施入土壤中的有机肥料及农作物残枝败叶，可在土壤微生物作用下进行分解，形成腐殖质，并释放出植物所需的营养元素。同时，土壤中微生物在分解有机肥料的过程中，可促进土壤中氧气与二氧化碳的交换。分泌的有机酸等物质有助于土壤团粒结构的形成。土壤中的微生物分泌的有机酸等物质可助推土壤团粒结构的形成。
与植物共生的微生物如根瘤菌及真菌能为植物直接提供氮素磷素及其他矿质元素营养及有机酸氨基酸维生素生长素等各种有机营养，促进农作物的生长。
土壤中增施有机肥料，肥料中有益菌能够分泌抗生素等物质，抑制病原微生物的繁殖，预防和减少土传疾病的发生。当土壤中有害菌多于有益菌时，植物根部病害发生严重。可以施用有机肥或生物有机肥，增加土壤有益菌的数量，抑制有害菌数量，减少土壤中病害的发生。
