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2区5.2分!RNA-seq生信分析解密ZBTB4敲除加剧DSS诱导结肠炎:激活Serpine1/NF-κB通路,天然化合物Handelin上调ZBTB4缓解溃疡性结肠炎!

2区5.2分!RNA-seq生信分析解密ZBTB4敲除加剧DSS诱导结肠炎:激活Serpine1/NF-κB通路,天然化合物Handelin上调ZBTB4缓解溃疡性结肠炎! CNS生信新靶点挖掘
2026-06-02
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导读:溃疡性结肠炎(UC)是一种慢性复发性肠道炎症。ZBTB4作为锌指转录因子,其在UC中的作用尚不清楚。本研究通过构建ZBTB4基因敲除小鼠,结合DSS诱导的结肠炎模型,发现ZBTB4缺失显著加重体重下降

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胰溃疡性结肠炎(UC)是一种慢性复发性肠道炎症,现有疗法存在复发率高、副作用大等局限。ZBTB4作为锌指转录因子,其在UC中的作用尚不清楚。本研究通过构建ZBTB4基因敲除小鼠,结合DSS诱导的结肠炎模型,发现ZBTB4缺失显著加重体重下降、结肠缩短、疾病活动指数升高及促炎因子(TNF-α、IL-1β、IL-6)产生。RNA-seq及GSEA分析显示,ZBTB4缺陷上调Serpine1表达并激活NF-κB信号通路;使用NF-κB抑制剂JSH-23可逆转ZBTB4缺失导致的结肠炎加剧。利用CTD、TCMSP数据库和化合物库筛选,鉴定出天然倍半萜内酯handelin(手参内酯) 能显著上调ZBTB4表达。Handelin口服给药可缓解WT小鼠的DSS结肠炎,但对ZBTB4敲除小鼠无效,证实其抗结肠炎作用依赖于ZBTB4。本研究揭示了ZBTB4作为UC治疗新靶点的潜力。

今天给大家解读一篇5月发表在《Cells》上的题目为“ZBTB4 Deficiency Exacerbates DSS-Induced Colitis Through Activating NF-κB Pathway.”的文章。本研究利用ZBTB4基因敲除小鼠模型,结合DSS诱导的急性结肠炎模型,发现ZBTB4缺失会显著加重小鼠的结肠炎症状。RNA测序和Western blot分析表明,ZBTB4缺失通过上调Serpine1表达,激活了下游的NF-κB信号通路。使用NF-κB抑制剂JSH-23可以逆转ZBTB4缺失的加重效应。进一步的药物筛选发现,天然化合物Handelin能够上调ZBTB4的表达。体内实验证实,Handelin对结肠炎的治疗效果严格依赖于ZBTB4的存在,因为在ZBTB4敲除小鼠中Handelin无效。请持续关注我们,每天为您解读最新见刊的文献!)想薅生信资料羊毛?直接在对话框回复 “资料”,免费领取干货大礼包!包括数据集、绘图代码、图表复现、思路总结、参考文献……0代码!鼠标点点点即可轻松完成5-10分生信SCI全文复现!

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团队成员合影(位于上海陆家嘴中心,可随时预约参观)


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题目:《ZBTB4缺乏通过激活NF-κB通路加重DSS诱导的结肠炎ZBTB4 Deficiency Exacerbates DSS-Induced Colitis Through Activating NF-κB Pathway

发表期刊:Cells

影响因子:5.2

研究背景


  1. 疾病现状
    溃疡性结肠炎(UC)是一种慢性、复发性炎症性肠病,现有治疗方案存在复发率高和副作用多等局限性。
  2. 蛋白家族
    含锌指和BTB结构域的ZBTB转录因子家族在免疫调控中发挥重要作用,其中部分成员(如ZBTB33/Kaiso)已被证实影响肠道功能。
  3. 研究缺口
    尽管ZBTB4在多种癌症中的作用已有研究,且其在系统型幼年特发性关节炎(sJIA)中参与炎症调控,但它在溃疡性结肠炎(UC)中的具体作用和机制尚不明确。



                            CNSknowall 平台 Pubmed+AI 快速提炼全文要点

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                            研究思路:

                              1. 表型观察
                                通过构建ZBTB4全身敲除小鼠,利用DSS诱导结肠炎模型,观察ZBTB4缺失对疾病严重程度(体重、结肠长度、DAI评分、组织病理学)和炎症因子水平的影响。
                              2. 机制探索
                                利用RNA-seq分析比较WT和ZBTB4-/-小鼠结肠组织的转录组差异,结合基因集富集分析(GSEA)锁定关键信号通路(NF-κB)和核心差异基因(Serpine1),并通过Western blot进行验证。
                              3. 因果验证
                                使用NF-κB特异性抑制剂(JSH-23)处理DSS诱导的结肠炎小鼠,观察其对ZBTB4缺失所致的加重表型是否有逆转作用,以证明NF-κB通路的关键介导作用。
                              4. 药物发现与验证
                                整合数据库筛选能上调ZBTB4的天然化合物,通过细胞实验(RT-qPCR、Western blot)初筛,重点验证Handelin的效果。最后,在WT和ZBTB4-/-小鼠中进行体内药效实验,验证Handelin的抗结肠炎作用是否依赖ZBTB4。


