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立法样式不同
《政府采购法》：是为了规范政府采购行为，提高政府采购资金的使用效益，维护国家利益和社会公共利益，保护政府采购当事人的合法权益，促进廉政建设而制定的法律。
《招标投标法》：立法初衷是为了规范招标投标活动，保护国家利益、社会公共利益和招标投标活动当事人的合法权益，提高经济效益，保证项目质量。
适用范围不同
《政府采购法》：判断依据为是否使用财政性资金。
《招标投标法》：多用于工程建设项目的招标投标活动。
PPP项目适用法规的疑问：
1、同时满足两部法律的PPP项目——即由财政补贴的工程项目可能会因两部法律存在冲突而无所适从。采购法中规定政府采购工程进行招标投标的，适用于招标投标法，但是在两法的冲突之处，如联合体选择标准不一的情况下，该以何为依据？
2、两部法律均不满足的PPP项目——即由使用者付费的非工程建设项目将无法可依。
规范主体不同
《政府采购法》：政府在采购过程占有主动地位，该法律主要是针对采购人和采购代理机构而言。
《招标投标法》：明确规定了招标投标活动及其当事人——招标人、投标人、以及招标人组建指定的招标委员会和评标委员会的责任和义务。
在PPP模式中，政府身兼“裁判员”和“运动员”的双重身份，既是政策的制定者也是项目的参与方，对PPP项目的成败有着决定性的作用。且PPP项目标的多为基础建设和公共服务，具有一定的公共产品特性，多为政府采购范畴，故在PPP立法中，应充分认识到这一问题，给予政府更多的主动权，便于后续对项目的控制。
投资者选择方式不同
《政府采购法》：规定了公开招标、邀请招标、竞争性谈判、单一来源采购、询价和国务院政府采购监督管理部门认定的其他采购方式六种政府采购方法，并对每一种采购方式的适用范围和操作流程进行了详细的说明。
《招标投标法》：仅分为公开招标和邀请招标两种方式，并且规定在确定中标人前，招标人不得与投标人就招标价格、投标方案等实质性内容进行谈判。
PPP项目的参与主体众多，涉及多重法律合同关系，《政府采购法》的规定会使原本错综复杂的PPP项目程序更加繁琐；PPP项目周期长，各方需要就项目的实施方案、风险承担和收益分配等问题进行深入细致的探讨和磋商，《招标投标法》的规定给PPP项目各方的合作达成带来了极大的困扰。
作用时效不同
《政府采购法》：采购文件的保存期限为从采购结束之日起至少保存十五年。
《招标投标法》：招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件签订书面合同，至此，招投标整个过程结束。
《政府采购法》更适用于PPP项目
现行的PPP项目多为政府补贴，由政府代表民众联合社会资本提供基础设施建设和公共服务，具有政府采购的性质。
《政府采购法》在选择投资过程中更侧重于长期，与PPP项目周期长的特性十分契合，有利于保障后期PPP项目顺利推进。
监督管理主体不同
《政府采购法》：各级人民政府财政部门是采购活动的监管主体。
《招标投标法》：国家发展和改革委员会部门是招标投标活动的监管主体。
强调的法律责任不同
《政府采购法》：属行政法的范畴，强调的是行政责任。
《招标投标法》：属民法的范畴，强调的是民事责任。
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