外泌体是细胞间通讯的重要载体，传统研究多聚焦于其携带的核酸和蛋白质。然而，基于质谱的代谢组学（LC-MS/MS、GC-MS）和脂质组学正揭示一个被长期忽视的领域：外泌体代谢物。这些包括ATP、琥珀酸、α-酮戊二酸、鞘氨醇-1-磷酸、乳酸、谷胱甘肽等的小分子，不仅能作为能量底物，更能直接激活嘌呤能受体、S1P受体或调控表观遗传，在几秒到几分钟内重塑受体细胞代谢。在肿瘤微环境中，外泌体代谢物诱导巨噬细胞M2极化、促进免疫抑制；在2型糖尿病和NAFLD中，脂肪和肝脏来源的外泌体代谢物介导胰岛素抵抗和纤维化进展。外泌体代谢组学还作为“代谢液体活检”工具，在癌症早期诊断和疾病监测中展现出高灵敏度与特异性。本综述系统阐述了外泌体代谢组学的技术方法、信号机制、临床转化前景及当前面临的标准化挑战。
今天给大家解读一篇3月发表在《Metabolites》上的题目为“Extracellular Vesicles Associated Metabolites as Intercellular Signalling Mediators in Disease and Therapy.”的文章。本综述旨在全面审视作为细胞间信号系统的外泌体代谢组。文章系统性地阐述了代谢物被封装入外泌体的可能机制（包括ESCRT依赖/非依赖途径、SLC转运蛋白、脂筏分配、与腔内蛋白结合），并探讨了代谢物加载是选择性还是随机性的未解问题。重点讨论了代谢物递送的定量约束条件。文章按功能类别回顾了外泌体代谢物，并详细分析了它们在肿瘤-基质代谢共生、免疫代谢调控、代谢疾病（如2型糖尿病、非酒精性脂肪肝）中的器官间交互对话、癌症转移、病毒感染和免疫逃逸中的作用。最后，综述了外泌体代谢组学的技术挑战和治疗意义。（请持续关注我们，每天为您解读最新见刊的文献!）想薅生信资料羊毛？直接在对话框回复 “资料”，免费领取干货大礼包！
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题目：《与细胞外囊泡相关的代谢物作为疾病和治疗中的细胞间信号传导介质》Extracellular Vesicles Associated Metabolites as Intercellular Signalling Mediators in Disease and Therapy
发表期刊：Metabolites
影响因子：3.7
研究背景：
过去二十年来，细胞外囊泡（EVs），特别是外泌体，已被认为是细胞间通讯的关键介质。然而，相对于蛋白质和核酸，其 cargo 中的代谢物部分仍未得到充分探索。尽管代谢物是最古老的生物信号形式，但在外泌体研究中常被视为被动副产物。近年来，基于质谱的代谢组学和单囊泡分析技术的进步揭示了外泌体代谢物 cargo 的多样性和特异性，表明这些小分子是活跃的信号剂。
CNSknowall 平台 Pubmed+AI 快速提炼全文要点
研究思路：
- 提出假设：
开篇立论，提出外泌体代谢组是一个重要的、功能独特的细胞间信号系统。
- 探讨生物发生：
分析代谢物被选择性封装入外泌体的潜在细胞分子机制，以及亲代细胞代谢状态如何决定 cargo 组成。
- 引入定量约束：
通过生物物理计算， critically 评估外泌体递送代谢物的功能可行性，区分不同的作用模式。
