1.我公司既有期末留抵税额，又有增值税欠税，申请留抵退税时如何处理?
按照最近一期增值税及附加税费申报表“期末留抵税额”,抵减增值税欠税后的余额确定允许退还的留抵税额。根据《国家税务总局关于办理增值税期末留抵退税有关征管事项的公告》(国家税务总局公告2025年第20号)第十条规定：
纳税人在办理留抵退税期间发生下列情形的，按照以下规定确定允许退还的留抵税额：
（一）因纳税申报、稽查查补和评估调整等原因，造成期末留抵税额发生变化的，按照最近一期增值税及附加税费申报表“期末留抵税额”确定允许退还的留抵税额。
(二)纳税人在同一申报期既申报免抵退税又申请办理留抵退税的，或者在纳税人申请办理留抵退税时存在尚未经税务机关核准的免抵退税应退税额的，应当待税务机关核准免抵退税应退税额后，按照最近一期增值税及附加税费申报表“期末留抵税额”,扣减税务机关核准的免抵退税应退税额后的余额确定允许退还的留抵税额。
税务机关核准的免抵退税应退税额，是指税务机关当期已核准，但纳税人尚未在增值税及附加税费申报表相关栏次中填报的免抵退税应退税额。
（三）纳税人既有增值税欠税，又有期末留抵税额的，按照最近一期增值税及附加税费申报表“期末留抵税额”，抵减增值税欠税后的余额确定允许退还的留抵税额。
2.我公司本月准备申请增值税留抵退税，应以什么时间的纳税缴费信用级别为准?
以纳税人向主管税务机关申请办理留抵退税提交《退(抵)税申请表》时的纳税缴费信用级别确定。根据《国家税务总局关于办理增值税期末留抵退税有关征管事项的公告》(国家税务总局公告2025年第20号)第三条规定：
纳税人适用7号公告规定的留抵退税政策，有纳税缴费信用级别条件要求的，以纳税人向主管税务机关申请办理留抵退税提交《退(抵)税申请表》时的纳税缴费信用级别确定。
3.我公司于2026年3月由税务机关核准取得留抵退税款，4月自查发现存在留抵退税政策适用有误的情形，应在何时缴回留抵退税款?
应当在下个增值税纳税申报期结束前缴回相关留抵退税款。根据《财政部税务总局关于完善增值税期末留抵退税政策的公告》(财政部税务总局公告2025年第7号)第十条规定：
纳税人可以选择将期末留抵税额结转下期继续抵扣，也可以按照本公告的规定，在符合留抵退税条件的次月增值税纳税申报期内，完成本期增值税纳税申报后，向主管税务机关申请退还期末留抵税额。
税务机关核准纳税人留抵退税申请后，纳税人应当按照核准的留抵退税款相应调减当期留抵税额。
纳税人取得退还的留抵退税款后，如果发现纳税人存在留抵退税政策适用有误的情形，纳税人应当在下个增值税纳税申报期结束前缴回相关留抵退税款。
纳税人以隐匿收入、虚增进项税额、虚假申报或其他欺骗手段骗取留抵退税款的，由税务机关追缴其骗取的退税款，并按照《中华人民共和国税收征收管理法》等有关规定处理。
4.我公司是生产型出口企业，既有出口业务又有内销业务，适用免抵退税办法，同时符合留抵退税条件，可以在同一申报期内既申报免抵退税又申请留抵退税吗?
