来来来，小记者今天又发现一个新思路，就是这篇文章才发到2区4.8分，属实有点亏！亏在哪呢？
主要是文章亮点很多啊，有新思路也有新方法，工作量很饱满，就是发的文章不乐观···
下面听小记者细分析：
1. 思路新：这篇文章在常规预后思路上大胆创新，先利用单细胞分析筛选“预后相关细胞”，就这一步应该很多人都没见过吧，不瞒大家说，小记者也是头回见这么分析的，创新性很高；然后用MR分析进一步鉴定与预后表型有因果关系的基因，再对基因进行分析和验证。整个思路很连贯，也很新颖，还涉及到多组学数据的应用，从多个角度筛选预后基因，非常值得大家学习！
2. 方法新：作者在单细胞分析时用到了一个新算法“scissor”，用它将bulk转录组中的临床特征与单细胞数据联系起来，识别预后相关细胞。这个算法的使用很少见，创新性较高，感兴趣的朋友可以尝试下！
朋友们看完这些亮点有没有觉得文章发亏了呢？毋庸置疑，这是一个好思路，也是很值得大家去参考借鉴的思路，尤其是想做肿瘤预后的朋友，这个思路超级适合你！另外，从这篇文章也能看到，MR分析已经在抢占生信发文根据地了，比如基因筛选、预后分析这些生信老巢已经有MR分析的身影，可见其应用之广泛！小记者真诚提醒大家，放下对MR分析的偏见，这是个不可多得的好工具，如果一味去抵制，那你的发文可选空间只会不断被它压榨，何为借他的东风实现快速发文呢？看完想上车复现新思路或者自己分析搞不定分析的朋友，欢迎直接找小记者，能评估发文可行性，个性化设计思路，还能定制化分析，专业团队尽量让你的发文少走点弯路，看准时机赶紧发文！
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题目：一项整合多组学生物信息学和孟德尔随机化的全转录组关联研究揭示了ADAMDEC1在结肠癌中的预后价值
杂志：Archives of Toxicology（IF=4.8）
发表日期：2024年12月
研究背景
每年诊断出大量的结肠癌，占恶性肿瘤的 9%。即使相关研究取得进展，结肠癌的 5 年生存率仍不到 60%，表明改善结肠癌的预后仍是需要克服的挑战。
研究思路
该研究利用“scissor”算法将单细胞测序数据和bulk转录组数据的预后信息整合，以筛选预后相关细胞(PAC)。基于表达数量性状基因座数据和GWAS数据利用SMR分析来鉴定结肠癌患者中与预后表型有因果关系的基因，并使用五种传统的双样本孟德尔随机化方法来证实结果。在2个验证集中验证基因与预后的相关性，并利用真实世界的组织队列进行IHC验证基因表达。Ps：生信分析想要快，服务器必不可少！生信日报提供服务器租赁服务，联系小记者可免费试用，更多优惠欢迎来询~
图1：研究思路图
主要结果
1. 单细胞分析鉴定9种细胞亚型， scissor算法鉴定出大多数PAC是成纤维细胞，伪时序分析显示PACs 存在于各种分化状态的成纤维细胞中，而 ADAMDEC1 在高度分化的成纤维细胞中表达更高
图2：scissor算法分析和伪时序分析
2. Cellchat分析发现PAC主要通过8条通路与其他细胞通讯
图3：细胞通讯分析
3. 功能富集分析显示PACs 在TNFα信号传导、凝血和血管生成等途径中富集，并显著影响预后
图4：细胞的功能富集分析
4. PACs 差异分析得到预后基因，利用SMR分析鉴定基因与预后间的因果关系，发现AMAMDEC1基因与结肠癌患者的总生存率有显著相关性
图5：SMR分析
5. 双样本MR分析验证了AMAMDEC1基因与结肠癌预后的显著相关性，共定位分析同样证实ADAMDEC1与结肠癌的预后有因果关系
图6：双样本MR分析
6. KM生存分析显示AMAMDEC1高表达与结肠癌良好预后相关，单细胞分析发现ADAMDEC1与免疫细胞和免疫相关基因特征相关
图7：验证集中分析ADAMDEC1与预后和免疫特征的相关性
7. 使用结肠癌组织阵列进行 IHC 实验来证实ADAMDEC1的表达，显示其在肿瘤中低表达，且低表达与不良预后相关
图8：IHC验证
8. ADAMDEC1 的生物学功能分析和候选药物分析
图9：ADAMDEC1 的生物学功能分析
图10：ADAMDEC1与潜在治疗药物的分子对接
小结
这个文章的思路设计和分析方法都非常新颖，单细胞+MR分析的联合思路直接打入生信根据地，这么好的发文工具你可不能错过！另外，文中的新算法也可以尝试用下哦~想第一时间追赶新思路的朋友，跟着小记者的每日推荐就可以，想评估发文思路、可行性，数据处理自己搞不定的朋友，可以直接滴滴小记者来帮你，专业团队为你保驾护航，1V1定制创新思路和分析~有一定生信基础的朋友，需要生信服务器也可直接联系小记者，咨询就享优惠！另外，生信日报还上线了MR分析视频课，想先自学一下MR分析的朋友可以点击链接听课，随到随学，听课不限次数
