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1区8.3分!全外显子组测序+单细胞转录组+磷酸化蛋白质组揭示:HNRNPR突变通过m6A依赖性可变剪接,导致精子源性卵子激活失败及男性不育?

1区8.3分!全外显子组测序+单细胞转录组+磷酸化蛋白质组揭示:HNRNPR突变通过m6A依赖性可变剪接,导致精子源性卵子激活失败及男性不育? CNS生信新靶点挖掘
2026-04-15
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导读:卵子激活失败是男性因素不育的重要原因,即使ICSI后仍反复受精失败。本研究通过全外显子组测序从不育患者中鉴定出HNRNPR纯合或复合杂合错义突变。构建Hnrnpr敲入小鼠模型证实突变致精子顶体发育异常


卵子激活失败是男性因素不育的重要原因,即使ICSI后仍反复受精失败。本研究通过全外显子组测序从3例不育患者中鉴定出HNRNPR纯合或复合杂合错义突变。构建Hnrnpr敲入小鼠模型证实突变导致精子顶体发育异常、鞭毛微管紊乱、PLCζ表达下降及异常定位。单细胞转录组+蛋白质组显示PLCζ显著下调。机制上,hnRNPR通过m6A依赖性方式调控Plcz1前体mRNA的可变剪接(外显子跳跃),RIP-seq证实hnRNPR直接结合Plcz1。功能上,突变精子ICSI后无法诱发卵子钙振荡,但SrCl₂人工卵子激活可恢复受精和胚胎发育。此外,EVs-SKAP2改善精子活力,重组NusA-PLCζ蛋白微注射直接挽救激活失败。该研究揭示了RNA剪接调控卵子激活的新机制,并为临床治疗提供了转化策略。

今天给大家解读一篇3月发表在《EMBO Molecular Medicine》上的题目为“Characterization and therapy of fertilization failure in murine and human models with HNRNPR mutations.”的文章。本研究系统报道了HNRNPR突变导致男性不育的发现、机制与治疗。通过对IVF/ICSI反复失败的患者进行遗传学分析,发现了HNRNPR的致病性突变。构建的对应点突变敲入小鼠模型表现出与患者一致的不育表型。机制研究发现,突变破坏了hnRNPR以m6A依赖的方式调控Plcz1正确剪接的功能,导致精子中PLCζ的表达量下降和定位异常,从而使精子无法触发卵母细胞内的钙振荡。研究最终通过人工卵母细胞激活(SrCl₂)和重组PLCζ蛋白治疗,成功在人和小鼠模型中恢复了受精与胚胎发育。请持续关注我们,每天为您解读最新见刊的文献!)想薅生信资料羊毛?直接在对话框回复 “资料”,免费领取干货大礼包!包括数据集、绘图代码、图表复现、思路总结、参考文献……0代码!鼠标点点点即可轻松完成5-10分生信SCI全文复现!

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题目:《HNRNPR突变小鼠和人类模型中受精失败的特征分析及治疗Characterization and therapy of fertilization failure in murine and human models with HNRNPR mutations

发表期刊:EMBO Molecular Medicine

影响因子:8.3

研究背景

卵母细胞激活是受精和胚胎发育的关键步骤,由精子触发的持续性钙振荡驱动,而PLCζ是精子中引发钙振荡的核心因子。尽管已知一些基因(如ACTL7A, IQCN)突变可通过影响PLCζ导致受精失败,但多数精子源性卵母细胞激活失败的遗传病因和分子机制仍不清楚。RNA结合蛋白在精子发生中调控转录后过程的作用日益凸显,但其是否调控PLCζ尚属未知。临床上,人工卵母细胞激活是克服此类失败的一种策略。



                            CNSknowall 平台 Pubmed+AI 快速提炼全文要点

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                            研究思路:

                              1. 临床发现与遗传定位
                                从临床IVF/ICSI反复失败但经AOA成功的病例入手,利用全外显子组测序在三个家系中鉴定出HNRNPR突变。
                              2. 动物模型验证
                                构建携带人类对应突变的Hnrnpr敲入小鼠,验证其不育表型及对IVF/ICSI无反应、但对AOA有反应的特征。
                              3. 表型与机制初探
                                确认突变小鼠精子形态异常,并通过钙成像证明其精子无法诱导卵母细胞钙振荡。
                              4. 关键因子搜寻
                                通过转录组、蛋白组和单细胞测序分析,发现突变精子中PLCζ的表达和定位均出现异常
                              5. 分子机制深挖
                                结合RNA-seq、RIP-seq和m6A-seq等多组学分析,阐明hnRNPR以m6A依赖的方式调控Plcz1 mRNA剪接的机制。
                              6. 治疗策略探索与验证
                                分别针对精子活力缺陷(使用EVs-SKAP2)和卵母细胞激活缺陷(使用SrCl₂ AOA重组NusA-PLCζ蛋白),测试并验证其恢复受精和生育能力的效果。


