
网药现在想发纯生信有多难?
反正是挺难的,不要求高分的话还可以尝试一下,高分或者质量高的期刊一般都会要求加实验了。但小记者今天看到个新鲜的文章,印度团队发表的,2区Top刊(International Immunopharmacology)上的纯生信,用的还是10年前的网药套路,按说这个杂志上的文章很多都是加实验的,难道这篇文章有啥过人之处,让审稿人对它另眼相看?是骡子是马,咱们拉出来一看便知~
1. 选题:该文章的研究目标是中药单体芦丁,这是个经典且研究量较大的中药单体,疾病选择是药物性肾病,芦丁在此疾病中有一些研究但并未探索药物靶点,所以此选题有一定的创新性;
2. 思路设计:文章整合设计的就像10年前的网药+分子对接套路,但最后加了一点ADMET分析,不过这也不足以能用纯生信就发2区接近5分的文章吧!还有一点,这篇文章分析内容很少,写的像是个综述,大量的文献引用,其他亮点还真没看出来。So,在小记者这里先给它划到水文里了,大家有不同意见欢迎在留言区交流沟通~
不过,不得不说,人家选了个好投中的期刊啊,这样的文章都能发表,可见International Immunopharmacology杂志有多好用了吧!生信友好,可接受范围也比较广,不求高分想赶紧毕业或结题的朋友可以考虑下~阿三哥团队的这种老套路咱们看看就行了,可千万不要学他哦,还是要踏踏实实做科研,从创新思路求突破!网药创新思路不好找?别慌,生信日报团队来帮忙!办好小板凳坐等日更新思路~看到新思路不知道怎么复现?直接联系小记者吧,咱们团队个性化思路设计、生信分析都能做,十年经验,定能让您满意而归!
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题目:利用网络药理学和分子对接揭示芦丁在治疗药物性肾病中的重要作用
杂志:International Immunopharmacology(IF=4.8)
发表日期:2024年12月
研究背景
芦丁(RT)是一种多功能的黄酮类化合物,具有抗炎、抗氧化、抗肿瘤、心血管和抗腹泻作用。已有研究表明,芦丁在药物性肾病中的有益作用,但是尚未报道RT在药物诱导的肾病中有效的途径或靶点。
研究思路
首先从Swiss target prediction、PubChem、ChEMBL、Gene card和 OMIM数据库分别获得了与药物诱导的肾病相关的基因和与芦丁相关的靶标,取交集获得共同靶点,构建药物活性成分-靶基因网络。PPI网络识别核心靶点,利用分子对接分析芦丁与核心靶点的结合作用。最后进行ADMET分析。

研究流程图
主要结果
从公共数据库获得了101 个 RT 靶标和4044 个药物性肾病相关靶点,取交集获得59个共同靶点(图1),并构建PPI网络和药物活性成分-靶基因网络(图2,图3)。在 59 个预测靶点中,讨论14个靶点所涉及到的药物性肾病相关生物学途径。分子对接分析了芦丁与以上14个靶点的结合作用(表1)。ADMET分析发现,RT 显示出一些违反类药性5原则的情况,并且没有表现出 BBB 穿透特性,表明其不会产生中枢神经系统毒性(图 4)。

图1:共同靶点鉴定

图2:PPI网络构建

图3:药物活性成分-靶基因网络构建

表1:分子对接

图4:ADMET分析
小结
这篇文章实在是太太太简单了,网药+分子对接的老套路,但小记者不建议大家去尝试哈!网药发文的整体形势还是干湿结合,并且从近期文章来看湿实验部分越来越偏爱做组学检测,咱们参考思路还是要选这种有学习价值的,能复现出跟原文差不多质量文章的思路!这篇文章最值得借鉴的就是杂志的选择,不求高分想发篇文章就毕业的朋友可以考虑下,还是挺容易投中的~中医药创新思路花样翻新,建议紧跟小记者脚步,获得第一手思路!想做个性化生信分析和思路设计?欢迎随时联系小记者!专业团队为你保驾护航,1V1定制创新思路!
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