So easy！简简单单拿下一篇网药SCI！山东&北京中医药大学：构建抗肿瘤中药数据库，这个思路简直YYDS！- 大数跨境

So easy！简简单单拿下一篇网药SCI！山东&北京中医药大学：构建抗肿瘤中药数据库，这个思路简直YYDS！

生信日报

2024-09-27

导读：本研究证实，去甲斑蝥素作为抗肿瘤pCm的有效成分，通过影响细胞粘附、迁移、炎症等生物学过程发挥对GC 的治疗作用，本研究为抗肿瘤pCms的上市后再评价提供了基础和研究策略。

网络药理学你真是火了，2024年截止到目前为止，单是Pubmed上就已经有6000+篇网药文章，平均每个月有600+篇网药文章发表，可见，网络药理学已经成为中医药研究领域的热门研究手段，而中医药作为国家扶持项目，该领域的文章有多好发可想而知。

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今天我们来详细看这篇：由山东中医药大学和北京中医药大学联合发表在“Chinese Medicine”上的文章，作者构建了一个包含55种抗肿瘤中药、171种中药、1955种化学成分、2104个靶点和32种疾病信息的数据库，并使用网络药理学、分子对接、细胞实验、转录组学和生物信息学来研究有效的中药成分对胃癌的干预机制。

题目：去甲斑蝥素干预胃癌的机制:基于抗肿瘤中成药数据库、网络药理学和转录组学分析

杂志：Chinese Medicine

影响因子：IF=5.3

发表时间：2024年9月

请前往文末获取文献DOI哦~

研究背景

抗肿瘤中成药与放化疗结合可有效提高肿瘤治愈率，提高患者生活质量。胃癌(GC)严重危害公众健康。尽管使用抗肿瘤pCm治疗GC取得了令人满意的治疗效果，但其潜在的机制尚不清楚。

研究思路

本研究工作流程如下：

图1

研究结果

本研究建立了包含55种中药、171种中草药、1955种化学成分、2104个靶点和32种疾病信息的抗肿瘤中药数据库。网络药理学与分子对接技术鉴定去甲斑蝥素为抗肿瘤pCm的有效成分。体外实验表明去甲斑蝥素能有效抑制胃癌细胞的增殖、迁移和侵袭;阻断G2/M细胞周期期;诱导GC细胞凋亡。转录组学结果显示，去甲斑蝥素通过影响PI3K-AKT、NF-κB、JAK-STAT、TNF-α信号通路和EMT相关通路，影响细胞粘附、迁移和炎症反应等生物学过程。去甲色素苷参与GC干预的核心分子包括SERPINE1、SHOX2、SOX4、PRDM1、TGFR3、TOX、PAX9、IL2RB、LAG3、IL15RA。此外，利用生物信息学方法鉴定了关键靶点SERPINE1。

1、抗肿瘤pCm数据库

在本研究中，作者从NRDL中检索了55种抗肿瘤pCms;从the Ch.P, TCMSP, ETCM和TCM Miner等来源收集了171种中草药及其相关信息。数据库可在http://zyy.intelligence-media.com/index找到。从PubChem、SymMap、TCMSP、TCM-ID和HERB收集了1955个化学成分的信息;从TCMSP、SymMap、SwissTargetPrediction、NCBI Gene和HERB收集了2104个靶标;并从DisGetNET和GeneCard数据库中获取32种药物相关疾病的数据(图2、3、表1)。

图2 数据库示意图

图3 数据库中的字段名

表1 数据库中的信息来源

用户可以在数据库主页和各个模块页面上进行实体信息搜索，通过不同的交互链接浏览详细的和相关数据，对pCms和目标进行GO或KEGG富集分析。在上提供二级网络显示pCms、中草药药物、成分和靶点的详细信息页面，允许用户根据自己的需要下载数据（图4）。

图4 数据库功能示意图

2、抗肿瘤pcm -组分-靶标网络

上述抗肿瘤pCms包括249个化学成分和1071个靶点。由 Cytoscape软件生成的抗肿瘤pCm-component-target网络由533个节点和3766条边组成（图5A）。

3、抗肿瘤pCms治疗GC的PPI网络

作者从抗肿瘤pCm 数据库中提取了1562个GC靶点，利用R语言将这些靶点与9种中草药的1071个靶点相交，得到324个相交靶点（图5B、C）。

4、GC 治疗抗肿瘤pCm靶点富集分析

作者对PPI网络中的175个节点进行了GO功能富集分析和KEGG富集分析。GO功能富集分析结果显示，相关靶点主要在bp中富集，如信号转导、凋亡过程和炎症反应(图5D);CCs类似细胞核、细胞质和质膜(图5E);MFs包括ATP结合、蛋白激酶活性和DNA结合(图5F);以及cancer pathway、PI3K-AKT signaling pathway、MAPK signaling pathway等信号通路(图5G)。

图5 抗肿瘤中成药的网络药理分析

5、分子对接

作者对从抗肿瘤pCm-component-target网络中筛选出的化学成分和从PPI网络分析中得到的关键靶点进行了分子对接（图6、7）。

图6

图7

6、去甲斑蝥素抑制胃癌细胞迁移和侵袭

NCTD抑制HGC-27细胞增殖、迁移和侵袭如图8所示。

图8 NCTD抑制HGC-27细胞增殖、迁移和侵袭

文章小结

本研究证实，去甲斑蝥素作为抗肿瘤pCm的有效成分，通过影响细胞粘附、迁移、炎症等生物学过程发挥对GC 的治疗作用，本研究为抗肿瘤pCms的上市后再评价提供了基础和研究策略。精巧的研究角度有时候比闷着头的研究更能解决问题！提高自己技能水平的同时，也不要忘了武装自己的头脑哦，如果你一时间想不出让人拍案叫绝的研究切入点，又急需高质量的发文，那就赶紧联系小记者，小记者有很多让人眼前一亮的思路可以分享给你哦！赶快行动起来吧！