各位宝子们大家好呀！充满创新思路与科研方向的小记者又来啦！小记者今天想跟小伙伴们聊一聊现在大火的孟德尔随机化，话说现在孟德尔随机化分析也越来也卷啦，之前单一的生信分析方法就可以发文章，如今要多种分析方法联用，才能让你在众多生信文章中脱颖而出！今天小记者就给大家分享一篇让你眼前一亮的组合套餐吧！
1.本研究以酒精使用障碍和饮酒问题为主要研究内容，选题是不是很新颖，让你眼前一亮！文章瞬间吸引审稿人的兴趣，想不发SCI都难呦！
2.文章使用孟德尔随机化和共定位分析研究了酒精消费行为中的遗传相关性，并且又通过蛋白质组学+转录组学，分析了酒精使用障碍和问题性饮酒的新治疗靶点，让文章轻松拿下21+的高分！思路简直无敌了，高分文章手到擒来！（ps：听完小记者的介绍，小伙伴们是不是瞬间信心倍增？孟德尔随机化+转录组学+蛋白组学就是杠杠滴厉害! 如果你有思路，不知怎么复现，赶紧关注小记者吧! 小记者这里有超多高分思路与新的分析方向，快来和小记者一起学习吧! 下一个拿高分的就是你!）
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题目：一项多组学孟德尔随机研究确定了酒精使用障碍和问题性饮酒的新治疗靶点
杂志：nature human behaviour
影响因子：IF=21.4
发表时间：2024年11月
公众号回复“999”领取原文PDF，文献编号：241128
研究背景
酒精使用障碍（AUD）很常见，与酒精有关的问题占全球每年死亡人数的5%以上，表明需要更好的预防和干预战略。美国食品和药物管理局批准的治疗AUD的药物只有三种，但是这种疾病往往得不到充分治疗。目前孟德尔随机化（MR）已被用于确定临床试验的治疗靶点，并且将蛋白质组学和转录组学数据与问题性饮酒和酒精消费行为的遗传结构相结合，可以帮助我们确定新的治疗靶点。
研究思路
本研究首先将蛋白质组学和转录组学数据与问题性饮酒和酒精消费行为的遗传结构相结合，利用8种典型脑细胞类型（N = 192）的约3500个皮质蛋白（N = 722）和约6100个基因的基因组关联研究数据进行系统筛选，鉴定出与这些行为相关的皮质蛋白的细胞型基因。随后，本研究通过独立基因组关联研究数据，进一步通过共定位分析筛选优选蛋白。（ps：生信想做的又快又好？一定得用服务器！生信日报提供服务器租赁服务，一对一在线指导，想要免费试用直接联系小记者，双12还有超多优惠等你来询）
主要结果
1.顺式MR筛选
本研究发现在皮质蛋白质组中，共有293个蛋白在多次比较中优于校正，其顺式调节蛋白水平与酒精相关的结果在多次比较中优于校正相关（图1a）。并且，本研究鉴定了486种细胞基因组合，代表255种“独特”基因，其中230个基因是细胞类型所特有的，25个与皮质蛋白结果重叠（图1a，b）。蛋白质组学和细胞型转录组学结果在所有与酒精相关的表型中只有25个基因重叠（图1c），结合细胞型转录组中的所有皮质蛋白和基因显示，在4种酒精相关结果中只有13个基因是共享的（图1d）。并且，217种皮质蛋白中的36种和255种细胞型基因中的37种被归类为新基因（图1e）。
图1 问题性饮酒和酒精消费行为中皮质蛋白质组和单细胞转录组结构的顺MR筛选
2. 皮质蛋白和细胞型基因的共定位结果和重叠神经影像学特征的数量
研究发现在皮质蛋白中，有21.5%的皮质蛋白存在共定位（图2a）。脑MRI数据上皮质蛋白和细胞型基因的探索性MR分析表明，受非重叠基因影响的灰质结构和白质束趋同（图2b），表明问题性饮酒（PAU）和饮酒行为遗传易感性的蛋白质组学和转录组学介质具有共同的神经生理途径。
图2 皮质蛋白和细胞型基因的共定位结果和重叠神经影像学特征的数量
3. 在FinnGen队列中，共定位的、高可信度的蛋白质和基因对饮酒的生理和精神后果的影响
接下来，本研究使用基于独立电子健康记录（EHR）的数据来复制和优先考虑共定位的皮质蛋白和细胞型基因，以评估FinnGen队列参与者中问题饮酒的精神和身体后果。研究发现，35.5%的皮质蛋白和18.9%的细胞型基因至少复制了1个FinnGen酒精相关结果，包括新蛋白VIPAS39（图3a、b)。
图3 在FinnGen队列中，共定位的、高可信度的蛋白质和基因对饮酒的生理和精神后果的影响
4. 皮质蛋白和细胞型基因的神经精神情境化的选择结果
接下来，本研究对共定位的蛋白质和基因进行表征。正如预期的那样，鉴于酒精使用行为与新的精神合并症之间存在很强的临床和遗传关系，本研究观察到与65个结果之间存在很强的关联（图4），这与PAU、DPW和酗酒的顺式MR估计在方向上是一致的。
图4 皮质蛋白和细胞型基因的神经精神情境化的选择结果
文章小结
看完这篇文章，有没有觉得高分文章如此简单？本研究使用孟德尔随机化和共定位研究了酒精消费行为中的遗传问题，确定了PAU、AIF、DPW和酗酒的新靶点。蛋白质组学和转录组学数据在酒精行为和组织水平上的差异强调了全面评估的必要性。文章轻松拿到21.4的高分，想发高分文章的小伙伴，赶快抓住孟德尔随机化+转录组学+蛋白组学的套路，赶紧大显身手! 关注小记者，无论是生信分析还是基础实验，各种创新性思路设计，小记者都可以帮你解忧哦！想要自学MR分析的宝子也可以听新上线的视频课，随到随学，MR这个好工具学到手，发文不用愁！
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