                              研究亮点:

                                1. 临床与机制紧密结合
                                  从反复IVF/ICSI失败的临床病例出发,通过遗传学分析锁定致病基因,并利用基因敲入小鼠模型完美重现了人类表型,确立了因果关系。
                                2. 机制解析深入
                                  超越了单纯的基因与表型关联,深入揭示了RNA结合蛋白通过转录后剪接调控来影响精子功能的全新分子路径(HNRNPR-m6A-Plcz1剪接-PLCζ-钙振荡)。
                                3. 治疗策略双重验证
                                  不仅验证了现有临床方法(SrCl₂ AOA)对本病患的有效性,还创新性地开发并验证了两种潜在治疗策略(EVs-SKAP2改善精子活力重组PLCζ蛋白微注射),为转化医学提供了直接依据。


                                研究结果:

                                  1. 临床遗传发现
                                    在三个不育家系中发现了HNRNPR的纯合或复合杂合错义突变,患者精子形态和活力异常,其配偶经SrCl₂ AOA治疗后成功受精并妊娠。
                                  2. 小鼠模型表型
                                    Hnrnpr敲入雄性小鼠完全不育,精子数量和睾丸重量正常,但活力低下、形态异常(顶体发育缺陷、核畸形)。其精子同样无法通过常规IVF/ICSI受精,但SrCl₂ AOA可成功挽救
                                  3. 钙振荡异常
                                    突变精子进行ICSI后,无法在卵母细胞内诱发正常的钙振荡,表明卵母细胞激活失败的直接原因是钙信号缺陷
                                  4. PLCζ表达与定位异常
                                    在人和小鼠的突变精子中,PLCζ的蛋白表达量显著下降,且在精子中的亚细胞定位发生错误
                                  5. 核心分子机制
                                    hnRNPR作为剪接调控因子,其突变导致睾丸中发生广泛的异常剪接事件。其直接结合Plcz1前体mRNA,并通过m6A依赖的方式调控其正确剪接。功能丧失导致Plcz1剪接异常,进而造成PLCζ蛋白减少。
                                  6. 治疗策略有效
                                    • AOA
                                      SrCl₂处理能有效恢复突变精子受精后的钙振荡、原核形成及胚胎发育。
                                    • 基因治疗策略
                                      EVs-SKAP2处理能改善突变精子的活力,但与SrCl₂联用才能实现高效受精并产下后代。
                                    • 蛋白替代治疗
                                      ICSI后向卵母细胞注射重组NusA-PLCζ蛋白,能有效挽救受精和胚胎发育。


                                  研究总结:

                                  本研究得出结论:HNRNPR突变是导致精子源性卵母细胞激活失败和男性不育的一种新遗传病因。其致病机制在于破坏了对Plcz1 mRNA的m6A依赖性剪接调控,从而导致PLCζ缺乏和钙振荡失败。

                                  讨论部分指出,该发现将RNA剪接调控与受精关键事件联系起来,强调了转录后调控在男性生育力中的重要性。在治疗上,研究证实了SrCl₂ AOA对本病患的临床有效性,也展示了重组PLCζ蛋白治疗的潜力。这些发现为开发基于基因诊断的精准辅助生殖策略(如针对PLCζ缺陷的特异性AOA)奠定了科学基础。同时,研究也指出未来需要关注此类干预措施的长期安全性。



                                  结果译文:

                                  1.HNRNPR基因突变导致卵子激活失败和男性不育


                                  我们对572例弱畸精子症患者组成的队列进行了临床研究,重点关注了三名在接受体外受精和卵胞浆内单精子注射后均经历受精失败的患者。值得注意的是,使用SrCl₂的人工卵子激活成功挽救了这些患者的受精失败(图1A)。共有75%(12/16)的卵子成功受精,50%(6/12)的受精卵发育成优质胚胎(图1B;表EV1)。在移植了三枚高质量胚胎后,患者的伴侣成功妊娠。为了阐明观察到的卵子激活失败的遗传基础,我们进行了全外显子组测序。在一个近亲婚配家系的两名受累兄弟中鉴定出HNRNPR的纯合错义变异(c.1540G > A),并在一个非近亲婚配家系的一名先证者中鉴定出复合杂合错义变异(c.1280A > C和c.1369G > A)(图1C)。使用SIFT、PROVEAN、CADD和MutationTaster进行的计算机分析预测所有三个变异均为有害。此外,PhastCons和phyloP保守性分析显示这些位点的核苷酸高度保守(图1D)。为了评估鉴定出的HNRNPR变异的功能后果,计算机辅助精子分析显示患者的精子浓度在正常范围内;然而,活力和形态正常精子的比例显著降低(图EV1A;表EV2)。扫描电子显微镜显示两名受累个体存在结构异常,包括精子头部呈锥形或变细以及鞭毛弯曲(图EV1B)。透射电子显微镜进一步显示精子鞭毛的中段、主段和末段中特征性的“9+2”微管排列被破坏(图EV1C)。定量分析证实与HNRNPR突变相关的精子头部异常和鞭毛缺陷均显著增加(图EV1A;表EV2)。

                                  2.Hnrnpr突变导致卵子激活失败和男性不育


                                  与野生型对照相比,Hnrnpr敲入小鼠的睾丸体积和重量显著减小(图2A,B)。精子浓度、活力和形态正常精子的比例也显著降低(图2C-F)。重要的是,KI雄性小鼠是不育的(图2G,H)。在敲入小鼠中,生精小管表现出进行性生殖细胞耗竭(图2I,J)。相比之下,Hnrnprflox;Dhh-Cre(DcKO)小鼠的睾丸大小和生育力正常(附录图S2K-M),表明hnRNPR对生殖细胞功能和男性生育力至关重要,而其在支持细胞中的存在对于生殖能力是非必需的。
                                  为了进一步评估hnRNPR在精子头部形态发生中的作用,对精子细胞发育的分步分析显示,从第9步到第16步,顶体生物发生和核浓缩被破坏(图EV2A,B)。野生型睾丸的透射电子显微镜显示正常的精子细胞分化,而在KI小鼠中,在帽期,将顶体锚定到细胞核的顶体板结构紊乱,表现为顶体内膜和核膜之间的间隙扩大(图EV2C)。KI小鼠中顶体板松动的精子细胞比例显著高于WT对照,且KI精子细胞中的顶体板明显更厚(图EV2D,E)。在WT小鼠中,成熟期的延长精子细胞显示核浓缩,具有清晰界定的顶体紧贴核表面。相反,KI精子细胞缺乏正常的顶体,且附睾精子表现出顶体从核膜脱离并伴有核变形(图EV2F-H)。值得注意的是,IVF和ICSI均未能挽救KI精子的受精缺陷(图2A-F),而人工卵子激活成功克服了受精失败和胚胎发育停滞(图2D-F),与受累人类患者中观察到的表型一致。总之,这些发现突显了hnRNPR在调节精子发生、卵子激活和整体受精能力中的关键作用。

                                  3.精子中的Hnrnp突变导致卵子内钙振荡异常


                                  为了阐明Hnrnp突变导致卵子激活失败的分子机制,我们系统调查了先前报道的与卵子激活失败相关的致病机制。在所有已鉴定的基因中,只有五个来源于精子,而二十六个来源于卵子(图3A)。值得注意的是,所有五个精子来源的基因都通过调节钙信号通路在卵子激活中发挥作用(图3A)。基于这些发现,我们假设Hnrnp突变可能破坏卵子内的钙信号。为了验证这一假设,我们进行了免疫荧光染色,监测ICSI后卵子内的钙动态。在生理钙浓度(2 mM)下,注射KI精子的卵子未能表现出周期性的钙振荡(图3B-E)。将细胞外钙浓度增加到5 mM仅在KI卵子中诱导了短暂、低幅度的钙升高,仍显著弱于WT对照中观察到的(图3B-E)。这些结果表明Hnrnp突变精子无法触发卵子激活所需的正常钙振荡模式。
                                  由于卵子中的钙振荡主要来源于内质网,我们接下来检查了Hnrnp突变是否影响内质网钙释放。用IP₃受体激动剂组胺处理卵子,成功诱导了内质网钙释放和正常的胞质钙振荡,证明了IP₃受体的功能完整性(图3F,G)。此外,补充SrCl₂恢复了注射KI精子的卵子中的胞质钙振荡。为了确认胞质钙的增加来源于内质网储存,使用内质网特异性钙指示剂Cal-520ER AM监测内质网钙动态。胞质钙的增加伴随着内质网钙的相应减少,支持内质网钙释放的观点(图3H-J)。除了SrCl₂能够恢复卵子的钙振荡外,免疫荧光分析显示SrCl₂处理挽救了随后的受精,如雌雄原核的形成所证明(图EV3A,B)。总之,这些结果表明携带Hnrnp突变的精子无法启动卵子中正常的钙振荡,导致卵子激活失败,而使用SrCl₂的人工卵子激活有效恢复了受精和发育能力。

