1975年黎巴嫩内战（Lebanese Civil War）期间，博物馆正处在分隔交战各派的前线。博物馆的埃及复兴式（Egyptian Revival）建筑及其藏品在战争中遭受严重破坏，但大部分文物因最后的预防性措施而得以保全。如今，经过大规模修复，贝鲁特国家博物馆已恢复昔日地位，展出约一千三百件文物，时间跨度从史前直至中世纪马穆鲁克时期（Mamluk period）。
1919年，驻扎黎巴嫩的法国军官Raymond Weill收集的一小批古代文物，在贝鲁特Georges Picot大街的Kaiserswerth Deaconesses大楼内的一处临时博物馆展出。与此同时，考古与美术服务处的前身机构开始汇集贝鲁特周边地区的文物。随后的几位古物主管使初始收藏迅速扩充，他们增添了Dr. Georges Contenau在西顿/赛达（Sidon/Saida）以及法国历史学家Ernest Renan在提尔（Tyre）和比布鲁斯（Byblos）主持的考古发掘所获遗物。私人收藏的捐赠则包括Henry Seyrig的钱币收藏、法国陆军上将General Weygand于1925年的捐赠，以及西顿美国差会学校（American Mission School of Sidon）校长George Alfred Ford在1930年去世后遗赠的藏品。
1923年，为筹集建设国家博物馆的资金，成立了“博物馆之友委员会”（Friends of the Museum Committee），由时任总理兼教育美术部长Bechara El Khoury领导。创始委员会成员包括Alfred Sursock、Marius Hanemoglou、Albert Bassoul、Omar Daouk、Kamil Eddeh、Ali Jumblat、Henry Pharaoun、George Faissy、Assad Younes、Hassan Makhzoumi、Joseph Farahi、George Korom、Jean Debs、Wafik Beydoun和Jack Tabet。委员会采纳了建筑师Antoine Nahas与Pierre Leprince-Ringuet提交的设计方案，采用受法国风格启发的埃及复兴式建筑，以黎巴嫩赭色石灰石建造。
1930年，博物馆在市政当局捐赠的一块靠近贝鲁特赛马场（Beirut Hippodrome）的地块上动工，1937年竣工。原定于1938年开放，但因第二次世界大战前夕的政治局势而推迟。贝鲁特国家博物馆最终于1942年5月27日由总统Alfred Naqqache揭幕。直到1928年，黎巴嫩国家博物馆的保护工作一直由古物服务处主任Charles Virolleaud和黎巴嫩国家图书馆保管员Philippe de Tarrazi负责。在Mir Maurice Chehab担任首席策展人的三十三年间，藏品持续增长，直至1975年黎巴嫩内战爆发。
1975年，随着黎巴嫩战争爆发，贝鲁特被分割成两个对立区域。国家博物馆和文物总局处于分隔交战民兵与军队的分界线上，这条分界线被称为“博物馆巷（Museum alley）”。博物馆周边环境迅速恶化，馆舍经受炮击和轰炸，并沦为战斗人员的兵营。“博物馆巷”变成由不同黎巴嫩民兵或叙利亚、以色列军队控制的检查站，各方在短暂的停火期间断断续续地开放和关闭道路。当局决定关闭博物馆。馆内的首批保护措施由米尔·莫里斯·谢哈布及其夫人于交火和停火的间隙中启动。易损的小件文物从展柜中取出，藏入地下室库房，随后地下室被封堵，禁止进入楼下各层。底层地面上铺设的马赛克被覆盖了一层混凝土。雕像和石棺则用沙袋保护。1982年局势恶化至极点时，较重的文物被封存在木头和混凝土制成的外壳中。
当1991年最终停火宣布时，博物馆与文物总局几近毁灭。馆内灌满雨水，外立面布满弹痕和炮弹坑。曾占据馆舍的民兵在内墙上涂满涂鸦。博物馆藏品的状况也十分严峻：小件文物在不适宜的环境中存放于库房超过十五年。国家博物馆建在地下水位较高的地方，导致湿度极度上升，库房内积水。大型石质文物一直处于紧急封存状态，毫无通风，石质纪念碑下缘可见由盐分造成的腐蚀痕迹。毗邻文物总局的侧翼被炮弹摧毁，引发火灾，地图、照片和档案等文件悉数被毁，四十五箱考古文物也未能幸免。所有实验室设备损失殆尽。战争期间，一些文物遭到劫掠，如今展于土耳其的博物馆，另一些则被拍卖。讽刺的是，这些文物都是当初为了避免损坏和劫掠而存放于比布鲁斯和西顿等地的外部库房，却恰恰从那里被盗。
