2005年
班纳贝蒂项目组在逆向研究超级血清过程中认为还原配方的关键可能在于伽马辐射， 准备招录志愿者进行人体试验。结果遇到经费被军方砍掉的问题，于是，班纳自己接种了超级血清，上台接受行伽玛辐射大剂量测试，这一操作导致了班纳第二人格的浩克出世了，每当情绪一激动，就会释放出来一个绿色巨人。
现场混乱，贝蒂受伤，住进了医院。班纳恢复正常后去医院看望贝蒂，罗斯将军承认了该项目是武器化应用，要抓他交给军方继续研究，班纳不信任罗斯将军了，拘捕逃走，开始了与军方周旋五年的亡命天涯之旅。他逃出国境线，进入加拿大原始森林，没多久辗转去了南美热带雨林区。途中，使用发生控制不好自己，变身出来，留下了很多绿巨人的目击记录。
这件事让罗斯父女的关系降到了冰点，许多年都不说话。
罗斯将军调来了精英士兵埃米尔·布朗斯基，派往亚马逊雨林，发现了绿巨人破坏过的现场，但找不到人。美国军方叫停了生命力量增强计划项目，所有数据都被罗斯将军拿走了，但还有一份被贝蒂偷偷藏在了卡尔弗大学里。
2006年
逃亡途中，班纳尝试联系贝蒂报平安，但电子邮件都被军方截获后屏蔽，贝蒂什么也没收到。
班纳为躲避军方，在加拿大和巴西来回躲藏，甚至还去了东亚、东非，迁移过程中经常被目击者发现他变身了。最后实在走投无路，班纳进入了北极圈，难以忍受，对着自己饮弹自尽，结果浩克现身把子弹吐了出来，自杀对班纳来说也成了不可能完成的任务。
神盾局特工麦克之女霍普·麦肯齐出生，不到四天就夭折了，成为麦克一生的痛点。
林肯·坎贝尔被异人觉醒前的焦虑折磨着，酒后带着劝他的女友驾车，撞上了电杆子。瞬移者高登现身把他们带去了虚无之地疗伤，林肯终于完成了过渡，发现焦虑感没有了，他成了来世之地异人社会的忠诚一员。
寇森特工派出第二小队去古拉格营地援救阿姬菈·阿玛多尔（Akela Amador）的第一小队，发现一队已经全军覆没，却唯独没有阿玛尔多的尸体。她是寇森带过的学生，这让老师很是难过。真相是阿玛尔多的任务失败，自己失去一只眼，被黑市掮客范查特抓到关在了山西省某矿下面挖矿四年。
2007年
罗斯将军邀请神盾局协助搜捕绿巨人，斯塔克工业向军方推销新款的悍马车载声波炮。
“蚁人”斯科特·朗与麦琪·朗的女儿凯茜·朗出生。
神盾局研究艾娃·斯塔尔的特种训练，获得各项体能和动作参数，准备打造控制战衣。
梅琳达·梅与安德鲁·加纳相恋结婚，海誓山盟。
2008年
黑寡妇的威胁引起了神盾局高层的关注，尼克·弗瑞派鹰眼去布达佩斯终结黑寡妇。交手过后，鹰眼没有杀死对方，而是得到全部情报后，放过了黑寡妇。黑寡妇帮助鹰眼一起通过爆炸暗杀了间谍首领德雷科夫（Dreykov），甚至造成了德雷科夫女儿安东尼娅（Antonia）的牺牲。爆炸引来了匈牙利特种部队，与二人发生了枪战交火，最后他们躲在了地铁的一处通风口里待了十天，才熬过了风声紧张的危险期，最后一起回到美国，黑寡妇弃暗投明加入了神盾局。
殊不知，德雷科夫父女并没有死，红房子也转移到了云层中的空中总部。安东尼娅受伤毁容了，德雷科夫将女儿送进红房子训练，最后洗脑成了百变刺客模仿大师（Taskmaster）。
神盾局合作中发现军方对浩克事件有所隐瞒，尼克·弗瑞派出约翰逊和彼得逊两名特工在酒吧测试班纳，引发了浩克变身，神盾局开始评估这一新情况。
神盾局为艾娃·斯塔尔设计出了战衣，能够帮助控制她的相变能力，成为了超级刺客“幽冥女”。
来世之地的异人伊娃·贝尔雅科夫转变后变得神经质，不信任嘉颖能过渡好女儿，于是偷走泰瑞根水晶，逃出来世之地，自行诱变了女儿卡缇娅，却因为缺少心理辅导的过渡阶段，造成了这小女孩利用异能能够感知别人恐惧，形成了以此为食的习惯。她们母女引来了神盾局追捕，逃到了巴林国（Bahrain）的首都买纳麦。追捕的特工们都忽视了小女孩的作用，导致了多股部队全军覆没。梅亲自出手，杀掉了伊娃，队友还是被控制继续攻击她，终于发现了小女孩的恐怖真相，梅最后不得不枪杀了卡缇娅，多股部队的特工恢复正常后，盛赞梅的战斗力，从此得了一个诨号“铁骑士”（The Cavalry），而且越到后来越传越是神乎其技，武侠变玄幻。
事后，嘉颖高登来到巴林处理此事，发现神盾局早已击毙了她们母女，一声嗟叹后离开了。
巴林之战后，梅噩梦不断，留下了心理阴影，与加纳教授的婚姻无疾而终，征得主管上级玛丽亚·希尔特工的批准后，从外勤行动特工换到了后勤的文职岗位工作，她自己“封印”了自己的战斗力，除了上班，就是回去陪伴母亲。她母亲也是神盾局的退休老特工。
“小丈夫”兰斯·亨特在伊拉克巴士拉执行任务。
格兰特·沃德参加了南奥赛梯之战。
“秃鹫”艾德里安·图姆斯长期从事废弃物回收行业，已经有了自己的团队和上下游销售渠道。世界再变，挣钱吃饭从来不变，随着超级英雄的崛起，破坏越来越大，图姆斯的业务也越来越大，还没有人来跟他们抢生意。
哈皮·霍根为托尼·斯塔克准备好了订婚戒指，却一直派不上用场，一等就是九年后的“意外”。
北境钢铁侠