- 阐述信号机制：
按代谢物功能类别（如通过受体直接激活、免疫代谢调节、氧化还原调控），详细阐述其下游信号通路和生物学效应。
- 扩展应用与挑战：
探讨外泌体代谢组在疾病诊断、作为治疗载体、作为治疗靶点等方面的临床意义，并系统剖析该领域面临的方法学局限与标准化挑战。
- 总结与展望：
总结核心观点，提出“代谢群体感应”框架，并指明未来研究方向（如单囊泡技术、选择性包装机制、标准化）。
研究亮点：
- 提出定量框架：
批判性地提出了一个核心问题并建立了评估框架：外泌体递送的代谢物数量是否足以显著改变受体细胞的代谢池？这区分了“受体介导的信号传导”与“批量底物输送”两种可能的作用模式。
- 明确概念区分：
强调了外泌体代谢物信号与核酸/蛋白质信号在作用时间尺度（秒/分钟 vs. 小时/天）和机制上的根本区别。
- 整合“代谢群体感应”概念：
将外泌体代谢物信号视为组织水平上细胞协调代谢状态的“语言”，为理解组织稳态和疾病提供了统一框架。
- 涵盖前沿领域：
不仅回顾了癌症和代谢疾病，还纳入了病毒感染、转移前微环境形成等新兴领域中外泌体代谢物的作用。
- 正视方法学挑战：
系统剖析了外泌体代谢组学研究中的隔离假象、污染、方法依赖性偏差和标准化缺失等关键限制，并提出了具体的改进建议。
研究结果：
- 封装机制：
代谢物封装涉及多种部分重叠的机制，包括ESCRT依赖途径、ESCRT非依赖途径（如nSMase2-神经酰胺通路）、SLC转运蛋白介导的主动转运、脂筏分配以及与腔内蛋白（如HSP90）结合。亲代细胞的代谢状态（如Warburg效应、缺氧）深刻影响外泌体代谢物谱。
- 定量现实：
鉴于外泌体体积极小（~5×10⁻¹⁹ L），即使腔内浓度很高，单个囊泡所含代谢物分子数也有限。要显著改变受体细胞代谢池，需要每个细胞摄入并完全释放数万至数百万个外泌体，且需克服内容体逃逸效率低和代谢周转等障碍。因此，许多代谢物更可能通过局部受体介导的信号传导（如ATP激活P2受体，S1P激活S1PR）发挥作用，而非作为大量代谢底物。
- 信号功能：
- 能量底物：
如ATP、乳酸、氨基酸，可在营养缺乏时支持受体细胞代谢。
- 信号分子：
如TCA循环中间体（琥珀酸、延胡索酸）、二十烷类、核苷酸，可通过激活特定受体（如琥珀酸激活SUCNR1，ATP激活嘌呤能受体）或作为表观遗传修饰辅因子（如α-KG、2-HG影响去甲基化酶）来调控免疫、炎症和基因表达。
- 氧化还原辅因子/抗氧化剂：
如NADH、谷胱甘肽，以及抗氧化酶（SOD、过氧化氢酶），可调节受体细胞的氧化还原平衡。
- 致癌代谢物：
如2-羟基戊二酸（2-HG），可驱动表观遗传重编程，促进肿瘤进展。
- 疾病角色：
外泌体代谢物在肿瘤微环境代谢共生、巨噬细胞极化、T细胞功能抑制、癌症转移前微环境形成、2型糖尿病和NAFLD的器官间通讯、以及病毒感染（如HIV、SARS-CoV-2）的免疫调节中发挥关键作用。
- 方法学挑战：
外泌体代谢组学面临隔离方法偏差、脂蛋白和游离代谢物污染、代谢物稳定性差、分析灵敏度要求高以及缺乏标准化方案和参考材料等严峻挑战。
研究总结：
- 结论：