可以。根据《国家税务总局关于办理增值税期末留抵退税有关征管事项的公告》(国家税务总局公告2025年第20号)第六条规定：
纳税人不存在本公告第七条所列情形的，税务机关应当自受理留抵退税申请之日起(含当日，下同)10个工作日内完成审核，并向纳税人出具《税务事项通知书》。经审核，纳税人符合留抵退税条件的，准予留抵退税，并向纳税人出具准予留抵退税的《税务事项通知书》；纳税人不符合留抵退税条件的，不予留抵退税，并向纳税人出具不予留抵退税的《税务事项通知书》。
纳税人既申报免抵退税又申请办理留抵退税的，税务机关应当先办理免抵退税。办理免抵退税后，纳税人仍符合留抵退税条件的，再办理留抵退税。上述10个工作日，自免抵退税应退税额核准之日起计算。
5.我公司是小微企业，增值税一般纳税人，申请留抵退税需要满足哪些条件？
根据《财政部税务总局关于完善增值税期末留抵退税政策的公告》（财政部税务总局公告2025年第7号，以下简称7号公告）第一条规定：
自2025年9月增值税纳税申报期起，符合条件的增值税一般纳税人（以下简称纳税人）可以按照以下规定向主管税务机关申请退还期末留抵税额。
（一）“制造业”“科学研究和技术服务业”“软件和信息技术服务业”“生态保护和环境治理业”（以下简称制造业等4个行业）纳税人，可以按月向主管税务机关申请退还期末留抵税额。
(二)房地产开发经营业纳税人，与2019年3月31日期末留抵税额相比，申请退税前连续六个月(按季纳税的，连续两个季度，下同)期末新增加留抵税额均大于零，且第六个月(按季纳税的，第二季度，下同)期末新增加留抵税额不低于50万元的，可以向主管税务机关申请退还第六个月期末新增加留抵税额的60%。
(三)除制造业等4个行业和房地产开发经营业纳税人以外的其他纳税人，申请退税前连续六个月期末留抵税额均大于零，且第六个月期末留抵税额与申请退税前一税款所属期上一年度12月31日期末留抵税额相比新增加留抵税额不低于50万元的，可以向主管税务机关申请按比例退还新增加留抵税额。新增加留抵税额不超过1亿元的部分(含1亿元),退税比例为60%;超过1亿元的部分，退税比例为30%。
房地产开发经营业纳税人不符合本条第二项规定的，可以按照本条第三项规定申请退还期末留抵税额。
7号公告第二条规定
适用本公告政策的纳税人需同时符合以下条件：
（一）纳税信用等级为A级或者B级；
（二）申请退税前36个月未发生骗取留抵退税、骗取出口退税或虚开增值税专用发票情形；
（三）申请退税前36个月未因偷税被税务机关处罚两次及以上；
（四）2019年4月1日起未享受即征即退、先征后返（退）政策。
6.我公司有一笔留抵退税申请已通过税务机关审核，同时公司还有企业所得税欠税，可以用这笔留抵退税款抵扣企业所得税欠税吗？
可以。根据《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第七十九条、《国家税务总局关于应退税款抵扣欠缴税款有关问题的通知》（国税发〔2002〕150号）第一条规定：
当纳税人既有应退税款又有欠缴税款的，税务机关可以将应退税款和利息先抵扣欠缴税款；抵扣后有余额的，退还纳税人。
可以抵扣的应退税款为2001年5月1日后征收并已经确认应退的下列各项税金：
（一）减免（包括“先征后退”）应退税款；
（二）依法预缴税款形成的汇算和结算应退税款；
（三）误收应退税款、滞纳金、罚款及没收非法所得（简称罚没款，以下同）；
（四）其他应退税款、滞纳金和罚没款；
（五）误收和其他应退税款的应退利息。
7.我公司在计算允许退还的留抵退税时，进项构成比例中的已转出进项税额是否需要从增值税扣税凭证注明的增值税额中扣减？
不需要。根据《国家税务总局关于办理增值税期末留抵退税有关征管事项的公告》（国家税务总局公告2025年第20号）第四条规定：
在计算允许退还的留抵税额的进项构成比例时，参与计算所属期内按照规定转出的进项税额，无需从已抵扣的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、完税凭证、机动车销售统一发票、收费公路通行费增值税电子普通发票、电子发票（航空运输电子客票行程单）、电子发票（铁路电子客票）等增值税扣税凭证注明的增值税额中扣减。
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