1、制作成本高。
大部分的榫卯结构很难通过单纯机械模具成型、而需要通过人力。如此一来，人工制作成本就会上升。榫卯结构的种类极为多样（粗分有十来种常见大类，细分每大类下又有不同的样式），有些类别的榫卯无法通过机械一两次成型，需要通过拥有长期实践经验的老木工花费一定时间才能够完成。
2、传承者少之又少。
当今社会整体生活节奏较快，已几乎没有木工拥有十分丰富、老练的榫卯制作技艺了。有些类别的榫卯虽也可半借助机械完成，但同样离不开手工的加工和润色。此外，因现实报酬的因素，现许多工厂里只有年纪大的老师傅在继续进行木工工作，青年学徒非常少。这又必然导致成品的产出速度大大降低。
3、结构对于木料的要求高。
对于能够承受榫卯结构的木材要求相对较高，这体现在对木材的硬度及木材的质量上。如红木、金丝楠等，只有这些材料才能承受住复杂工艺中的的切割、打磨和力度。
