土壤盐渍化
蔬菜大棚全年土温较高，加之较高的湿度，土壤微生物活动旺盛，加速了土壤养分转化和有机物质的分解速度，同时由于常年不合理的过量施肥，又缺少雨水淋溶，使残留在土壤中的各种肥料盐分随浇灌水向耕层积聚，形成次生盐渍。据测定当土壤盐浓度达0.3%—0.5%时，因高于植物细胞溶液浓度，作物吸水困难，易发生凋萎，当土壤当中的碱解氮、有效磷、速效钾，超过盐害临界浓度时，大棚蔬菜易发生盐分毒害，影响根系植株生长。
氧化氮和氨过剩中毒
菜农在大棚蔬菜施肥上往往偏重于施氮肥，以为氮肥见效快，易增产，但却忽略了氮肥过多的情况下，铵态氮易转化为亚硝酸二氧化氮气化，当二氧化氮浓度达到2×10-6时，就会毒害蔬菜叶片，叶背产生白斑和黄色小斑点等肥害状，同时植株内游离氨过多，病虫害易发生且加剧。
土壤养分失衡造成生理缺素障碍
在连作情况下，连续大量施用相同或相似的肥料，而特定作为对养分的吸收具有一定的选择性，这样会使某些元素过度缺乏，而某些元素又过多剩余积累，造成土壤养分不均衡。
1.化肥多，有机肥少，影响蔬菜的自然品质。
2.氮肥过多，钾肥缺乏，会降低氮肥利用率，增加肥害。
3.大量元素肥料多，往往会降低中、微量元素肥料的有效性，如氮磷过多就会降低钙、硼、锌等养分的有效性，连作蔬菜地易发生缺钙引起的大白菜干烧心，番茄、甜椒脐腐病等，缺硼引起萝卜、芹菜茎裂病，叶片扭曲变厚变脆等症状。
防治蔬菜大棚土壤连作障害的措施
1.应用秸秆生物反应堆技术。
秸秆在微生物菌种净化剂等作用下，定向转化成植物生长所需的二氧化碳，热量抗病孢子、酶、有机和无机养料，在反应堆种植层内，20厘米耕作层土壤孔隙度提高一倍以上，有益微生物群体增多，水、肥、气、热适中，对大棚蔬菜地土壤连作障害有治本的作用。
2.增施生物有机菌肥。
生物有机菌肥养分全面，对土壤酸碱度、盐分、耕性、缓冲性有调节作用。
3.平衡施肥。
化肥施用不合理，尤其是氮肥施用过多，是连作蔬菜大棚土壤障害的主导因素。因此平衡施肥是大棚蔬菜生产、高产、优质、高效的关键措施。
4.合理轮作倒茬。
利用不同蔬菜作物对养分需求和病虫害抗性的差异，进行合理的轮作和间、混、套作，也可以减轻土壤障害和土传病害的发生。
5.深翻消毒。
深翻可以增加土壤耕作层，破除土壤板结，提高土壤通透性，改善土壤理化性状，消除土壤连作障害。结合深翻整地用棉隆颗粒剂进行化学消毒，也可有效减轻连作障害的发生。
6.调节土壤pH值。
蔬菜连作引起突然酸化是一种普遍现象，每年对棚内土壤要做一次PH值检测，当PH值5.5时，翻地时每亩可施用石灰50--100公斤，与土壤充分混匀。这样不但可以提高PH值，还对土壤病菌有杀灭作用。（来源：种大棚）