如题,是谁的“梦中情刊”能稳坐1区Top?
大声说出它的名字:网药!
这波分区更新,网药友好期刊几乎没受啥影响,比如Phytomedicine仍稳坐1区Top刊,Journal of ethnopharmacology、Journal of Translational Medicine、International immunopharmacology和Drug design, development and therapy仍保持在2区,这说明咱们中医药相关文章和研究质量较高,做的很扎实,所以文章保值,杂志也稳定!
当然,这些友好期刊的分区稳定,对于网药发文是一个很好的促进点,毕竟网络药理学作为一种比较简单实用的生信分析手段,是中医药现代化研究的一个非常好的切入点,国家政策扶持,生信技术发展以及杂志的稳定性都预示着,网药的良好发展前景,所以网药思路放心用起来!
下面看一个成都中医药大学团队的文献示例,研究桂枝芍药知母汤治疗类风湿性关节炎的潜在机制:
1. 研究目标的选择:药物研究目标是中药复方桂枝芍药知母汤,疾病是在类风湿性关节炎,两者结合的选题研究较少并且是个研究热点,所以有一定的创新性和研究价值;
2. 联合思路设计:文章整合网药+单细胞分析+MR分析+诊断模型构建+分子对接,除了UPLC成分鉴定实验外,其余都是生信分析,联合思路简直太香了,一波操作下来省了很多体内外实验,这样既缩减了周期又节省了经费,创新性还高,直接发到了1区6分+的期刊上,超值啊!
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题目:基于多组学因果关联推理的生物信息学分析揭示桂枝芍药知母汤治疗类风湿性关节炎的潜在机制
杂志:Phytomedicine(IF=6.7)
研究背景
类风湿性关节炎(RA)是一种流行且目前无法治愈的自身免疫性疾病,现有的常规药物治疗效果有限。千百年来,以桂枝芍药知母汤(GZSYZM)为代表的传统中药(TCM)已被证明在类风湿性关节炎的治疗中具有独特的优势,且探讨GZSYZM治疗RA的潜在机制是中医药领域的一个研究热点。
研究思路

研究流程图
主要结果
1. RA相关DEGs和WGCNA分析所得的RA相关模块基因组合得到RA相关靶点

图1:RA相关靶点的鉴定
2. 利用UHPLC-Q-Orbitrap-HRMS技术鉴定GZSYZM水提物中的活性成分,网络药理学分析获得GZSYZM活性成分和相应的靶点,构建“中药-成分-靶标”网络。然后基于RA相关靶点和GZSYZM相关靶点构建PPI网络,利用分子复合体检测算法筛选117 个 GZSYZM-RA 核心基因

图2:GZSYZM-RA 核心基因的获得
3. 对117个GZSYZM-RA核心基因进行GO和KEGG功能富集分析,结果显示,基因在几种自身免疫相关的途径中富集,特别是PI3K/AKT信号途径

图3:GO和KEGG功能富集分析
4. 基于CIBERSORT算法的免疫浸润分析和相关性分析显示,GZSYZM-RA核心基因与单核细胞、CD8+T 细胞、激活的树突状细胞之间有强相关性
图4:免疫浸润分析
5. 单细胞分析鉴定出5种细胞亚型,AUCell评分证明了GZSYZM-RA 核心基因在单核细胞,特别是非经典单核细胞上的PI3K-AKT信号通路中的积极表达

图5:单细胞分析
6. 利用MR分析和共定位分析进一步鉴定了7个与RA有因果关系的核心基因,包括CASP8,PPARG,IKBKB,PPARA,IFNG,MYC,以及STAT3

图6:MR分析

表3:对 7 个潜在致病基因进行反向MR分析、贝叶斯共定位分析和Steiger滤波分析
7. 基于以上7个基因建立列线图,ROC曲线、校准曲线和决策曲线证明其良好的诊断预测性能

图7:GZSYZM-RA 核心基因对RA的诊断价值评估
8. CASP8 作为GZSYZM- RA核心基因中疾病和中药候选靶点的交集,是最关键的靶点。因此利用分子对接分析GZSYZM 候选成分与 CASP8 的亲和力和相互作用模式,发现CASP8和GZSYZM具有高对接分数,其中三个关键成分表现出强结合亲和力
图8:分子对接
小结
这篇文章的思路很丰富,研究涉及到多个维度,创新性更高,能在中医药1区TOP刊上发表几乎纯生信的文章,这个思路的实力真的很强!网药发文不想走干湿结合路子的朋友,可以考虑上车这种联合思路,既能融合多个热点分析手段,提高结果可靠性,又能大大减少实验量,省时省钱省力,还能跟干湿结合文章一样发1区,真的很超值!中医药创新思路花样翻新,建议紧跟小记者脚步,获得第一手思路!想复现这个联合思路或者做个性化生信分析和思路设计?欢迎随时联系小记者!专业团队为你保驾护航,1V1定制创新思路!
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