外泌体代谢组是一个重要的、功能独特的细胞间信号系统，协调着远距离细胞群体间的代谢状态。其作用模式因代谢物类别和生物学背景而异：受体活性代谢物（如ATP、S1P）即使微量递送也能通过级联放大产生强烈信号；而被提议作为批量底物的代谢物（如TCA中间体、氨基酸），其功能需在严格定量验证后才能下结论。
- 讨论与展望：
- 关键悬疑：
代谢物封装主要是选择性还是随机性的，仍是未解之谜，这直接影响对其功能意义的解读。
- 未来方向：
单囊泡代谢组学和先进微流体平台有望揭示外泌体异质性和实时代谢物转移动力学。与免疫代谢的融合为治疗癌症、自身免疫和代谢疾病提供了新机遇（如设计携带特定代谢物鸡尾酒的外泌体）。
- 转化挑战：
临床转化面临隔离方法标准化、严格的污染控制、GMP级生产协议和监管分类等重大挑战。
- 平衡观点：
并非所有提议的外泌体代谢物转移都能在受体细胞中产生明确的功能表型，特别是在生理相关剂量和营养充足条件下。承认这些局限性有助于将未来努力聚焦于最可能具有生物学意义的相互作用上。
- 统一框架：
“代谢群体感应”概念为理解细胞如何利用外泌体代谢物来感知和同步跨组织代谢状态提供了一个有说服力的统一框架。
结果译文：
肿瘤衍生外泌体中独特的代谢特征为通过液体活检方法进行非侵入性癌症检测提供了前所未有的机会。与传统组织活检不同，循环外泌体提供了进入实时肿瘤代谢的微创窗口，可以重复采样以监测疾病进展和治疗反应。外泌体膜的保护作用使不稳定的代谢物在循环中免受降解，保留了在无细胞血浆代谢组学方法中会丢失的代谢信息。
将外泌体代谢组学与现有的多组学方法整合，为早期癌症检测提供了特别的希望。与可能需要数年积累的基因组突变或通常缺乏特异性的蛋白质生物标志物不同，代谢改变反映了实时肿瘤生物学，并且可以在疾病临床表现之前出现。研究表明，外泌体代谢特征可以比传统诊断方法更早地检测胰腺癌和其他恶性肿瘤，有前瞻性证据表明检测能力可提前至常规诊断前两年，突出了代谢组学在高危人群筛查中的潜力。此外，循环外泌体的代谢特征可以区分原发性和转移性疾病，为分期和治疗选择提供有价值的信息。外泌体的脂双层性质赋予了其相对于其他生物标志物的独特优势，因为磷脂膜在样品处理和循环过程中保护了不稳定的代谢物，提供了优于无细胞代谢组学方法的内在稳定性。
“代谢液体活检”的概念已扩展到癌症之外，涵盖代谢性疾病、神经系统疾病和心血管疾病。来自脂肪组织细胞外囊泡的外泌体代谢物与胰岛素抵抗相关，并可预测2型糖尿病进展。穿过血脑屏障的脑源性外泌体携带区分神经退行性疾病的代谢特征，可能通过分析甘油磷酸胆碱等改变的代谢生物标志物实现阿尔茨海默病、帕金森病和其他痴呆的非侵入性鉴别诊断。这种方法代表了精准诊断的范式转变，因为外泌体代谢组学捕获了组织特异性细胞的动态代谢状态，而无需侵入性操作。结合外泌体的代谢组学、蛋白质组学和转录组学数据的机器学习进一步增强了诊断准确性并能够对疾病亚型进行分层，将基于外泌体的代谢组学定位为下一代精准医学的基石技术。
基于质谱的肿瘤衍生外泌体代谢组学分析揭示了独特的代谢指纹，能够区分癌症患者与健康个体及良性病变患者。液相色谱-串联质谱和气相色谱-质谱实现了外泌体代谢组的全面表征，识别出反映恶性肿瘤特征代谢重编程的糖酵解中间体、氨基酸、核苷酸和脂质的改变。结合磁性纳米颗粒外泌体分离与激光解吸/电离质谱的新型平台，能够快速进行代谢指纹分析用于癌症诊断，如在子宫内膜癌筛查中所证明的。