                              研究亮点:

                                1. 发现新角色
                                  首次揭示了ZBTB4在溃疡性结肠炎中的关键抑制作用,其缺失可加重病情。
                                2. 阐明新机制
                                  明确了ZBTB4通过调控Serpine1/NF-κB信号轴来抑制结肠炎的分子机制。
                                3. 鉴定新化合物
                                  通过整合药物筛选,鉴定出Handelin可作为ZBTB4的天然激动剂,为UC治疗提供了新候选药物。


                                研究结果:

                                  1. ZBTB4缺失加重结肠炎
                                    与WT小鼠相比,DSS处理的ZBTB4-/-小鼠表现出更显著的体重减轻、结肠缩短、DAI评分升高、脾脏指数增大以及结肠组织中TNF-α、IL-1β和IL-6水平升高。H&E染色也显示ZBTB4-/-小鼠结肠结构破坏和炎症细胞浸润更严重。
                                  2. ZBTB4缺失激活Serpine1/NF-κB通路
                                    RNA-seq分析显示,ZBTB4-/-小鼠的结肠组织中NF-κB信号通路显著富集,且Serpine1表达上调超过40倍。Western blot进一步证实了ZBTB4-/-小鼠结肠组织中Serpine1蛋白和磷酸化p65蛋白水平上升。
                                  3. NF-κB通路是关键介导因子
                                    使用NF-κB抑制剂JSH-23处理,能够显著逆转ZBTB4缺失导致的体重减轻、结肠缩短、DAI升高等加重表型,以及组织病理学损伤。
                                  4. Handelin以ZBTB4依赖方式缓解结肠炎
                                    Handelin在NCM460细胞中能显著上调ZBTB4的mRNA和蛋白水平。Handelin口服给药能提高小鼠结肠中ZBTB4蛋白水平。Handelin治疗显著改善了WT小鼠的结肠炎症状和病理损伤,但对ZBTB4-/-小鼠无任何保护作用。


                                  研究总结:


                                  1. 核心结论
                                    ZBTB4是溃疡性结肠炎(UC)的一个关键抑制因子,其通过抑制Serpine1表达和NF-κB信号通路来发挥保护作用。天然化合物Handelin可作为ZBTB4的激动剂,通过上调ZBTB4表达来有效缓解UC。
                                  2. 机制讨论
                                    研究建立了“ZBTB4缺失→Serpine1上调→NF-κB通路过度激活→加剧结肠炎症”的分子机制链,并证明了NF-κB通路是ZBTB4缺失导致疾病恶化的核心介导因素。
                                  3. 潜在意义
                                    研究不仅为UC的治疗提供了新的潜在靶点(ZBTB4)和先导化合物(Handelin),还提示ZBTB4可能作为连接慢性炎症与结肠炎相关结直肠癌(CAC)的桥梁,值得未来深入研究。






                                  结果译文:

                                  1. ZBTB4缺乏加剧了DSS诱导的结肠炎


                                  为了研究ZBTB4在结肠炎中的作用,我们成功构建了ZBTB4敲除(ZBTB4-/-)小鼠(图S1)。然后,通过在饮用水中给予2.5%的葡聚糖硫酸钠(DSS)连续7天诱导结肠炎,对照组则喂食无菌ddH2O,如图1A所示。结果,DSS处理的小鼠表现出UC的典型表型,如体重减轻、结肠缩短、脾脏指数增加、疾病活动指数(DAI)升高和严重的黏膜损伤。与野生型(WT)小鼠相比,ZBTB4-/-小鼠表现出更严重的结肠炎,体重减轻和结肠缩短更明显,同时DAI评分和脾脏指数升高(图1B-E)。
                                  溃疡性结肠炎与炎症失调密切相关,其特征是促炎细胞因子(包括肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素-1β(IL-1β)和白细胞介素-6(IL-6))的过度产生[20]。为了在分子水平上评估炎症状态,我们通过酶联免疫吸附测定(ELISA)检测了结肠组织中的细胞因子浓度。我们发现患有结肠炎的ZBTB4-/-小鼠中TNF-α、IL-1β和IL-6的水平升高(图1F)。我们还检测了WT和DSS处理小鼠结肠组织中的ZBTB4蛋白表达。结果显示两组之间ZBTB4表达无显著差异(图S2A,B)。此外,结肠切片的苏木精-伊红(H&E)染色显示,与野生型小鼠相比,ZBTB4-/-小鼠表现出更严重的肠道结构破坏和广泛的炎症细胞浸润(图1G)。总之,这些结果表明ZBTB4缺乏加剧了DSS诱导的结肠炎。

