叶片：独行菜基生叶为窄匙形，呈一回羽状深裂或者浅裂，茎上部的叶为线形。而荠菜基生叶为莲座状，大头羽状分裂，茎生叶为窄披针形或者披针形基部为箭形。花：独行菜为总状花序，在果期长约5厘米。而荠菜花序长达20厘米。
一、叶片区别
独行菜基生叶为窄匙形，呈一回羽状深裂或者浅裂，长约3-5厘米，宽约1-1.5厘米，叶柄长约1-2厘米，茎上部的叶为线形，全缘或者有锯齿。而荠菜基生叶为莲座状，大头羽状分裂，相对前者要更宽大些，长约12厘米，宽约2.5厘米，顶裂片为卵形后至长圆形，侧裂片为长圆形后至卵形。茎生叶为窄披针形或者披针形基部为箭形，边缘有锯齿。
二、花的区别
独行菜为总状花序，在果期长约5厘米，萼片为卵形，早脱落，外面有柔毛，花瓣会退化成丝状，颜色为白色。而荠菜也是总状花序，但比前者要长许多，约达20厘米，萼片为长圆形，花瓣为卵形，也是白色。