大数跨境

仅一字之差~把网药换成网络毒理学!网络毒理学+分子对接,这对CP我先嗑为敬!NHANES为分值助力~0实验轻松发中科院2区6+!

仅一字之差~把网药换成网络毒理学!网络毒理学+分子对接,这对CP我先嗑为敬!NHANES为分值助力~0实验轻松发中科院2区6+! 生信日报
2025-03-18
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大家都在抱怨网药赛道太卷了,想发高分文章难如登天!豆豆知道宝子们的难处,所以今天特地带来网药新思路,为大家排忧解难了。豆豆今天要解析这篇文章是由哈尔滨医科大学团队发表的《Exposure to urinary polycyclic aromatic hydrocarbon metabolites for the effect of lung function among children and adolescents: Epidemiological study and mechanism exploration》,思路新就是好,纯生信发2区6+!感兴趣的宝子们接着看下去吧!

1、网络毒理学:听上去是个新词但与网络药理学比较其实算得上换汤不换药,从结果图不难看出,网药和网络毒理学的图大差不差,网药的优点它都有,但网络毒理学没有网药赛道那样的内卷。

2、分子对接:本研究在筛选关键因子后,通过分子对接分析验证筛选结果。把药物想象成钥匙,靶点想象成锁,那分子对接就是把钥匙和锁一一对应起来的工具

3、NHANES数据库:本研究选择了一个大家不太常见的数据库,这也是这篇文章的创新之一,NHANES数据库全称为国家健康与营养调查是美国疾病控制与预防中心开展的全国性调查,包括一些实验室检测数据、环境暴露数据、营养数据等。这个数据库也是对外开放的,可以通过CDC官网免费获取!

Ps:趁现在做网络毒理学的人还比较少,赶紧抄思路发文~0实验发中科院2区,谁看了不眼红!感兴趣的宝子们联系豆豆,豆豆这里的专业分析团队能帮你顺利发文~    

题目:尿液多环芳烃代谢物暴露对儿童青少年肺功能的影响:流行病学研究及机制探索

杂志:Ecotoxicology and environmental safety

影响因子:IF=6.2

发表时间:2025年3月

研究背景

多环芳烃(PAHs)属于普遍存在的一类高浓度环境污染物,来源于机动车尾气、垃圾焚烧和石油加工等。通过食入、皮肤和呼吸道进入人体后,导致致癌、致突变和神经毒性作用。以往关于PAHs对儿童青少年肺功能影响的研究有限,利用新工具和分析方法准确识别影响青少年肺功能的PAHs危害迫在眉睫。

数据来源

来源于NHANES数据库,2007-2012年的数据,1443名年龄在6-19岁之间数据完整的参与者被选入研究。    

研究思路

本研究分析了7种参与者的尿液代谢物,通过GC-MS/MS进行测量,使用肺活量测定法测量肺功能,包括FEV1、FVC和FEV1/FVC比值。用BKMR模型和qgcomp模型分析尿液PAHs代谢物对肺功能的综合影响,并通过中介分析探索潜在的中介因素。通过网络毒理学筛选潜在靶点基因,并利用分子对接验证这些靶点。

Ps:网药+分子对接已经算是经典研究思路,但在网络毒理学这依旧很强,纯生信就可以发文,不需要额外的实验,心动的宝子们快来滴滴豆豆吧~

研究结果

统计分析

使用BKMR和qgcomp模型观察尿液PAHs代谢物混合物对肺功能的整体影响。BKMR模型结果表明尿液PAHs代谢物共同暴露与FEV1和FVC呈下降关系(图1).    

中介因素分析

通过中介分析初步探索潜在的中介因素。中介效应分析结果显示SIRI分别显著接到1-PYR与FEV之间8%与6%的关联(图2)。

靶基因筛选

从CTD数据库中筛选出94个PAHs相关基因,通过GeneCard数据库筛选出142个与炎症高度相关的基因以及546个与儿童青少年肺功能损害高度相关的基因(图3A)。最终筛选出30个交叉靶点作为PAHs致儿童青少年肺功能损害的潜在靶点(图3A)。基于DAVID数据库对这30个潜在靶点进行GO和KEGG分析,得到这些基因与缺氧信号通路、炎症信号通路及一系列亚细胞定位相关(图3B-E)。利用Cytoscape软件构建PPI来展示靶点之间的相互作用(图3F)。利用这7个拓扑信息进一步筛选目标基因,标记出4个枢纽基因(IL-6、STAT3、TNF、TP53)(图3G)。    

分子对接

从结构生物信息学研究合作实验室数据库下载枢纽靶点的蛋白质结构,从PubChem数据库检索PAHs代谢物的结构,将PAHs代谢物作为配体,枢纽蛋白作为受体,利用分子对接分析验证了尿液PAHs代谢物与4个枢纽蛋白的相互作用(图4)。    

文章小结

这篇文章的核心是证明了PAHs代谢物与儿童和青少年的肺功能有关,通过网络毒理学筛选出30个与PAHs、炎症和肺功能损伤相关的靶点基因,进一步筛选出4个关键靶点蛋白,分子对接分析验证靶点蛋白与PAHs代谢物之间的相互作用!网络药理学和网络毒理学的思路都是差不多的,把“药”换成“毒”,思路不变,分值嘎嘎往上升,谁看了能不心动啊!想复现的宝子们可以联系豆豆助你发文~宝子们无论是生信分析觉得不容易,还是课题没有思路,来找豆豆帮你吧~专业生信分析团队可不是盖的!


    

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