尿细胞外囊泡代谢组学代表了一种特别有吸引力的早期癌症检测非侵入性方法。对来自肺癌患者的尿液EVs进行代谢组学分析，已鉴定出有机酸、脂质和有机杂环化合物的独特谱图，能够以高灵敏度和特异性区分早期疾病与健康对照。多组学整合结合外泌体蛋白质组学、转录组学、代谢组学和脂质组学，通过提供肿瘤生物学的全面分子图谱进一步增强生物标志物发现。应用于这些复杂数据集的人工智能和机器学习算法能够识别稳健的多分析物特征，用于个性化癌症诊断。
外泌体的内在特性——包括生物相容性、低免疫原性、穿越生物屏障的能力以及细胞靶向能力——使其成为治疗性药物递送的理想候选载体。与主要通过增强通透性和滞留效应进行被动靶向的合成纳米颗粒不同，外泌体可以主动与特定细胞受体结合，提高递送效率的同时减少脱靶效应。临床试验目前正在评估基于外泌体的化疗药物递送，包括紫杉醇和阿霉素，用于耐药性乳腺癌和卵巢癌。
工程化策略已经显著扩展了外泌体的治疗潜力。通过遗传工程、代谢工程或对母细胞进行直接膜工程进行的表面修饰，能够用靶向肿瘤特异性受体（如EGFR、HER2或PSMA）的配体进行功能化。货物装载可以通过内源性方法（在供体细胞分泌外泌体之前将治疗剂装载到供体细胞中）或外源性方法（包括电穿孔、超声处理和与透化剂孵育）实现。间充质干细胞来源的外泌体装载吉西他滨已在胰腺癌模型中显示出增强的凋亡诱导作用。
外泌体介导的核酸治疗递送，包括小干扰RNA、microRNA和CRISPR/Cas9系统，为克服耐药机制提供了有前景的方法。装载靶向PI3K/AKT/mTOR通路的miRNA的外泌体在临床前模型中逆转了对PI3K抑制剂的耐药性，而靶向突变KRAS G12C的CRISPR/Cas9递送恢复了胶质母细胞瘤对替莫唑胺的敏感性。外泌体的货物灵活性，加上它们将有效载荷直接递送到受体细胞细胞质中的能力，提供了优于受限于细胞内摄取不良或药物快速降解的传统递送方法的显著优势。
理解肿瘤微环境中外泌体介导的代谢通讯揭示了破坏肿瘤-基质代谢共生的新治疗机会。靶向外泌体生物发生途径，包括使用GW4869等抑制剂抑制nSMase2，可以减弱肿瘤衍生的外泌体分泌并损害基质细胞的代谢重编程。然而，广谱外泌体抑制同时阻断了促肿瘤和免疫刺激的囊泡运输，凸显了对更具选择性的靶向策略的需求。
嘌呤能信号通路代表了有吸引力的治疗靶点，因为外泌体ATP和腺苷具有深刻的免疫调节作用。ENTPD1（CD39）和NT5E（CD73）抑制剂正在临床研究中以破坏实体瘤中的腺苷能免疫抑制，可能与免疫检查点阻断协同作用。P2X7受体拮抗剂和P2RY2抑制剂提供了调节ATP驱动的免疫逃逸和肿瘤微环境中PGE2积累的补充方法。“嘌呤能免疫检查点”的概念已成为开发靶向外泌体介导的代谢通讯的联合免疫疗法的统一框架。表2总结了当前靶向外泌体代谢通讯的临床应用和治疗策略。
外泌体代谢物在病毒发病机制和宿主防御中的作用已成为细胞外囊泡生物学的一个重要前沿。病毒感染深刻地重塑宿主细胞代谢，这些代谢变化反映在分泌的外泌体的组成中。病毒感染的细胞释放具有改变代谢物货物的外泌体，这些外泌体可以重编程受体免疫细胞，调节抗病毒反应，并促进病毒传播。
