据专业测算，我国农牧业的有机废弃物产生量年均增长1.03%，废弃物中的氮素折纯达到了2400余万吨，这些都是有机肥生产的宝贵资源。在可持续农业中，合理施用有机肥可以实现作物高产优质，并且保证了环境的可持续发展。但有机肥一些有机成分需要经过微生物的分解，才能转化为作物可吸收的状态，肥效较为缓慢。目前，发展有机肥与化肥的配合使用得到了许多地区的推崇，农民希望以这种方式达到增产增收和培肥土壤的双赢结果。有机肥含有多种养分，其中有各种大量和微量元素，以及维生素等活性物质，长期施用有机肥能使土壤的有机质得到提高，改善土壤的理化特性，达到改良土壤的作用。
以畜禽粪尿类有机肥来说，这类有机肥目前数量很大，随着畜产品生产的快速发展而增长极快。如果养殖场重视不够，不花大力气去抓紧对畜禽粪便的科学施用，其后果将是严重的，不仅使蔬菜果树以及烟叶、茶叶、马铃薯等众多经济作物失去一类价廉物美的肥料资源，而且影响到作物的产量和品质，还将造成农业居民区环境恶化，不利于新农村的文明建设。因此，首当其冲地要在经济类作物生产中充分而合理地施用粪尿类养分资源，进而把它们推向大田粮食作物生产中。另外，粪尿类有机肥的主要特点是碳氮比比较窄，一般C/N比值在6～10之间；而一株成熟而风干的玉米秸秆的C/N比为80∶1。由此可见，大量施用粪尿类有机肥可以部分替代化学肥料对作物的氮磷养分供给，完全可减少化肥的施用量。但是，大量施用粪尿类有机肥对于土壤的作用，主要是促进有机质的循环与更新，因此，粪尿类有机肥应主要用在菜地、果园等。
在现代集约型经济作物栽培体系中，粪尿类有机肥的科学施用要注意：
1、不能施用生粪，生粪必须经腐熟、发酵转化，才能供种植业使用。在当前农村，可随处见到生粪起出后，数月甚至半年堆积在路边与村头，任其日晒雨淋，不但造成粪尿类肥料的氨气挥发和氮钾养分的流失，还容易使虫卵病菌传播，污染环境。等到了生产用肥的时候，很多人就直接把这种土法堆肥的粪肥上到地里，这样的粪肥不但养分含量低，而且容易对作物形成伤害，甚至污染土地，传播病虫害；
2、适量施用的原则。控制粪肥用量的做法，在欧洲国家已经提出了控量施用的规定。以英国为例，将施用量定在170公斤（氮）/公顷之内。然而，近年来我国部分地区的蔬菜和果园生产中，每亩粪肥的施用量平均达到2吨以上，有的菜地还达10吨，甚至更高——这样盲目而普遍超高的粪肥施用量，造成了菜地养分富集和水体污染的形势。由于粪肥富含有机氮，其分解的最终产物也是硝酸盐，同样对水体和环境可能产生污染，鲜粪肥还可能有重金属超标等问题。因此，我国在高投入集约化经济作物生产中，也应该应用测土配方施肥的技术，同时规范有机肥和化肥的施用量。提倡在有机肥与化肥配合施用时，二者适宜的供氮量比例以各占一半为佳。
对于高投入高产出的经济作物的施肥原则，在养殖业日趋发达的今天，尤其要注意粪肥的控量施用，这是科学合理的。应该将超量产出的粪肥向粮食生产的大田施用，那将有利于我国粮食生产的可持续发展和减少部分农田的有害气体排放。
3、粪肥的制作除了发酵转化以外，还要调节碳氮比，添加秸秆的成分，加宽碳氮比，提高粪肥的改土功能。