留抵税额抵欠税时附加税如何处理？
根据《国税函〔2004〕1197号》规定，留抵税额仅可用于抵减增值税欠税，不包括其对应的附加税，因此附加税需另行处理。
有观点认为，《财政部 国家税务总局关于增值税期末留抵退税有关城市维护建设税教育费附加和地方教育附加政策的通知》（财税〔2018〕80号）允许将留抵税额从附加税费的计税依据中扣除。但需注意，80号文明确适用范围为“退还的留抵税额”，而非用于抵减欠税的留抵税额。
依据国家税务总局公告2025年第20号第十条第三款，纳税人既有增值税欠税又有期末留抵税额的，应以申报表中“期末留抵税额”抵减欠税后的余额确定可退还的留抵税额。由此可见，“退还的留抵税额”与“抵欠的留抵税额”属于不同性质，前者适用80号文冲减附加税税基的规定，后者不适用。
根据《国家税务总局关于城市维护建设税征收管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2021年第26号），纳税人自收到留抵退税额之日起，应在下一个纳税申报期从城建税计税依据中扣除相应金额，未扣完部分可在后续申报期继续扣除。该政策针对的是未来发生的附加税税基，而增值税欠税产生的附加税属于过去事项，不得通过留抵抵欠方式减免。
综上，用于抵减增值税欠税的留抵税额不能冲减附加税税基。
各地税务机关答复一致：抵欠部分应征附加税
多地税务机关在12366咨询答复中明确，经批准用留抵税额抵减增值税欠税的部分，应按规定缴纳城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加，并区分以下两种情形：
一、若欠缴的增值税未同时缴纳附加税费，且未办理缓缴手续，则应以本期应纳增值税为基础计算附加税费，并按规定加收滞纳金；
二、若欠缴的增值税已按规定缴纳附加税费，则按本期应纳增值税减去已欠缴部分后的余额计算应纳附加税费，避免重复缴纳。
核心判断标准：时间维度区分处理
政策逻辑在于：退还的留抵税额影响的是未来期间的附加税税基，而留抵抵欠涉及的是历史欠税所产生的附加税义务。因此，原欠税对应的附加税仍须依法缴纳，不得因抵欠操作而免除。