HIV感染的巨噬细胞释放富含糖酵解代谢物和NAD⁺前体的外泌体，通过激活腺苷能通路抑制CD8⁺ T细胞细胞毒性。SARS-CoV-2感染显著改变细胞代谢组学，使外泌体富含琥珀酸和衣康酸——这些代谢物调节受体细胞中的NF-κB信号和I型干扰素反应。来自COVID-19患者的富含琥珀酸的外泌体据报道可激活内皮细胞中的HIF-1α，可能有助于重症疾病特征性的血管炎症。这种富含琥珀酸的外泌体信号的生物学“意图”值得考虑。存在两种机制上不同的解释：（i）宿主防御情景，其中装载琥珀酸的外泌体作为旁分泌危险信号，警告邻近未感染细胞注意病毒感染引起的代谢紊乱，可能启动先天免疫反应；或（ii）病毒操纵情景，其中SARS-CoV-2劫持宿主外泌体生物发生以传播琥珀酸驱动的HIF-1α和NF-κB激活，从而诱导加剧疾病严重程度的血管炎症和细胞因子风暴。目前的证据不能明确区分这些可能性，因为两者都与在受体内皮细胞中观察到的HIF-1α激活一致。然而，外泌体琥珀酸富集相对于病毒复制动力学的时序动态，以及琥珀酸-SUCNR1信号作为血管炎症放大器的已知作用，在重症COVID-19中更符合病毒操纵的解释。未来的研究采用细胞类型特异性外泌体耗竭策略将有助于解决这个问题。
相反，外泌体代谢物也可以发挥抗病毒功能。富含抗氧化代谢物的植物来源细胞外囊泡已显示出与病毒组织损伤相关的抗炎活性。外泌体NAD⁺转移被提出作为一种机制，通过该机制健康细胞向受病毒挑战的邻居传达代谢充足性，可能协调组织水平的抗病毒反应。随着外泌体代谢组学领域的成熟，感染特异性代谢特征的鉴定有望用于开发新型诊断生物标志物和基于代谢物的抗病毒策略。
外泌体代谢物已成为2型糖尿病和非酒精性脂肪性肝病（两种全球最普遍的代谢性疾病）中器官间代谢串扰的重要介质。在T2DM中，脂肪组织来源的外泌体携带高水平的支链氨基酸、神经酰胺和溶血磷脂酰胆碱，损害骨骼肌和肝细胞中的胰岛素信号传导。来自胰岛素抵抗供体的脂肪细胞来源外泌体激活受体细胞中的mTORC1通路并抑制IRS-1磷酸化，机制上将外泌体代谢物货物与外周胰岛素抵抗联系起来。此外，包括改变的酰基肉碱谱和核苷酸代谢物在内的循环外泌体代谢特征已被提出作为能够在临床发病前预测T2DM进展的早期生物标志物。
在NAFLD中，肝细胞来源的外泌体在脂毒性条件下富集鞘氨醇-1-磷酸、神经酰胺和溶血磷脂酸，并已被证明可激活肝星状细胞，促进纤维化进展。NAFLD患者血浆的外泌体代谢组学揭示了相对于健康对照，TCA循环中间体（琥珀酸、富马酸）、游离脂肪酸衍生物和胆汁酸结合物的一致性上调，反映了NAFLD特征性的线粒体和脂质代谢紊乱。这些循环外泌体代谢特征与组织学疾病严重程度相关，表明其作为NAFLD分期非侵入性生物标志物的潜在实用性。重要的是，肠道微生物组来源的短链脂肪酸，包括丁酸和丙酸，已在肠上皮来源的外泌体中被检测到，可能代表了通过肠-肝轴微生物代谢物影响NAFLD肝脏脂质代谢的另一条途径。
超越T2DM和NAFLD，外泌体代谢物信号已被牵涉于肥胖相关的器官间串扰中。来自肥大脂肪细胞的富含脂质的外泌体通过递送神经酰胺和氧化脂质损害胰腺β细胞功能，触发线粒体功能障碍和内质网应激。在骨骼肌中，运动期间释放的外泌体乳酸和琥珀酸介导远处组织的适应性代谢反应，为运动诱导的全身代谢益处提供了分子基础。这些例子共同确立了外泌体代谢组学作为一个有前景的诊断和机制框架，用于理解心血管代谢疾病特征性的系统性失调。
外泌体代谢组学面临着一系列层次化的方法学挑战，涵盖样本完整性、分析灵敏度、分离偏差以及全领域标准的缺失——这些必须在临床转化实现之前得到系统解决。