修复国家博物馆的首批计划于1992年由时任文化与高等教育部长Michel Edde提出。由于博物馆当时仍无门窗以防范进一步劫掠，文物总局局长Camille Asmar否决了拆除保护国宝的混凝土墙和封存物的提议。Ghassan Tueni捐资打造了博物馆气派的新大门。待门窗安装完毕后，才决定拆除封堵地下室入口的混凝土墙。修复工作于1995年启动，着重于建筑本身以及藏品的清点和修整。1997年11月25日，博物馆由时任总统Elias Hrawi正式宣布重新开放，但仅开放了底层和地下室部分区域，因为建筑其余部分仍在修缮，且需进行重大改造以满足现代博物馆学的标准。1998年7月，博物馆再次闭馆以完成修复工程。1999年10月8日，博物馆在总统Emile Lahoud的主持下重新向公众开放。
国家博物馆的复兴工程由文化部、文物总局和国家遗产基金会（National Heritage Foundation）按照法国建筑师、城市规划师兼设计师Jean-Michel Wilmotte的方案共同承担。1999年，黎巴嫩政府发起大规模行动，追索内战期间被盗或买卖的古物。根据黎巴嫩法律，任何超过三百年历史的物品均属国家财产，许多文物从仓库或私人住宅中追回。
地下展厅原定于2010年11月开放，但因技术和资金困难而推迟。2014年，在黎巴嫩文化部长Rony Araiji的倡议下，这处七百平方米展厅的修复工程正式启动，意大利政府通过意大利发展合作署（Italian Development Cooperation）提供了一百二十万欧元的资金和技术支持。地下室最终于2016年10月7日重新开放，黎巴嫩总理Tammam Salam与意大利外交与国际合作部长Paolo Gentiloni共同主持了开幕仪式。
贝鲁特国家博物馆目前从其约十万件藏品中展出约一千三百件文物。展览按时间顺序编排，从史前时期开始，至奥斯曼时期结束。展线始于底层，展出八十三件大型文物，包括石棺、马赛克、雕像和浮雕。楼上则展出一千二百四十三件中小型文物，按年代和主题陈列于现代展柜中，柔和的灯光与放大镜突出了文物的艺术美感。
贝鲁特国家博物馆的藏品自史前时期起始，包括从旧石器时代早期到新石器时代早期狩猎采集社会的史前文物，主要为矛头、燧石、钩子和陶器，均发现于黎巴嫩全境的洞穴和岩厦。青铜时代见证了黎巴嫩首批设防村落的诞生、商业与航海活动的发展，以及在比布鲁斯诞生了世界上最早的字母。此时期的镇馆之宝是阿希拉姆石棺（sarcophagus of Ahiram），其上刻有最早的腓尼基字母文本。重要藏品还包括比布鲁斯方尖碑神庙（Temple of the Obelisks, Byblos）出土的比布鲁斯小雕像（Byblos figurines）、金象牙装饰刀、镂空金斧和statuette of Reshep铜像，以及比布鲁斯皇家墓地（Byblos royal cemetery）的Abishemu方尖碑、King Ip Shemu Abi国王的金青铜冠冕权杖、King Abi Shemu国王的金宝石首饰和西顿出土的象牙鸭形化妆品盒。
铁器时代，腓尼基文明臻于鼎盛，海上扩张与向其他文化传播字母达到高峰。城邦在经历一段自治时期后，相继臣服于亚述、巴比伦和波斯的霸权。重要展品包括西顿的大理石人形石棺、Temple of Eshmun的雕像和西顿出土的公牛首柱头（capital with bull protomes）。
希腊化时代，亚历山大大帝的胜利使腓尼基向希腊征服者敞开大门，随后先受埃及托勒密王朝统治，后归塞琉古帝国。希腊化与当地闪米特传统交融，体现在Kharayeb的陶俑、Umm al-Amad和Bustan esh Sheikh等地的文物中，重要展品包括Temple of Eshmun的大理石讲坛、阿芙洛狄忒大理石雕像（Statue of Aphrodite）以及黎巴嫩各地出土的多尊阿斯塔蒂宝座（Thrones of Astarte）。
罗马时期，腓尼基成为罗马世界的一部分，国际贸易繁荣，当地经济发达。这一部分的精品包括：提尔出土的阿喀琉斯石棺（Achilles sarcophagus）和醉酒的丘比特石棺（Drunken Cupids sarcophagus）、比布鲁斯出土的《劫夺欧罗巴》马赛克壁画（Abduction of Europe mosaic）和许癸厄亚大理石雕像（Statue of Hygieia）、巴勒贝克（Baalbeck）出土的《卡利俄珀与七贤》马赛克壁画（Calliope and the seven wise men mosaic），以及提尔出土的狄俄尼索斯半身像（Dionysus bust）。拜占庭时期，基督教成为国教，重要文物有贝鲁特的《嫉妒》马赛克（“Jealousy” mosaic）、大理石教堂圣坛构件以及钱币和珠宝收藏。阿拉伯征服与马穆鲁克时期，伊斯兰教传播，阿拉伯语逐渐普及，展出钱币、金饰和釉面陶碗。
贝鲁特国家博物馆地下室的展品展示丧葬艺术与习俗，展品年代从史前一直延续至奥斯曼时期。收藏亮点包括三十一具腓尼基人形石棺、一幅约公元240年的圣母玛利亚湿壁画（据信为世界上已知最古老的圣母像之一），以及卡迪沙山谷（Qadisha valley）洞穴中自然保存的木乃伊和提尔的湿壁画墓。
