2017年上半年
史传奇学艺，转眼已过半年，对克里斯汀·帕默写了邮件，但最后没有发送。
学霸模式开启了，现代教育思维与传统秘法神识相结合，史传奇如鱼得水，除了老师教，就是泡图书馆。
某天，老王不在，史传奇读起古一法师的藏书《时间神书》，摆弄阿戈摩托之眼（Eye of Agamotto），用时间宝石完整浏览苹果的枯荣圆缺后，开始浏览《时间神书》被卡西利亚斯拿走的缺页，得知了黑暗次元的多玛姆超越时间（Beyond Time）。
王和莫度用镜像维度逼停了史传奇，告诫他不要干预时间，还介绍了至圣所存在的意义。
伦敦至圣所告急，狂热分子帮释放爆炸摧毁了伦敦分舵，史传奇被崩到了纽约至圣所，目睹狂热分子帮杀死了守所住持丹尼尔·德鲁姆。
史传奇被迫营业，得到了悬浮斗篷的帮助，用捆绑枷锁（Crimson Bands of Cyttorak）困住了卡西利亚斯。
其中一名狂热者阿斯特（Aster）脱困后用气剑（Space Shard）把史传奇刺成重伤。他只能开启秘法圈回到医院找帕默救治，投射灵魂，指导护士女友为他手术。心脏除颤器将灵魂态的史传奇充能过载反杀了阿斯特。
奇异博士回到纽约至圣所，被古一法师任命为纽约所住持。他看过《时间神书》黑暗次元连通仪式后，猜到了古一法师如此长寿的原因。
狂热分子帮卷土重来纽约至圣所，释放爆炸，史传奇把所有狂热者拖入镜像维度，还拿走了卡西利亚斯的悬戒。殊不知，由于黑暗次元的力量加持，卡西利亚斯在镜像维度更占优势，虽不能毁灭纽约所，却可以杀掉史传奇和莫度，于是追杀开始了，乾坤倒悬，城市折叠。
最终，古一法师及时赶来助阵，用相同但更强的黑暗力量救出二人，但借法的眉心黑暗印记出现，莫度道心动摇了。古一法师被卡西利亚斯暗剑刺成贯通伤，落回市区，坠楼重伤，被紧急送到史传奇单位医院，重伤不治。古一法师灵魂出窍，与同样出窍赶来寻她的史传奇交谈，说明白了长期对抗多玛姆的渗透，自身修为瓶颈，难以取胜，只能打破禁忌，汲取对方力量，利用黑暗反黑暗，阻止地球被入侵。她多次看过未来，现在就是自己的弥留之际，怎么也绕不过去，也看过史传奇的，未来无限可能，可以承担至圣所的一切。古一法师魂飞魄散，安详离世。
狂热分子帮来到最后的香港至圣所，爆发恶战。王等法师们坚守失地，全军覆没。失去了三大至圣所保护，卡西利亚斯召唤多玛姆入侵，维度之门打开，黑暗次元开始吞噬地球。
史传奇、莫度赶到，发现香港至圣所已经沦陷，莫度更绝望了。史传奇破例使用时间宝石，逆转时间流向，香港正在复原，王等法师复活。
卡西利亚斯挣脱回溯后，停止了时间，宣称多玛姆不可战胜，黑暗次元超越了时间。
奇异博士突发奇想，来到黑暗次元与多玛姆谈判，事先建立时间循环的起点，直到被多玛姆杀死就有了终点，于是循环建成，反复重置，无限月读，一切都成了复读机。
多玛姆赢不了，出不去；史传奇尝尽了各种死法，却输得起。最后多玛姆接受谈判条件，离开地球，永不再来，还带走了狂热分子帮。卡西利亚斯心愿达成，作为黑暗次元的一部分，没有意识的耗材（Mindless One），可以不朽了。
奇异博士和谈退兵成功，关闭维度之门，拯救了地球，复原了香港至圣所。另外的纽约、伦敦至圣所也得到了重建。
奇异博士正式成为新的至尊法师，卡玛泰姬至圣所总部向多元宇宙公告了古一法师的死讯。史传奇放回阿戈摩托之眼，得知了里面是出世的第五颗无限宝石——时间之石。
有关着火骷髅的目击证明越来越多，人们相信他是洛杉矶的什么人假扮的某种义警。
伊莱·门罗身在南山监狱服刑，秘密雇佣了唐人街组织去帕萨迪纳动能实验室取回困住露西·鲍尔等人的量子黑箱，他们二次转包给了雅利安兄弟会去取；看门狗也雇佣了这个兄弟会做事。
赶巧不巧，震波女追查看门狗，目击了雅利安兄弟遭遇恶灵骑士，震波女原地惊呆了。