EV代谢组学中的一个基本挑战是区分真正封装的代谢物与通过共分离伪影引入的代谢物，这一问题因分离方法的选择本身会系统性塑造任何EV制备的表观代谢组而变得更加复杂。
三个主要污染源值得关注。脂蛋白——特别是ApoB-100（LDL）和ApoA-1（HDL）——在小EVs的尺寸和浮力密度上与EVs显著重叠，并且通过大多数标准富集方案（包括差速超速离心、尺寸排阻色谱和聚合物沉淀）常规共分离。在血浆中，脂蛋白浓度超过EV浓度五到六个数量级，意味着即使是痕量的脂蛋白携带也会构成显著的代谢物背景信号源。非囊泡细胞外纳米颗粒——包括exomeres和supermeres——携带先前归因于经典外泌体的代谢物和蛋白质货物，它们的无意包含会显著扭曲代谢组学谱。最后，来自条件培养基或生物流体的残留游离代谢物在洗涤步骤中不完全去除，可能与囊泡共沉淀，特别是对于亲水性分析物，如核苷酸、氨基酸和TCA循环中间体。
这些污染风险在不同分离方法之间并不等同，方法依赖性偏差直接影响了已发表数据集的解释。差速超速离心虽然历史上是该领域的基准，但共分离蛋白质聚集体和脂蛋白相关脂质，人为地增加了表观代谢物含量；沉淀力还促进囊泡聚集和膜破裂，可能在提取前释放管腔内容物。SEC通过将EVs与游离可溶性代谢物分离并减少NVEP污染，显著提高了纯度，但产生较低的总代谢物回收率。基于聚合物的沉淀试剂盒操作简单且高通量，但共沉淀脂蛋白、蛋白质复合物和核蛋白聚集体，使得来自这些方案的代谢物数据特别容易受到误解。使用四跨膜蛋白靶向抗体的免疫亲和捕获提供了最大的亚群特异性，并有效排除缺乏四跨膜蛋白表达的脂蛋白，但在通量、规模和代谢物产量方面仍然有限。某些代谢物类别受这些方法特异性偏差的影响尤为严重：极性脂质和磷脂在脂蛋白共分离物中富集；氨基酸和有机酸倾向于与蛋白质聚集体共沉淀；嘌呤核苷酸可能在长时间超速离心过程中非特异性吸附到EV膜表面。这些模式意味着，只有当使用相同的分离方案时，EV代谢物谱的跨研究比较才有意义。
验证真正的封装需要多管齐下的方法。使用碘克沙醇梯度进行密度梯度分级分离仍然是区分真正的小EVs（浮力密度约1.13-1.19 g/mL）与共分离的LDL（约1.02 g/mL）和HDL（约1.08-1.21 g/mL）的最可靠策略，与已建立的EV标志物（CD63、CD9、CD81、TSG101）共分级作为真正的囊泡关联的有力支持证据。比较完整EV与透化EV的代谢物释放的洗涤剂裂解对照可以区分管腔封装与表面吸附，而裂解前的蛋白酶K消化进一步区分外膜相关与真正的腔内代谢物。使用四跨膜蛋白靶向抗体的免疫亲和捕获通过富集定义的EV亚群，同时从下游代谢物分析中排除脂蛋白，提供了另一层特异性。
制备纯度应通过EV颗粒数与共分离脂蛋白或蛋白质含量的比率来评估，使用脂蛋白特异性标志物（如LDL和HDL）结合纳米颗粒追踪分析进行验证。尽管密度梯度超速离心是建立真正EV封装的金标准，但它耗时且通量低，限制了在大规模临床队列研究中的常规应用。因此，该领域需要开发和验证与代谢组学工作流程兼容的可扩展、高纯度分离方法，这一优先级应在未来的方法开发研究中明确解决，并在新兴的EV代谢组学报告指南中得到反映。
