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凌恩生物Stereo-seq双样本方案上线!FF / FFPE 一网打尽

凌恩生物Stereo-seq双样本方案上线!FF / FFPE 一网打尽 VG生信软件
2026-06-01
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导读:转录组学技术的发展,核心是不断提升对生物样本的解析精度。传统的bulkRNA测序只能获得组织的平均表达信息,

转录组学技术的发展,核心是不断提升对生物样本的解析精度。传统的bulkRNA测序只能获得组织的平均表达信息,掩盖了细胞异质性;

单细胞转录组的出现,让转录组学第一次实现了单细胞水平的基因表达定量,解决了细胞异质性的核心问题,但无法进行细胞的空间定位,也无法将基因表达特征与组织形态学变化关联起来。
直到空间转录组技术的出现,我们终于第一次,在不破坏组织原有结构的前提下,同时获得了基因表达的定量信息和空间位置信息。

图  小鼠全脑细胞类型高分辨率空间图谱

DOI: 10.1038/s41586-023-06812-z

Stereo-seq不仅提供了传统转录组学难以企及的空间维度信息,更能系统解析不同细胞类型与亚型的空间分布及复杂互作。通过对基因表达空间位置的精确还原,研究人员可深入洞察生理与病理条件下细胞的原位行为与功能,推动科研与临床跨越生物学认知的边界。

图  Stereo-seq时空转录组的技术优势

从凌恩生物推出空间转录组Stereo-seq技术上线以来,已经完成了涵盖动物、植物、肿瘤、胚胎等多种类型样本的检测,均获得了高质量、高分辨率的空间转录组数据,应用效果广受好评。
在此基础上,我们现已正式承接FFPE(福尔马林固定石蜡包埋)样本,进一步拓展样本适用范围,助力更多研究项目。

图  FFPE样本时空转录组的应用方向

图  Stereo-seq可以实现FFPE样本中宿主-微生物的高分辨率原位共分析

DOI: 10.1016/j.cell.2025.08.008


Stereo-seq凭借其卓越的空间解析能力,在多个领域展现出了不俗的应用效果,以下是几个最具代表性的应用方向:

发育分化研究:
胚胎发育是时空高度协调的过程。Stereo-seq可原位绘制不同阶段的全转录组空间图谱,揭示基因表达在胚层中按空间坐标有序启动的分子逻辑。

图  人脑发育不同区域NPC亚群和RGs的分子差异的时空分布

DOI: 10.1016/j.cell.2023.11.016

时空图谱构建

生物发育与疾病演化具有高度时空特异性。Stereo-seq可构建组织或器官的全转录组时空图谱,精确定位基因表达的空间异质性与时间变化规律。

图  人类母胎界面亚微米级空间转录组分析

DOI: 10.1038/s41586-026-10316-x

疾病机制研究:
疾病的发生发展往往伴随特定空间位置的分子异常。Stereo-seq可以原位解析病变组织的转录组空间异质性,揭示致病信号通路的微环境分布。

图  小鼠暴发性心肌炎进展过程中心脏的转录模式变化

DOI:10.1038/s41392-025-02143-9

时空动态响应:
细胞命运转变和分子事件在时空维度上呈现动态级联过程。通过Stereo-seq可连续追踪同一组织不同时间点的空间转录组变化,重构发育或疾病进程中的分子轨迹。

图  病原菌靶向马铃薯细胞和周围细胞的时空调控响应

DOI:10.1038/s41477-025-02181-9


[1]Zhao Y, et al. Stereo-seq V2: Spatial mapping of total RNA on FFPE sections with high resolution. Cell. 2025 Nov 13;188(23):6554-6571.e21. 

[2]Li Y et al. Spatiotemporal transcriptome atlas reveals the regional specification of the developing human brain. Cell. 2023 Dec 21;186(26):5892-5909.e22. 

[3] Wang C et al. Single-cell spatiotemporal dissection of the human maternal-fetal interface. Nature. 2026 May;653(8113):167-179.

[4] Li H et al. Spatiotemporal transcriptomics elucidates the pathogenesis of fulminant viral myocarditis. Signal Transduct Target Ther. 2025 Feb 10;10(1):59.

[5] Li Y et al. Host microenvironment in potato-Phytophthora infestans interaction revealed by single-cell spatiotemporal transcriptome. Nat Plants. 2026 Jan;12(1):241-257.


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