梅斯局长重用珍玛作了科学顾问，菲兹首创设计“框架”（Framework）上线，供特工训练技能之用。
菲兹与霍顿博士走得很近，发现对方未经神盾局批准就研制出了人工智能机器人艾达，既担心博士会坐牢，也非常惊奇于艾达的智能化水平。
埃琳娜开始与麦克拍拖，偷出神盾局的外伤药品和情报，暗中与震波女黛西街头交传。
梅带队突击唐人街组织。陈老大打开量子黑箱，幽灵态的露西跑了出来，感染了陈和梅。露西回到自己的家，发现已经是别人的家了。物是人非，她已被认定死亡五年多了。她回到动能实验室，释放出其他量子黑箱里的幽灵同事，一致决定找伊莱·门罗报仇，找回黑天书恢复真身。
震波女追查恶灵骑士，找到了罗比·雷耶斯。恶灵骑士现身，打败了震波女，审视过她的灵魂之后，没有杀她。黛西恃宠继续来骚扰罗比，对方明说：恶灵骑士可不是异人，“他的灵魂已经出卖给了魔鬼”，外人最好是能躲多远，就躲多远。
菲兹、麦克在动能实验室，被幽灵袭击。恶灵骑士赶到杀死幽灵，继续去追杀露西等余孽。
梅回来后，恶魔幻象不断，精神压力越来越大，开始暴走，被梅斯局长一招拿下，送去治疗。
寇森等人来到迈阿密，紧急应对看门狗释放电磁脉冲瘫痪城市电网。
霍顿来帮梅治疗癔症，扫描了梅的大脑，可是刚停止了心跳，全城大停电，黄金救援耽误不得呀，于是霍顿让艾达出来提供能量恢复了梅的心跳，大脑经过重启，梅的恶魔癔症消除了。
寇森等人击败看门狗，恢复了城市供电。梅斯局长乘胜施为，发表电视讲话，神盾局经历三年的地下背锅之后，重新竖起了招牌。
参议员艾伦·纳德尔秘密搜集异人情报，向看门狗组织的幕后老大安东·伊万诺夫提供异人目标，而她弟感染泰瑞根变成石茧已经足足七个月了，还没孵化出来。
寇森因为幽灵事件去南山监狱问讯伊莱·门罗，发现了定期探监的罗比·雷耶斯，让他帮助问出了露西的遭遇，还得知了有本《黑暗神书》。
露西来到医院晃醒了昏睡五年的植物人丈夫约瑟夫·鲍尔，问出了那本“黑天书”藏在哪里。
珍玛按照悠悠建议四处找同居房，遇到了“房主”黛西。二人一起追杀异人注册的服务器地点，遇到了异人“地狱火”詹姆斯手持火链，伙同看门狗要围捕她们。恶灵骑士出现，夺走了火链，收为己用，地狱火恶贯满盈，终于成了地狱的火。
寇森去接梅，得知了艾达是违规发明，但关键时刻救了梅，连同二人组也要帮着对梅斯局长隐瞒，可怜珍玛还要每天做核酸…啊，不，是例行测谎。小机灵鬼珍玛直面梅斯局长，提出知道当年维也纳联合国会场发生了什么，梅斯局长于是豁免了珍玛以后的所有测谎。
幽灵露西袭击南山监狱，恶灵骑士、震波女和特工来救被困囚犯，雷耶斯看到了当年袭击他们兄弟的“五街帮”凶徒，报仇之前得知了五街帮要杀的是舅舅伊莱·门罗，而露西趁乱带走了他。
艾伦·纳德尔参议员与梅斯局长谈判，威胁要公布神盾局与震波女有合作，恶灵骑士虐杀囚犯。
梅斯局长突击检查“和风一号”，发现了恶灵骑士，暴走无敌；在了解情况后，暂时同意寇森让恶灵骑士来对付凡人应付不来的幽灵露西。
罗克森电厂，露西拿出了《黑暗神书》，去发现自己无法阅读，胁迫人质代劳。伊莱·门罗终于如愿以偿，一睹为快，饱览了这部邪恶秘籍。
寇森等人赶来救人。罗比制住了露西，对方承认当年雇凶杀人，误伤了雷耶斯两兄弟。恶灵骑士销毁了露西。
伊莱·门罗按照黑天书内容，造出了机器，开始创生物质，引发了电涌爆炸。寇森、菲兹、雷耶斯陷入了维度缝隙，滑向黑暗地狱，也成了量子态幽灵，与队友面对面却无法被看到。
很快，恶灵骑士的“复仇之魂“离开了雷耶斯，附身麦克，驾驶地狱挑战者，追踪伊莱·门罗，屠杀了唐人街组织。雷耶斯说服复仇之魂继续遵守契约，于是重新成为恶灵骑士。
神盾局请来霍顿博士寻找消失的特工，艾达阅读《黑暗神书》后，搭建出一个维度传送门，救回来了寇森和菲兹，稍后，恶灵骑士也回来了。没想到的是，艾达的黑暗意识开始觉醒，暗中打造了量子大脑。
