南极磷虾绝大多数生活在50米以浅的表层，但是，磷虾卵的孵化却是在下沉(一二千米还可能更深—些)过程中进行的。具体地说，磷虾产卵后，其卵就开始往下沉，边下沉边孵化。磷虾卵下沉的速度很快，每天下沉约140～320米。三五天后可下沉到一二千米的深度，这时孵化也就结束了。孵化后的磷虾边变态发育，向上缓慢移动，当到达100米水层时，已成为能够直接主动摄食的幼虾了。下沉到上升的全部时间为三四周。
人们对磷虾这一奇特的习性很难理解，但是科学家认为，这对磷虾种群的繁衍和保持在适合的生活区域分布有重大意义。因为磷虾(包括幼体)的天敌主要活动在表层，磷虾的受精卵如不迅速下沉，将成为许多动物的饵料。刚孵化出来的磷虾幼体身体最脆弱，在此期间到深层去避一避，对种群是有利的。不过，在深层呆久了也不行，那里暗无天日，没有食物，刚孵化出来的磷虾幼体，尚有卵黄可以维持生命，所以必须赶紧上升。到了表层，小磷虾的消化道已形成，可以主动摄食，那就不会因缺乏食物而饿死。
另一个重要的原因是，磷虾群体生活在表层水中，由于南极海洋中的表层水是不断向北扩展的，这就有可能将磷虾带出它的分布区。而深层的暖水是由北向南扩展的，磷虾的幼体有一段时间在深层度过，这有助于磷虾种群保持在适宜它生长的南大洋。环绕南极的南大洋蕴含丰富的南极磷虾资源，但离开高纬度的海域，磷虾资源量就显著减小，这是为什么呢？原来南大洋的水温终年是低温，盐度也无大变化，没有江河流人等其他因素干扰，长期稳定的环境造成使磷虾变得娇嫩起来，应变能力差，环境略有变动就不能适应。磷虾的成体适宜在较高温和低盐的水域中生活。它的适温范围仅在0.64摄氏度～1.32摄氏度，如果温度大于1.80摄氏度就可能给它带来致命的危险。所以，南极磷虾只适宜生活在南极周围比较寒冷的海域，远离南极的海中是找不到南极磷虾的踪迹的。
