按照国家的统一部署要求，2004年以来，我区全面建立了公益林森林生态效益补偿制度，由中央财政、自治区财政分别对国家级公益林、自治区级公益林给予补偿，并逐年提高补偿标准。为统一公益林补偿标准，综合考虑我区森林覆盖率高、补偿范围广、补偿面积基数大等因素，自治区参照国家级公益林补偿标准，对自治区级公益林进行补偿。2010—2019年，中央财政、自治区财政先后3次提高公益林补偿标准，其中：集体和个人的补偿标准由原来的5元/亩·年提高到目前的16元/亩·年；国有的补偿标准由原来的5元/亩·年提高到目前的10元/亩·年。为进一步落实公益林差异化补偿机制，自2017年开始，自治区在统一的公益林补偿标准的基础上，逐步提高自然保护区范围内的集体和个人的公益林补偿标准，由原来的16元/亩·年提高至目前的土山36元/亩·年、石山22元/亩·年。
目前，全区现有自治区级以上公益林面积7619.86万亩。2026年，中央财政、自治区财政下达公益林补偿资金13.12亿元，用于集体和个人的公益林补偿和国有单位的公益林管护。