一方面是因为化肥使用量过大，另一方面是土壤对化肥的容纳能力即保肥性有限，且近年来在逐渐降低。这个容纳能力大小是由土壤的物理结构这个“容器”决定的，而这个“容器”的大小取决于土壤有机质和土壤生物种类与数量。
施入土壤中的化肥，先暂时保存在土壤颗粒及土壤腐殖里，然后逐渐溶解到土壤团粒结构和土壤毛细管中的水里，这才能跟水一起为植物根毛所吸收。
人们放弃使用堆肥等有机肥之后，土壤有机质含量下降，而导致以之为食物的土壤动物和微生物数量剧减，土壤团粒结构减少，土壤通气孔隙度、持水孔隙度均较低，也就是土壤的物理结构较差，肥料不能被保持，从而被雨水冲走，或者只是保持原样留在土壤中不能被吸收（通俗地讲，“不消化”），再多化肥也是没用。
