要想通过补充益生菌来促进健康，必须要“特定的细菌”、“保持活性”、“有足够的细菌数量”而且“连续服用”。而且益生菌的不同品种、活菌数量、剂型、储藏方法、服用方法也会对其效果产生影响。
含有益生菌的饮品被人体喝下后，它需经过胃液才能到达大肠，而胃液是一个高酸环境，部分益生菌缺乏耐酸性，难以抵抗胃液的强酸作用，根本无法到达肠道发生作用。那么，怎样保证更多的活性菌能“活”着到达大肠呢？这除了要菌种质量外，菌量的充足性也是至关重要的。其次，益生菌要保持活性，对其保质期、保存条件也是有要求的，因此要选择定植能力强、活性高、存活力久的菌种，比如BB-12动物双歧杆菌、鼠李糖乳杆菌HN001等。
益生菌虽然好处多多，但是怎么吃才是最有效的呢？
1、 益生菌死敌是开水，它最怕“热”，所以冲调水温37度最适宜，而且注意随吃随冲，减少益生菌在空气中的暴露时间，以保证其活性。
2、 在胃酸分泌最少的时候食用益生菌，可减少胃酸对益生菌活性的影响。因此建议在每天早上空腹及晚饭前各吃一次。
3、 益生菌不能与抗生素同服。抗菌素尤其是广谱抗菌素不能识别有害菌和有益菌，所以它杀死敌人的时候往往把有益菌也杀死了。这时候或者过后补点益生菌，都会对维持肠道菌群的平衡起到很好的作用。如果必须服用抗生素，服用益生菌与抗生素间隔的时间不应短于2-3小时。
4、益生菌的食物有纤维、乳糖、淀粉、寡糖，益生菌的发酵产物等成分；所以在补充益生菌的同时，应多吃根茎类蔬菜、水果及海藻等食品，就等于在肠子里布置一个它们喜欢生长的环境。多数的益生菌并不喜欢肉类和葡萄糖，如果含益生菌的食品中含有过多的糖分也会降低菌种的活性。
5、人体细胞的更新周期是120天，修复得从细胞开始，因此服用益生菌至少得要坚持服用4个月以上才能够真正的体现出来稳定的效果。而且每个宝宝的个体差异不同，服用的效果肯定也有所不同，但是有一点必须值得注意，在服用益生菌期间也要提供必须的营养素，这就好比修建大楼，不仅需要工人（益生菌）还需要水泥沙子钢筋混凝土砖瓦（各种营养素）是一个道理，缺一不可。