加剧污染问题的是一个持续存在的分析挑战：从EV分离物中可回收的代谢物数量常常接近常规质谱平台的检测阈值。这推动了对更高灵敏度分离技术的兴趣，包括毛细管电泳-质谱——特别适用于离子性和高极性分析物，如核苷酸、有机酸和氨基酸，这些在反相LC柱上保留差——以及能够在皮摩尔水平操作的微流控纳升液相色谱系统。LC-MS/MS和离子淌度质谱等先进平台已显著扩展了代谢物覆盖范围和分析能力；然而，即使有这些改进，低丰度EV代谢物的检测在技术上仍然具有挑战性，并且仍然需要实质性的灵敏度增益。
加工过程中的代谢物稳定性构成了进一步的混杂变量。不稳定的物种，包括ATP、NADH和类花生酸脂质介质，在EV分离过程中可能显著降解，产生人为结果，损害生物学解释和跨实验室的可重复性。这些稳定性问题不仅限于实验室：一旦外泌体释放到细胞外空间，其磷脂双层仅提供部分保护免受降解，信号活性的半衰期因代谢物类别而异。嘌呤核苷酸（ATP、ADP）被细胞外胞外核苷酸酶（CD39、CD73）快速水解，在组织微环境中的半衰期为几分钟，而类花生酸和鞘氨醇-1-磷酸在数小时内易受氧化降解和脂肪酶活性的影响。氧化还原辅因子如NADH在生理温度下因自发水解和氧化而特别不稳定，而氨基酸和TCA循环中间体在化学上更稳定，可能在更长时间尺度上保持信号活性。这些差异稳定性对外泌体代谢物信号的时空范围有直接影响：细胞外半衰期短的受体活性代谢物可能以旁分泌或邻分泌方式作用，而化学稳定的代谢物可能支持更远端的内分泌型通讯。未来的研究应纳入在分泌后代谢物完整性的严格时间过程测量，以及在分离前加标的稳定同位素标记内标，以准确模拟外泌体货物的生物学可利用部分。
缺乏协调一致的分析前和分析方案仍然是跨研究可比性和临床应用的最重要障碍之一。虽然MISEV2023共识指南提供了EV分离严谨性、可重复性和透明度的最新框架，但该文档中针对代谢组学的具体建议仍然有限，这是一个需要专门专家共识的领域。同样紧迫的是缺乏EV代谢组学的认证参考物质和经过验证的实验室间环试验：与其他组学学科不同，该领域目前缺乏具有定义代谢物货物的批次特征参考标本，这对方法验证和测定基准测试构成了重大障碍。解决这一空白将需要社区开发类似于MIAPE但专门针对外泌体代谢组学量身定制的最低报告标准——涵盖分离方法、裂解和提取方案、分析平台以及代谢物注释标准——以确保发现是可重复的、跨实验室可比较的，并最终可转化为经过验证的临床测定。作为一个具体的“行动呼吁”，我们建议外泌体代谢组学研究采用一套基于MISEV2023框架但扩展到代谢组学特定需求的最低报告要求。具体而言，我们建议：（i）包含一个“空白培养基对照”，与样品通过所有分离步骤进行相同处理，以量化来自条件培养基的背景代谢物携带；（ii）使用在裂解前加标的稳定同位素标记回收内标（例如关键分析物的¹³C或氘标记版本），以校正可变的提取效率和仪器响应；（iii）报告归一化到蛋白质含量和颗粒数两者的代谢物浓度，以实现跨研究比较；以及（iv）强制披露分离方法、裂解缓冲液组成、提取溶剂以及MS平台及采集参数。实施这四个标准将代表外泌体代谢组学数据集的可重复性和可解释性的有意义的、立即可实现的改进。
更多结果和补充图表：doi： 10.3390/metabo16030207
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