                                  2.ZBTB4缺乏增加了DSS诱导结肠炎小鼠结肠中Serpine1的表达并激活了NF-κB通路


                                  为了研究ZBTB4在结肠炎中作用的机制,我们使用DSS处理的WT和ZBTB4-/-小鼠的结肠组织进行了RNA测序(RNA-seq)。RNA-seq数据的基因集富集分析(GSEA)显示,与WT相比,ZBTB4-/-小鼠中NF-κB信号通路显著富集(图2A、B)。比较转录组分析在两组之间检测到的19,097个转录本中鉴定出2152个差异表达基因(DEG)。在这些基因中,我们发现ZBTB4-/-小鼠中有834个基因上调和1318个基因下调(定义为|log2倍数变化|≥2且p<0.05)(图2C)。值得注意的是,ZBTB4-/-小鼠中Serpine1的表达量比WT高出40倍以上(图2D)。已有研究表明,Serpine1通过促进p65(RelA)(NF-κB转录因子复合物的核心亚基)的核转位,成为NF-κB信号通路的关键激活因子[21]。因此,我们决定进行实验以研究Serpine1和NF-κB在ZBTB4对DSS诱导结肠炎保护作用中的作用。我们的Western blot分析证实了ZBTB4-/-小鼠结肠组织中Serpine1的上调。更重要的是,我们观察到p65(NF-κB复合物的活性形式)磷酸化增加(图2E)。总之,这些结果表明,在DSS诱导的结肠炎期间,ZBTB4缺乏导致Serpine1上调和NF-κB信号级联的激活。

                                  3.ZBTB4缺乏通过激活NF-κB通路加剧溃疡性结肠炎


                                  我们上述数据表明ZBTB4缺乏增强了NF-κB的活性。然后,我们决定进行实验以检验NF-κB激活是否介导ZBTB4缺乏对溃疡性结肠炎的加剧作用。为了验证这种可能性,我们在给予DSS的同时用JSH-23(一种特异性NF-κB抑制剂)处理小鼠,如图3A所示。结果,JSH-23处理显著逆转了ZBTB4缺乏的加剧效应,包括体重和结肠长度,并降低了ZBTB4-/-小鼠的疾病活动指数(DAI)评分和脾脏指数(图3B-F)。此外,不同组结肠组织中的Serpine1表达与DSS诱导结肠炎的严重程度一致,表明在DSS诱导结肠炎期间,ZBTB4缺乏导致Serpine1上调和NF-κB信号级联的激活(图S3A,B)。结肠切片的H&E染色也表明JSH-23对ZBTB4缺乏诱导的结肠炎具有减轻作用(图3G)。综上所述,这些发现表明NF-κB激活介导了ZBTB4缺乏对溃疡性结肠炎的加剧作用。

                                  4.手参内酯以ZBTB4依赖的方式减轻溃疡性结肠炎


                                  我们上述数据证明ZBTB4缺乏加剧了小鼠的溃疡性结肠炎。这些发现表明ZBTB4可以保护小鼠免受DSS诱导的结肠炎,我们推断上调ZBTB4可能减轻溃疡性结肠炎。因此,我们接下来试图寻找能够增强ZBTB4表达的药理学试剂。我们使用比较毒物基因组学数据库(CTD)、中药系统药理学数据库(TCMSP)和MedChemExpress(MCE)化合物库进行了综合药物筛选,以识别与ZBTB4表达、自身免疫性疾病和NF-κB信号通路相关的天然化合物,如图S2A所示。用候选化合物处理NCM460细胞,然后通过RT-qPCR测量ZBTB4表达。我们发现手参内酯(handelin)处理导致ZBTB4表达水平最高(图S2B和4A)。Western blot分析也确定手参内酯是激活ZBTB4表达的潜在化合物(图4B)。为了验证手参内酯的体内功效,小鼠口服给予溶媒或手参内酯7天。然后,收集结肠组织并通过Western blot测量ZBTB4表达。与溶媒组相比,手参内酯处理的小鼠ZBTB4表达显著增加(图4C)。鉴于这一观察结果,我们假设手参内酯可能以ZBTB4依赖的方式改善结肠炎。为了验证这种可能性,我们用handelin或溶媒以及DSS处理WT和ZBTB4-/-小鼠(图4D)。每天监测体重和DAI评分。结果,handelin处理显著减轻了WT小鼠中DSS诱导的体重减轻和DAI变化,但对ZBTB4-/-小鼠没有影响(图4E、F)。处死小鼠后,我们发现handelin显著减轻了WT小鼠的结肠缩短和脾肿大,但对ZBTB4-/-小鼠没有影响(图4G、H)。此外,H&E染色进一步证实了handelin在WT而非ZBTB4-/-小鼠中的抗结肠炎作用。总之,这些结果表明handelin的抗结肠炎作用是依赖于ZBTB4的。

                                  更多结果和补充图表:doi: 10.3390/cells15100929







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