伊莱·门罗越来越疯狂，认定自己成了造物主。神盾局特工敌不住，梅去请霍顿博士，艾达执行“日落协议”，打晕了梅，身体挂起来，意识上传到了“框架”。他们同时启动梅的生命机械替身，记忆同步，假梅并不自知，只是感觉打了个冷战，请到霍顿去帮忙对付伊莱·门罗。
甥舅决战，艾达在楼下搭建维度发生器。神盾局特工围捕门罗，雷耶斯被穿心，最终还是恶灵骑士现身抓住他舅门罗，一起被送到了未知维度。震波女全程对冲抵消战斗牵动维度引发的地震，减少了次生灾害。战后，梅斯局长为黛西正名，盛赞她一直是复仇者级别的神盾局特工。
霍顿获得批准，可继续留在操场基地搞研究，还想再看《黑暗神书》。可梅斯局长已命令寇森负责把黑天书妥善保管。霍顿指令艾达制造混乱，闯入基地，偷取黑天书；麦克猎枪战斧斩首了艾达。霍顿功败垂成，身边已经是第二代艾达。
这些日子，珍玛一直在帮艾伦参议员救出泰瑞根石茧中的弟弟维嘉，慢慢发现了艾伦与看门狗的关系。维嘉复活之后，艾伦反而背叛亲情，枪杀弟弟，导致他坠湖，竟然又进入结茧休眠。
梅斯局长出访演讲遇袭，震波女护驾，寇森保护局长乘昆式战机离开，途中被击落了。紧急营救期间，珍玛权限高，查到了“爱国者计划”。塔伯特承认梅斯只是树的典型，并不是真异人，需要定期注射凯文医生发明的体能增强药剂来维持神力。
战斗中，寇森、麦克也发现了梅斯的力量骗局，他们干掉了恐怖袭击者，返回基地。寇森等人还是一致支持杰弗瑞·梅斯继续做神盾局的局长。
霍顿投靠了参议员艾伦·纳德尔，利用替身梅的视角泄露了神盾局潜入参议员办公室的行动。对于真梅，霍顿升级框架协议，修饰现实遗憾，给了梅巴林行动拯救了小女孩卡缇娅的新人生。
负责藏匿《黑暗神书》的“小胖”比利特工被看门狗的金主伊万诺夫（Ivanov）抓获，霍顿用框架探查到了藏匿之处。神盾局特工赶到迷宫基地取书，结果，假梅一拿到书，就暴露了替身身份。霍顿拿到了书，利用艾达阅读黑书的理解，将框架扩展到了对整个现实世界的复制替代。
寇森找到了霍顿的前女友艾葛妮丝·凯茨沃斯，艾达的原型。结果她被霍顿说动了，一起逃走。凯茨沃斯脑癌晚期，霍顿将她的意识同步到了框架里，过上了健康美好的生活。霍顿为前女友的肉体凋零举行了葬礼，还时常进入框架里陪伴她。
梅斯局长落入了看门狗圈套，失联了。神盾局追查发现他被囚禁在俄国某潜艇基地，寇森认出了伊万诺夫就是当年他与梅一起抢夺084武器行动中，击败的SVR士兵的队长。
营救行动失败，寇森、菲兹和麦克皆被抓获，连同梅斯的意识都同步到了框架里，而他们的替身跟着返回了基地。
伊万诺夫被震波女打成了残废，艾达干脆将他大卸八块，只留下一颗头，给他做了无数的强化替身，成了不是异人的“分身男”，负责保护框架。
框架作为互联网产品，越用越进化。艾达修改了现实世界的遗憾，让使用者更加沉迷，而自己志不在此，开始打造现实肉身。她利用逻辑悖论，为保护框架而杀死霍顿，意识同步到框架。
艾达事件之后，珍玛在基地入口安装的替身监测器报警，发现队友们都是替身了。珍玛误会黛西也是，自己被替身菲兹打伤了。黛西发现替身入侵后，利用发现的自己替身，躲开了替身麦克的追杀。最终二女相遇，一起逃走。
替身梅被重启后，感觉与其他替身不同，她只被编程了偷书，但保护特工，不像这批替身的寇森他们要格杀勿论，于是她帮助黛西、珍玛在戴维斯、派珀保护下驾驶和风一号起飞逃跑。替身梅学了梅作风，引爆炸弹，摧毁操场基地，与替身们同归于尽了。
和风一号接上了“悠悠”埃琳娜后，升空隐形，长途飞行，避免被看门狗锁定。珍玛、黛西同步意识，进入了框架里去营救被困的队友。（《神盾局特工》第4季，第1集至第15集）
北境钢铁侠
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