价值，或选择简便方法）。
- 提供简便计算方法以减轻核算负担。
争议 4:12 个月内转让股权的后果
现已明确：
- 持股≥5% 的居民企业股东及前十大居民企业股东，若在 12 个月内转让股权，全部追溯调整为一般性税务处理。
- 其他股东 12 个月内转让导致合计比例低于 50%，同样追溯调整。
- 已进行特殊性税务处理的，当事各方应按规定进行调整。
争议 5：全部为自然人股东的合并/分立能否适用特殊性税务处理
间接明确（收紧）：新公告要求“达成一致的居民企业股东合计持股比例超过 50%"。若全部为自然人股东，则无居民企业股东可以达成一致，意味着此类合并/分立不能适用特殊性税务处理。此前部分拟上市公司案例中的做法现已被否定。
三、依然没有解决的问题
未决问题 1：股权收购和债务重组是否适用“部分特殊性税务处理”
新 13 号公告仅解决企业合并、分立中的一致性税务处理问题。对于股权收购及债务重组是否可以参照适用，公告未提及，有待后续明确。
未决问题 2：承担债务是否计入“非股权支付”从而影响 85% 股权支付比例
财税【2009】59 号明确“承担债务属于非股权支付”，但在吸收合并与分立中，承担债务几乎不可避免。计算 85% 股权支付比例时如何处理，实务中存在严重分歧：
- 观点一（有税务机关倾向）：承担债务属于非股权支付，应从交易支付总额中扣除。
- 观点二（学者主张）：计算股权支付比例应站在股东层面。如果股东未取得现金支付，全部为被分立企业股权，则股权支付比例为 100%。
此问题在新 13 号公告中未涉及，争议依然存在。
未决问题 3：简便方法下“打包增值资产”日后处置时的计税基础
选择简便计算方法后，公允价值与原计税基础的差额被“打包”为一项资产分 10 年摊销。但企业日后处置具体资产时，该具体资产的计税基础如何确定？是否需要考虑已摊销的增值部分？公告未明确。
未决问题 4：混合支付（股权支付 + 非股权支付）情况下的复杂计算
当选择特殊性税务处理的股东同时取得了 15% 以下的非股权支付（如现金）时，股东层面和企业层面的所得确认与计税基础计算将更为复杂。公告未提供具体计算规则。
未决问题 5：新公告实施前已有合伙企业/非居民企业股东参与的重组如何处理
新公告解读称“进一步将合伙企业、契约型资管产品、非居民企业纳入合并、分立业务股东范围”。这引发担忧：在新公告实施之前，若存在此类股东，居民企业股东是否原本就不能适用特殊性税务处理？各地是否会对此类过往重组事项进行“回头看”并补税？目前尚无定论。
未决问题 6：“打包增值资产”分 10 年摊销的纳税申报问题
“打包增值资产”分 10 年税前摊销势必需要通过纳税申报表来实现，这意味着纳税申报表可能需要相应修改。
未决问题 7：“部分适用”特殊性税务处理时，亏损弥补问题
59 号文规定被吸收合并方的亏损，吸收合并方可按公式计算限额扣除。但在“部分适用”特殊性税务处理时，是否按原公式计算限额后再乘以“部分适用”的比例？公告未予明确。
未决问题 8：新公告可能制造的新争议
- “连坐”机制的可操作性：关键股东 12 个月内转让股权导致全部当事方追溯调整，对非上市公司而言，若某股东因资金链断裂被迫转让，可能引发连锁反应。
- 隐性要求：若企业的居民股东少于十个，“前十大居民企业股东”意味着全部居民股东必须同意，实际上可能比 50% 门槛更严格。
- 刚性限制：简便方法“一经选择不得改变”，若企业后期发现不利也无法更改。
四、总结评价
所得税新 13 号公告解决了一些历史争议，但也留下了部分未决问题，甚至可能引发新的讨论。政策的完善与实践磨合仍需时间。
本报告基于国家税务总局公告 2026 年第 13 号及官方解读、相关学习笔记综合分析整理。