                                  4.ICSI后卵子中的异常RNA转录本及单倍体精子细胞中的PLCζ表达


                                  为了阐明精子Hnrnp突变导致卵子激活失败的分子机制,我们首先在ICSI后进行了Smart-seq转录组分析(图4A)。比较分析显示,WT和KI卵子之间在ICSI后有261个差异表达基因,而在KI-ICSI和KI-ICSI+AOA组之间有278个差异表达基因(图4B,C)。Venn图分析鉴定出81个重叠的DEGs,基因本体论富集表明这些基因主要与钙稳态和受精通路相关(图4D,E)。这些结果表明精子中Hnrnp的破坏损害了卵子中的转录反应,这对卵子激活至关重要。由于精子中存在Hnrnp突变,我们进一步对WT和Hnrnpr敲入小鼠的睾丸进行了单细胞RNA测序。该分析鉴定了16个不同的细胞簇,使用标志基因将其分为六个主要细胞群体,且这些簇的转录谱在WT和KI睾丸之间大体相当(附录图S3A-E和S4)。定量分析证实整体细胞类型比例也没有显著改变(附录图S3F)。UMAP可视化和标志基因表达分析进一步验证了细胞类型的正确注释。值得注意的是,在单倍体精子细胞中,KI小鼠中Plcz1的表达显著降低(图4F)。为了支持这些转录组学发现,我们对人和小鼠的附睾精子进行了定量蛋白质组学分析。在人类中鉴定出145个差异表达蛋白,在小鼠中鉴定出201个,其中98个蛋白在两个物种中共有(图4G)。这些DEPs的GO分析显示受精相关过程显著富集。重要的是,转录组学和蛋白质组学分析均一致显示KI组中PLCζ显著下调(图4H-K)。通过小提琴图在scRNA-seq数据集中可视化Plcz1表达,确认了KI小鼠单倍体精子细胞中表达降低(图4H)。RT-qPCR和免疫印迹进一步验证了这些发现(图4I-K)。此外,对患者和KI小鼠成熟精子的免疫荧光分析显示PLCζ的亚细胞定位异常(图5A,B)。免疫印迹证实成熟附睾精子中PLCζ表达降低(图5C-F)。总之,这些结果确立了hnRNPR是Plcz1基因表达的关键调节因子。HNRNPR突变破坏PLCζ的合成和定位,损害精子触发钙振荡和卵子激活的能力,最终导致男性不育。

