荷兰马斯特里赫特大学博士课程介绍
项目负责人：
CARIM，Erik A.L. Biessen教授团队
（主要培养单位）
CARIM 是欧洲顶尖的心血管转化研究机构之一，在血管和血栓形成性疾病和心房颤动研究以及转化性心力衰竭研究领域处于世界领先地位。此外，其还在心血管领域的分子成像方面做出了重要的国际贡献。
Erik A.L. Biessen教授于2007年到马斯特里赫特大学领导实验血管病理学小组。实验室目前聚焦部署系统医学方法，通过体内外模型的干预研究，了解和定义人类动脉粥样硬化和心脏代谢共病的关键先天免疫途径，并验证这些过程与疾病进展的相关性。为此，该研究小组开发了一个新的基于高含量显微镜的功能组学平台，以前所未有的分辨率和速度测量巨噬细胞功能概况，并开发了一条用于巨噬细胞表型和分子背景空间绘图的技术方法。
税光厚研究员团队
（共同培养单位）
研究团队主要从事功能脂质、脂质组学/代谢组学、脂质代谢及脂质代谢紊乱在人类疾病的发生发展中的病理机制研究。
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税光厚研究员主要从事开发多层次（“常规-痕量-单细胞水平”）的前沿脂质/代谢组学分析方法及代谢流技术，研究重大疾病脂质代谢调控网络及代谢失调相关机制。作为通讯作者在Cell Metabolism, Nature Metabolism, National Science Review, 等期刊发表数十篇论文，与同行合作在Nature, Science, Nature Biotechnology, Nature Medicine等期刊发表>150篇脂质代谢相关SCI论文，发表论文被引用17000余次, H index 68。
人工智能；数据挖掘；生物信息学；基因调控和基因组规模代谢网络分析；机器学习；多组学（代谢产物、基因）；人类健康与疾病的生物学基础。
免除CSC fellows所有的学费；在第一年里UM将承担CSC学生的住房费用（每月高达400欧元）；CSC学生可以参加UM提供的所有博士课程。更多信息可直接邮件咨询Carim-office@maastrichtuniversity.nl。
CSC-UM博士课程研究计划：
解剖和定位心血管疾病代谢和遗传途径的计算策略
背景：
异常的巨噬细胞功能已被证明是一系列慢性疾病的基础。因此，巨噬细胞被广泛视为干预目标。然而，药物设计因其可塑性以及动物模型未能代表人类疾病中的巨噬细胞功能而受挫。因此，作为药物筛选的第一步，需要对疾病中的人巨噬细胞进行稳健和全面的计算模型。
目的和目标：
培养的博士将基于多种人类巨噬细胞自身和开放获取的mRNA和代谢数据集。
在体外和体内构建人类巨噬细胞基因组尺度的代谢和转录网络。
基于表达特征的相似性将体外Mf表型与体内群体相关联。
设计“最短路径”算法，用于识别极有可能干扰巨噬细胞中特定转录和代谢网络的药物或基因。
模型及其结果随后将由团队中的生物医学科学家进行验证，培养的博士将在Biessen团队对组学数据集的综合分析中提供生物信息学支持。因此，项目和工作环境都是高度跨学科的。
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van der Vorst, E. P. C.*, … Biessen, E. A. L. & Donners, M.* High-Density Lipoproteins Exert Pro-inflammatory Effects on Macrophages via Passive Cholesterol Depletion and PKC- NF-kappaB/STAT1-IRF1 Signaling. Cell Metabolism 2016; 25: 197-207 (IF=31.4) (* PhD/staff member from Biessen’s group) -
Jin H, … Biessen EAL. Integrative multiomics analysis of human atherosclerosis reveals a serum response factor-driven network associated with intraplaque hemorrhage. Clin Transl Med. 2021 Jun;11(6):e458. (IF=8.6) -
Jin H#, Mees BME, Biessen EAL*, Sluimer JC*. Transcriptional Sex Dimorphism in Human Atherosclerosis Relates to Plaque Type. Circ Res. 2021 Dec 3;129(12):1175-1177. IF=23.3) (* shared seniors; # PhD Biessen group). -
Goossens P, Lu C, … Biessen EAL. Integrating multiplex immunofluorescent and mass spectrometry imaging to map myeloid heterogeneity in its metabolic and cellular context. Cell Metab. 2022 Aug 2;34(8):1214-1225.e6. (IF-31.4) -
Fontaine MAC, Jin H, Gagliardi M, Rousch M, Wijnands E, Stoll M, Li X, Schurgers L, Reutelingsperger C, Schalkwijk C, van den Akker NMS, Molin DGM, Gullestad L, Eritsland J, Hoffman P, Skjelland M, Andersen GØ, Aukrust P, Karel J, Smirnov E, Halvorsen B, Temmerman L, Biessen EAL. Blood Milieu in Acute Myocardial Infarction Reprograms Human Macrophages for Trauma Repair. Advanced Science (Weinh). 2022 Dec 16:e2203053. doi: 10.1002/advs.202203053. (IF=17.5)
Selected publications (Shui group)
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Song JW#, Lam SM#, Fan X#, Cao WJ, Wang SY, Tian H, CHUA GH, Zhang C, Meng FP, Xu Z, Fu JL, Huang L, Xia P, Yang T, Zhang SH, Li BW, Jiang TJ, Wang RX, Wang ZH, Shi M, Zhang JY*, Wang FS*, Shui G*. Omics-driven systems interrogation of metabolic dysregulation in COVID-19 pathogenesis. Cell Metabolism, 2020, 32: 188-202. (IF=31.4) -
Lam SM, Zhang Chao, Wang Z, Ni Z , Zhang S, Yang S, Huang X, Mo L, Li J, Lee B, Mei M, Huang L, Shi M, Xu Z, Meng FP, Cao WJ, Zhou MJ, Shi L, Chua GH, Li B, Cao J, Wang J, Bao S, Wang Y, Song JW*, Zhang F*, Wang FS*, Shui G*. A multi-omics investigation on the composition and function of extracellular vesicles along the temporal trajectory of COVID-19. Nature Metabolism: 2021, 7:909-922.(IF=19.9) -
Chen XP#, Li J#, Gao ZB, Yang Y, Kuang WQ, Dong Y, Chua GH, Huang XH, Jiang BH, Tian H, Wang YC, Huang X, Li Y, Lam SM*, Shui G*. Endogenous ceramide phosphoethanolamine modulates circadian rhythm via neural-glial coupling in Drosophila. National Science Review, 2022, 9(12):nwac148. (IF=23.2) -
Lam SM#, Zhou TX#, Li J#, Zhang SH, Chua GH, Li BW, Shui G*. A robust, integrated platform for comprehensive analyses of acyl-coenzyme As and acyl-carnitines revealed chain length-dependent disparity in fatty acyl metabolic fates across Drosophila development. Science Bulletin, 65(2020), 1840-1848. (IF=20.5) -
Tian H, Ni Z, Lam SM, Jiang W, Li F, Du J*, Wang Y*, Shui G*. Precise Metabolomics Reveals a Diversity of Aging-Associated Metabolic Features. Small Methods, 2022, 6(7):e2200130. (IF=15.4)
