现在还能有这么简单的网药纯生信文章？？？
让小记者发出惊叹的是一篇2区4分+的网药文章，全靠的是在线数据库分析，那叫一个简单，0代码，生信小白也能跟着思路轻松复现！
这么简单的文章凭啥能发2区4分+？
小记者认为是选了个合适的期刊——Journal of Cellular and Molecular Medicine！这本纯生信友好刊，曾上过2021年预警名单，但现在已处于良性发展状态，中科院小类学科3区升2区，还首次成为了TOP刊，妥妥的逆风翻盘。期刊审稿速度较快，基本2个月能出结果，有多名国人编辑，投稿国人友好。这年头接受纯生信的期刊少之又少，赶快抱紧这个宝藏刊，投它一波，像这篇文章似的，网药一投一个准~
回归正题，看文章：该研究的目标是中药方剂，有一定的新颖性和研究价值；思路设计属于常规网药套路，分析全都是依靠在线数据库，非常简单，可操作性特别强，生信小白也能实践，生信老炮估计一天就完活了！换个方剂就能复现，选择这个期刊，你也能2个多月拿下一篇网药纯生信！看的我自己都想赶紧发一篇了~
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题目：参麦注射液治疗脓毒症的机制研究
杂志：Journal of Cellular and Molecular Medicine（IF=4.3）
发表日期：2024年11月
公众号回复“999”领取原文PDF，文献编号：241127
研究背景
参麦注射液（SMI）作为中药注射剂，是治疗脓毒症“扶正”的重要推荐用药。研究发现，SMI不仅降低了脓毒症患者的APACHE II评分，而且降低了ICU死亡率、ICU停留时间、住院死亡率和总住院时间。然而，其机制尚不清楚。
研究思路
分别通过TCMSP等数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选SMI的活性成分和靶标。使用GEO和GeneCards数据库搜索疾病基因，两者取交集获得潜在的治疗靶点。构建PPI网络并选择关键靶标。利用BioGPS数据库评估这些靶标在组织/细胞中的表达。利用DAVID数据库进行富集分析。通过分子对接技术来评估这些靶标和核心活性成分之间的相互作用。ps：生信想做的又快又好？推荐用服务器！生信日报提供服务器租赁服务，想要免费试用直接联系小记者，还有超多优惠等你来询
主要结果
1. 参麦注射液治疗脓毒症潜在治疗靶点的筛选
从TCMSP、TCMID和TCM Database@Taiwan数据库中筛选出六种活性成分，从Swiss Target Prediction数据库中检索到221个SMI活性成分靶标。从GEO和GeneCards数据库中共获得6858个疾病基因。两者取交集，获得122个交叉基因，作为SMI治疗脓毒症的潜在治疗靶点（图1）。基于122个靶点构建PPI网络，识别到28个核心治疗靶点（图2）。
图1：SMI治疗脓毒症潜在治疗靶点的筛选
图2：PPI网络分析
2. 潜在治疗靶点的组织/细胞特异性表达
通过搜索BioGPS数据库，发现大多数潜在的治疗靶点在多个组织/细胞中表现出高表达水平。鉴定了46个潜在的治疗靶标，其在40个组织/细胞中显示高度特异性表达，基于此构建潜在的治疗靶点-组织/细胞网络（图3）。
图3：潜在治疗靶点-组织/细胞的网络图
3. 功能富集分析
对122个潜在治疗靶点进行了GO和KEGG富集分析（图4）。构建了中药-核心活性成分-靶标-途径网图，结果表明PI3K-AKT信号通路、RAP1信号通路和MAPK信号通路高度丰富，表明SMI可能通过调节这些通路对脓毒症发挥其治疗作用（图5）。
图4：GO富集分析
图5：KEGG富集分析
4. 分子对接
基于中药-活性成分-靶标的网络分析，根据degree值选择前5个核心活性成分与关键靶标TNF、CASP3、IL2、NR3C1和BCL2L1对接。结果显示，豆甾醇与IL2的结合能最低，而DNOP与TNF的结合能最高（图6，图7）。
图6：分子对接结合能热图
图7：核心活性成分与关键靶标的对接图
小结
这篇文章思路够简单了吧，最最基础的网药分析，全部是用在线数据库完成，小白复现也很友好！想水一篇网药，快速成文不求高分的宝子可以用这个模式，选择Journal of Cellular and Molecular Medicine这个好投好中的生信友好刊，带你轻松发文。中医药创新思路花样翻新，建议紧跟小记者脚步，获得第一手思路！想做个性化生信分析和思路设计？欢迎随时联系小记者！专业团队为你保驾护航，1V1定制创新思路！另外，想自学网药药理学分析的宝子可以点击下方链接进行线上视频课学习，随到随学！
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