虚拟敲除做完就可以0实验发文了吗？
不追求高分，且本身思路创新性比较强，工作量足够的话可以做到。但随着应用频率加大，审稿人对于虚拟敲除的要求也会提高，比如对Geneformer等虚拟扰动大模型的认可度更高，看到ScTenifoldKnk、GenKI等轻量级算法会让加验证实验。
现在的验证实验还多集中在表达和功能检测上，其实还有一类数据可以与虚拟敲除相互验证，并且有可能获取公共数据，那就是CRISPRi Perturb-seq。它通过CRISPRi（基因敲低）技术对细胞进行精准干预，再利用单细胞测序读取每个细胞的反应，从而在单细胞分辨率下建立“基因扰动→转录组变化”的因果关系，这种是实际的敲除后结果，完全可以作为实验数据用来验证虚拟敲除结果。咱们可以从Weissman Lab Genome-Scale Portal、CROP-seq (Bock Lab)资源中获取原始数据，想更省力一些的话也可以用PerturbDB、PerturBase、GPSAdb等数据库看敲除后的基因变化~
今天云生信-小记者就带来一个两者相互验证的示例文章，纯生信发到4分+，23天就接收了：
（离子通道介导的结直肠癌单细胞扰动验证的药物再利用机会）
首先，在选题上没有跟大热点，而是关注了“离子通道”这个小众方向，并且从药物重利用角度探索可药用靶点，这种分析角度在生信中用的比较少，创新性比较高，并且涉及到药物重利用，临床转化价值也高；
其次，思路上分为四个阶段，差异表达+WGCNA识别枢纽基因→成药性评估→PPI确定离子通道桥梁路径→GenKI+HCT116 CRISPRi Perturb-seq的双重扰动评估路径。这个分析模式比较新颖，尤其是双重扰动的应用，提分效果非常明显，0实验就可以快速发文！从实操上来看，分析工作量中等，双重扰动方法有些难度，但就冲着它能帮你省掉实验，也是很值得使用的！担心双重扰动分析自己做不了？【云生信-生信日报】团队都可以解决，现已完成数十个单细胞+虚拟技术整合项目，经验没的说，3个月左右就能完成一套分析~
研究思路解构
1.数据：bulk和单细胞转录组数据，HCT116 CRISPRi Perturb-seq数据（来自Weissman Lab Genome-Scale Portal）
2.思路方法：
1）通过差异表达和 WGCNA 在最高 5000 个可变基因中识别 CRC 枢纽基因；
2）通过 OpenTargets、DGIdb 和 ChEMBL 挖掘评估前100个枢纽基因的可成药性；
3）使用基于 STRING 的 PPI网络分析识别离子通道桥梁路径；
4）使用GenKI中基于变分图自动编码器（VGAE）的虚拟敲除（VGAE-KO）和HCT116 CRISPRi Perturb-seq 敲除筛选，评估桥梁路径。
主要结果展示
1. 差异表达和WGCNA分析鉴定出确定了跨越三个功能程序（核糖体生物发生、RNA 加工和免疫程序）的 100 个枢纽基因
2. 成药性评估显示，在 100 个枢纽基因中，有 11 个具有可用药靶点，排除 2 个免疫抑制靶点和 1 个促进肿瘤抑制性离子通道的枢纽基因后，剩下 8 个可行的癌症药物再利用候选者
3. PPI桥梁分析显示，核糖体蛋白与 K + 通道（RPS21 → KCNQ2）连接，可被ataluren 靶向；RNA 加工基因与 Cl - 通道（LSM7 → CLIC1）连接；免疫检查点受体（LAG3、CD27）通过 PPI 中介连接到 Ca2+和 K + 通道，可被 relatlimab和 varlilumab靶向
4. 中枢-离子通道关系在两种独立的单细胞扰动模式中显示出一致的证据，其中 LSM7 → CLIC1显示出最强的协同信号
小记者话生信
这个文章中双重扰动技术的应用就属于点睛之笔，如果只做到PPI桥梁分析的话，很难达到纯生信，加上虚拟敲除并用CRISPRi Perturb-seq进行验证后，直接拿下4分+纯生信，效果非常不错！即使咱们复现时不做药物重利用分析，就是常规标志物分析，只有做了虚拟敲除，就可以用CRISPRi Perturb-seq来上一步验证，这样就相当于有了实验的证据，审稿人就不会再要求验证实验了~
现在生信已经进入到了卷技术的阶段（尤其是高分），虚拟技术等新算法势在必行啊，并且双虚拟、三虚拟，以及这里的虚拟+验证文章慢慢做了起来，早用早受益！这些新算法分析或者联合思路设计自己搞不定？【云生信-生信日报】团队这边都可以实现！从思路设计到分析出图，咱都是专业的！
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