                                  5.hnRNPR以m6A依赖性方式调节Plcz1前体mRNA的可变剪接


                                  作为一个特征明确的剪接调节因子,hnRNPR结合前体mRNA并在多种组织中调节可变剪接。为了探究hnRNPR是否在睾丸和雄性生殖细胞中发挥类似的调节作用,我们分析了出生后第56天野生型和Hnrnpr敲入小鼠睾丸的RNA测序数据。比较转录组分析显示,Hnrnpr突变深刻改变了剪接景观,导致二倍体精子细胞中1671个差异AS事件和1202个差异剪接基因(图6A)。其中,外显子跳跃是最显著的变化,占总AS事件的61.4%(1026/1671),占三个生物学重复中受影响基因的60.57%(图6B)。其他检测到的剪接变化包括互斥外显子、可变5′剪接位点、可变3′剪接位点和内含子保留,共同表明剪接位点选择的广泛紊乱。映射分析进一步显示Hnrnpr突变降低了外显子读段密度,同时增加了内含子和基因间读段(图6C),表明转录物成熟受损以及剪接错误或转录物不稳定性增加。差异剪接基因的GO富集分析突出了与受精、顶体形成和mRNA稳定性的强关联(图6D)。这些发现表明hnRNPR依赖性剪接对受精相关基因的正确表达至关重要,其破坏可能是Hnrnpr KI小鼠中观察到的卵子激活缺陷和男性不育的基础。
                                  为了实验验证这些观察,我们使用Sashimi图可视化和半定量RT-PCR分析了关键受精相关基因Plcz1的AS事件(图6E-G)。使用异构体特异性引物的RT-PCR证实,Hnrnpr突变诱导了以Plcz1转录本中外显子3跳跃为特征的异常剪接(图6G)。这种错误剪接事件产生非经典或截短的转录本亚型,可能损害Plcz1蛋白表达及其在触发卵子激活中的功能。为了确定hnRNPR是否在精子发生过程中直接与前体mRNA相互作用并以m6A依赖性方式调节Plcz1剪接,我们使用出生后第35天小鼠睾丸的圆形精子细胞进行了hnRNPR的RNA结合蛋白免疫沉淀测序以及m6A RNA免疫沉淀测序。结合单细胞RNA测序、RNA-seq、m6A-seq和RIP-seq数据集的多组学整合分析,鉴定出46个既差异表达又可变剪接、同时携带m6A修饰和hnRNPR结合峰的重叠基因(图6H,I)。这些靶点的GO富集显示与受精和精子顶体发育相关的生物学过程强烈富集(图6I)。其中,Plcz1因其在卵子激活中启动钙振荡不可或缺的作用而成为关键的功能靶点。为了验证hnRNPR和Plcz1之间的直接调控关系,RNA免疫沉淀后PCR确认hnRNPR直接结合Plcz1前体mRNA,RIP-qPCR验证了强结合亲和力(图6J)。整合基因组学可视化进一步显示hnRNPR结合位点与m6A富集的剪接连接点重合,支持hnRNPR通过m6A依赖性机制调节Plcz1剪接的观点(图6K)。总之,这些结果揭示hnRNPR通过m6A介导的调控来协调Plcz1前体mRNA的可变剪接,从而确保Plcz1(一个对卵子激活和受精成功至关重要的精子来源因子)的正确表达。

                                  6.HNRNPR突变所致受精失败的治疗挽救


                                  在我们的研究中,Hnrnpr突变不仅导致精子活力下降,还引起卵子激活失败。因此,我们首先旨在改善精子活力,并发现Src激酶相关磷蛋白2在细胞骨架重塑和精子活力中发挥关键作用。为了探索其转化治疗潜力,我们开发了一种基于基因治疗的策略,利用富含SKAP2的细胞外囊泡。利用细胞外囊泡更高的装载效率和内在的货物递送能力(图EV4A),我们将mEVs-SKAP2与人(表EV3)和小鼠(表EV4)的附睾精子进行体外共孵育。治疗后使用计算机辅助精子分析评估显示精子活力显著改善,而形态和轴突异常的纠正仍然有限(图7A-D和图EV4B-E和图EV5A-C)。此外,治疗后F-ACTIN聚合和磷酸盐水平均显著上调(图7E-G和图EV5D-G),表明细胞骨架动力学增强和精子生物能量活性改善。
                                  传统上,活的睾丸或附睾精子可通过体外受精或ICSI实现受精。为了评估我们的EV-SKAP2策略相对于这些传统方法的优势,我们评估了IVF后的受精能力(图7H)。此外,鉴于携带Hnrnp突变的精子进入后无法触发卵子激活,我们应用SrCl₂处理诱导人工激活(图7H)。值得注意的是,EVs-SKAP2和SrCl₂的联合治疗成功恢复了受精能力,使正常的二细胞胚胎发育成为可能,并最终产生活后代(图7I-K)。作为hnRNPR的关键下游效应分子,Plcz1对于卵子激活和受精过程中钙振荡的触发至关重要。为了评估恢复Plcz1的治疗潜力,我们合成了NusA标记的重组人PLCζ蛋白。在ICSI后,将0.01 mg/ml的NusA-PLCζ显微注射到MII卵子中(图7L)。治疗后分析显示,与NusA对照组相比,胚胎发育率显著提高(图7M,N),证实了卵子激活和早期胚胎发生的功能挽救。总之,这些发现表明mEVs-SKAP2主要通过调节F-ACTIN动力学和ATP代谢增强精子活力,而SrCl₂和NusA-PLCζ补充有效恢复了钙振荡和卵子激活能力,为开发靶向治疗策略以克服受精失败建立了连贯的机制和转化框架。

                                  更多结果和补充图表:doi:10.1038/s44321-026-00374-z



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