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厉害了,乳酸化!刚助力曹雪涛团队拿下2025年首篇Cell子刊,又入选Cell年度最佳论文!快跟上发文热潮,我先随篇生信!

厉害了,乳酸化!刚助力曹雪涛团队拿下2025年首篇Cell子刊,又入选Cell年度最佳论文!快跟上发文热潮,我先随篇生信! 生信日报
2025-01-11
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“乳酸化”的风头真盛啊,刚助力曹雪涛团队拿下2025年首篇Cell子刊,又入选Cell年度最佳论文!

2025年1月6日,海军军医大学王品教授、曹雪涛院士、于益芝教授等在 Cell Research 期刊发表了题为:Nonenzymatic lysine D-lactylation induced by glyoxalase II substrate SLG dampens inflammatory immune responses 的研究论文,揭示了乙二醛酶 II(GLO2)底物 S-D-乳酰谷胱甘肽(SLG)诱导的非酶促赖氨酸-D-乳酸化修饰抑制了炎症反应,为炎症疾病的治疗提供了一个有前景的新靶点。

2023年12月20日,同济大学医学院/附属东方医院袁健教授团队在 Cell 期刊发表了题为:Metabolic Regulation of Homologous Recombination Repair by MRE11 Lactylation 的研究论文,该论文入选了 Cell 日前发布的“Best of Cell 2024”榜单。该研究揭示了蛋白乳酸化修饰链接肿瘤代谢与DNA损伤修复的关键分子机制,进而提供了潜在的肿瘤治疗靶点与策略。    

这实力,这热度,真不是其他方向能比的,啥也不说了,咱不得跟上队伍来它一篇,小记者先随篇儿生信!

这篇文章由上海交大团队发表,鉴定乳酸化基因作为急性心肌梗死早期诊断的标志物。整个内容就是99%的生信加上一个qPCR验证,还是常规的诊断模型分析思路,39天就发到1区7分+,主要还是靠乳酸化的热度和创新性,造就了这个省时省力又省钱的经济适用思路,不论你是个人做科研还是小课题组,都可以轻松实现!

乳酸化热点这发文速度和性价比真的太哇塞了!这么好实现的经济适用思路,你还在等什么?用起来吧!争取年后就到手一篇~思路复现有些难度?自己没时间搞分析?快来联系小记者吧,专业生信团队,提供个性化思路设计和生信分析服务,十年经验,值得信任!

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题目:乳酸化相关基因标记作为急性心肌梗死早期诊断的新生物标志物的鉴定

杂志:International Journal of Biological Macromolecules(IF=7.7)    

研究背景

心血管疾病,特别是急性心肌梗塞(AMI),是一个主要的全球性健康问题。目前的AMI诊断方法缺乏敏感性和特异性,需要新的生物标志物进行早期检测。

研究思路

该研究分析了GEO数据库中的AMI基因表达数据集,采用差异基因表达分析和WGCNA来识别DEGs和AMI相关模块基因,再与乳酸化相关基因(LRGs)取交集以确定中枢基因。基于中枢基因将AMI患者聚类为2个亚型,并利用3种机器学习算法开发诊断模型。使用CIBERSORT、xCell和MCPcounter评估免疫细胞浸润,重点关注单核细胞活化相关的LRGs。最后在原代心肌细胞中通过qPCR验证中枢基因表达。(ps:生信分析数据处理量较大,自己跑可太慢了,强烈推荐用服务器啊!小记者这里就提供服务器租赁服务,共享/独享皆可,附带一对一技术指导,新朋友还可免费试用,超多优惠欢迎咨询~)  

图1:研究流程图

主要结果

1. 差异分析确定了350 个DEGs,进行 GO 和 KEGG 富集分析,同时分析AMI 患者的免疫浸润。GO 和 KEGG分析都显示了细胞因子调节的显著富集

图2:差异基因分析

2. WGCNA分析确定了264个模块基因,与350个DEGs和364个 LRGs取交集鉴定出4个中枢基因(SAT1、AMPD2、PYGL 和 SLC7A7),并对这些基因进行了GSEA 和TF分析

图3:AMI相关关键模块基因和枢纽基因的鉴定

图4:GSEA 和TF分析

3. 基于4个中枢基因的一致性聚类将患者分为2个亚型,两亚型间存在免疫浸润差异和生物学功能差异

图5:分型分析

4. 基于4个中枢基因建立机器学习诊断模型,ROC曲线等性能评估显示GLM为最佳模型。基于GLM模型结果开发了诺模图,决策曲线和校准曲线证明了其准确性

图6:机器学习模型构建和评价

5. 通过xCell和MCPcounter分析揭示了SLC7A7和PYGL是参与单核细胞激活的潜在基因,并且CIBERSORT结果进一步验证了它们对单核细胞具有正调节作用

图7:与单核细胞活化相关的LRGs的选择

6. qRT-PCR检测结果表明在缺血缺氧的调节下,AMPD2、PYGL、SLC7A7和SAT1 RNA水平升高

图8:qPCR表达验证

小结

看完这篇乳酸化的经济适用思路,有没有想下场一试的冲动呢?现在上车仅用成熟思路、一点点qPCR实验就能发7分+,39天就接受,性价比又高发文又快,正是上车最好时机!乳酸化修饰火热程度逐渐攀升,小记者预测后面几个月生信发文会迎来井喷,所以说上车越早越好,像这篇文章一样,早早出手才能获得高性价比文章!ps:如果你对乳酸化修饰分析感兴趣想复现或个性化定制思路的朋友,欢迎直接联系小记者,复杂分析搞不定也可以找小记者来帮忙,专业团队为你量身打造最佳创新思路,助力你的科研之路走的又快又好~ 


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