经常看生信文章或关注【生信日报】的小伙伴们，应该不难发现，现在大部分的生信文章都多多少少地加入了免疫浸润分析，不管分析方向是不是免疫，到后面都会做点免疫浸润分析来增加创新性和数据量。
免疫浸润分析能应用的如此广泛，也是因为免疫本身与各种疾病都比较相关，所以不管是肿瘤还是非肿瘤疾病都可以做一些免疫浸润分析。
那面对这种发展态势，要做生信，基本都要会一点免疫浸润分析了~ ~现在比较常用的免疫浸润分析大多数还是用R包来计算的，对于新手小白还是有一定的难度，那有没有更简单的分析工具呢？
必须有的，小记者这次给小伙伴们安利一个超级适合新手小白的免疫浸润在线分析平台——ImmuCellAI，它不需要代码，只需上传表达数据就可以获得分析好的精美图片，对新手小白非常友好哟！另外，也非常适合想做点简单分析充实数据的朋友，在线网站分析非常简单快捷，省时省力！网站开源、免费，网址：http://bioinfo.life.hust.edu.cn/ImmuCellAI/#!/
分析平台概况
ImmuCellAI是一个免疫细胞丰度综合分析网络平台，基于ssGSEA算法估算了包括RNA-Seq和微阵列数据在内的基因表达数据集中24个免疫细胞浸润丰度，同时可以预测患者对免疫检查点抑制剂治疗的反应。其中24个免疫细胞由18个T细胞亚型和6个其他免疫细胞组成：B细胞，NK细胞，单核细胞，巨噬细胞，中性粒细胞和DC细胞。该网站分析功能较为突出，且图片比较精美，对新手小白来说真的是一个不错的选择。
ImmuCellAI还有小鼠的分析版本——ImmuCellAI-mouse，它是一种基于来自RNA-Seq或微阵列数据的基因表达谱估计36种免疫细胞丰度的工具。由于两个数据库主要区别在于分析的物种不同，所以后面小记者就以 ImmuCellAI 进行演示说明~ ~
分析平台模块
ImmuCellAI主要有2大分析模块：Analysis和Resource。其中Analysis模块用于分析自己的数据，Resource模块用于分析平台中已有的TCGA数据。
Analysis模块
进入Analysis模块，就可以基于基因表达数据分析样本中24种免疫细胞浸润丰度，同时可以预测患者对免疫检查点抑制剂治疗的反应。分为4个步骤：
Step 1：“File upload”上传数据。在数据上传上，ImmuCellAI 支持 RNA-seq 和芯片两类数据的上传，数据文件需要是用制表符分隔的，文件大小也不能超过50M，根据自己的数据类型选择合适的“RNAseq”或“Microarray”。
文件的形式为 txt，格式要求为：第一列必须是基因名，如果同时想直接分析组间免疫细胞差异的话，分组信息位于第二行。
Step 2：“Analysis selection”，选择分析类型。默认“immune cell abundance in sample”，结果会输出每个样本的免疫细胞丰度。“immune cell abundancein groups”则会输出每组样本的免疫细胞丰度。而“ICB response prediction”则会输出病人免疫检查点治疗反应的预测结果。
Step 3：“start analysis”，开始分析，等待分析结果。
Step 4：“result display”，结果展示。首先是各个样本中免疫细胞的得分情况。结果是以表格和富集比例图的形式进行呈现的，可以直接下载原始表格和图片。
其次分析是免疫细胞在不同分组之间是否有差异，这里是通过箱型图和表格的形式来呈现的。
最后还可以观察各个样本对于 ICB 是否有反应，以及免疫细胞评分，结果以表格形式呈现。
Resource模块
该模块主要包括3个功能，免疫细胞在肿瘤和正常组织中的浸润比较、生存分析和数据下载。
1.浸润比较：用户可以从“候选框”中选择免疫细胞类型，选好后点击“Submit”就可以进行比较分析，如果选中的免疫细胞类型比较多的话，分析时间可能会稍微长一点。输出的结果以箱型图形式呈现，比较每种免疫细胞在泛癌肿瘤组织和癌旁组织中浸润丰度差异。
2.生存分析：用户可以选择不同的组织肿瘤和不同的免疫细胞进行生存分析，比较免疫浸润对生存的影响。结果以KM生存曲线形式呈现。
3.数据下载：用户可以选择不同的组织肿瘤，点击提交后，会出现样本中免疫细胞浸润分数。结果以表格呈现，可以直接下载。
小记者话生信
本次ImmuCellAI在线分析平台的介绍就分享到这里了，需要做免疫浸润分析的小伙伴可以尝试使用下哦！如果您的时间和精力有限或者缺乏相关经验，并且对生信分析和思路设计有所需要的话，“生信日报”非常乐意为您提供如下服务：免费思路评估、付费生信分析和方案设计以及实验项目实施、数据库构建等，有意向的小伙伴欢迎咨询小记者哦！
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