有多少人给自己定的科研小目标是发一篇10分+？
10分+对于做基础实验方向的朋友来说，其实是比较难的，机制需要很深入，工作量很大。但用生信或者这段时间强推的孟德尔随机化和数据库分析就没那么难，来，看个比较极端的例子，本科生就以共同一作身份发27.7分的Mol Cancer，做的是生信+实验，是谁羡慕了，我不说！
这篇文章出自广东医科大学和暨南大学团队，广东医科大学2019级公共卫生学院本科生庄楷、2021级药学院本科生王丽珊以共同第一作者身份在《Molecular Cancer》(IF= 27.7、中科院/JCR 1区)以Letter形式发表《Assessment of SWI/SNF Chromatin Remodeling Complex Related Genes as Potential Biomarkers and Therapeutic Targets in Pan-cancer》的论文，该研究联合生信和单细胞分析评估SWI/SNF染色质重塑复合物（SCRC）相关基因作为泛癌潜在生物标志物和治疗靶点的潜力。研究生院副院长黄遵楠教授与特聘副研究员王娇娇为本文通讯作者。
这么看，文章就是个基因集泛癌分析+预后模型构建，最后加了一点验证实验，咋就能发27分顶刊分呢？小记者认为主要是SCRC基因集选的好，该方向的泛癌研究较少，有一定的研究意义和较强的创新性。
下面来跟着小记者具体看看吧~
常规生信、预后模型用的好还是能发高分的，思路送到眼前啦，下一步就是实践！什么？这个分析复现有难度？那还等什么，找小记者来帮你啊，咱有专业团队，为您精准提供个性化服务~
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题目：SWI/SNF染色质重塑复合物相关基因作为泛癌潜在生物标志物和治疗靶点的评估
杂志：Molecular Cancer（IF=27.7）
发表日期：2024年8月
公众号回复“999”领取原文PDF，文献编号：241030
研究背景
最近的研究发现在多种癌症类型中，负责编码SWI/SNF复合物亚单位的基因突变发生率很高。尽管SWI/SNF复合物的异常表达和突变在癌症中普遍存在，并且在某些癌症类型中已经研究了一些突变，但是在泛癌中的SWI/SNF复合物的情况仍然需要进一步研究。
研究思路
作者综合分析了泛癌中29个SCRC相关基因（SCRGs）的表达差异、体细胞突变、潜在的生物学途径、间质或免疫细胞浸润以及药物敏感性。此外，还利用单细胞数据评估了肾透明细胞癌(KIRC)中SCRGs的进化趋势。随后进行预后分析并建立预后模型，评估其预测性能，比较高低风险组间免疫治疗反应差异。最后在肾癌细胞中利用qRT-PCR验证基因表达，利用CCK8实验检测预测药物的细胞毒性。
图1：研究流程图
主要结果
1. SCRGs中基因表达、遗传改变、免疫浸润、信号通路和药物反应性的差异
14种肿瘤类型中有13种的SCRGs表达发生了改变，与预后密切相关，30.9%的肿瘤患者发生了突变。SCRGs还与免疫相关通路和肿瘤转移通路密切相关。SCRGs的表达与免疫评分或间质评分呈正相关，但与肿瘤纯度呈负相关。确定了三种潜在的药物(FK866、甲磺酸异匹西布和WZ3105)来靶向SCRGs。（ps：这个分析的数据量挺大的，这么大的工作量一定得用服务器，要不然跑得太慢了，想试用服务器联系小记者，双11还有超多优惠）
图2：SCRGs的基因表达、遗传改变、免疫浸润、对信号通路的影响以及对药物的反应性
2. KIRC肿瘤细胞进化与SCRGs预后模型的构建
在KIRC，scRNA-seq分析表明，在肿瘤细胞发展过程中，SCRC的富集和与免疫细胞的通讯频率显著下降。在KIRC构建了一个基于11个SCRGs的预后模型，并有效地预测了KIRC的预后。通过qRT-PCR和CCK-8试验分别验证了从KIRC预后特征中鉴定的11个预后基因的异常表达以及FK866和甲磺酸异匹西布对KIRC的细胞毒性。
图3：KIRC肿瘤细胞演化与SCRGs预后模型的建立
小结
这篇文章研究方向比较新颖，但分析模式还是常规套路，可复现性很高！所以不是预后模型发不了高分了，而是老套路/老方向不行了，要么换新思路、要么换新方向，只要新颖就能发文！想在这个方向发文的朋友，思路学起来吧！后浪如此强劲，前浪不努力往前爬迟早被拍在沙滩上啊~这个分析工作量比较大，复现路上有困难可以随时联系小记者！专业生信分析团队，十年分析经验，思路设计、个性化分析都不在话下，助力你的科研一路畅行！想自学R语言、机器学习的朋友也可以看一看线上视频课，随到随学，点击链接结听课！
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