来来来，朋友们，今天给大家介绍一个超级牛的纯生信发文组合——UKB分析+孟德尔随机化！这个思路配方最早发的国内团队是复旦大学华山医院的郁金泰教授团队，他们就凭这个思路的各种变型使用，光今年已经发了9篇生信顶刊了，其中用的最多的就是UKB蛋白组分析+MR分析，发文效果非常牛，强推！
今天小记者又发现了一篇用这个组合的文章，来自首都医科大学团队，发的7.4分纯生信，性价比很不错，下面直接来看亮点：
1.选题：聚焦葡萄糖代谢异常患者中与CKD相关的蛋白，虽然CKD中的蛋白组研究已有不少，但针对葡萄糖代谢异常个体的CKD生物标志物研究还非常少，这是一个研究缺口，作者就由此开展大规模蛋白组分析，创新性和研究价值都比较高！
2.数据：该文章用到了UKB数据库中的8w+参与者的蛋白组学数据和部分参与者的GWAS数据、以及UKB-PPP 和deCODE 中的pQTL数据，大规模数据的多维度全面分析，大大提高了文章的质量和竞争力！当然大规模数据分析也离不了生信服务器的支撑，咱们这边共享/独享服务器都有，2位数就能用1个月，还有一对一技术维护群，相当划算了，有需要滴滴小记者即可~
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3.思路：文章在UKB蛋白组分析+MR分析大框架之下，又加入了组织特异性、基因表达、敏感性分析以及分子对接，进一步丰富了文章内容，也拓展了研究深度，所以纯生信就拿下不错的分数！并且文章除了数据处理量较大外，分析方法部分并不复杂，实操难度不算太大，很适合模仿复现~
冲击高分纯生信的思路已到位，不论是大规模数据应用，还是UKB+MR联合思路设计，参考价值都非常高，必须得学一波！实操过程中有难度的话，可以找大风哥协助！创新思路设计→个性化生信分析一步到位，有需要随时联系！
题目：综合分析确定了糖代谢异常参与者中与慢性肾脏病相关的新蛋白质
研究思路解构
1.数据：来自UKB等数据库的多组学数据；
2.思路方法：
1）采用正交偏最小二乘判别分析（OPLS-DA）来选择差异表达的蛋白质，并进一步基于蛋白质组学数据利用Cox比例风险模型来识别糖代谢异常参与者中与CKD相关的候选蛋白质；
2）基于GWAS数据和来自 UKB-PPP 的 pQTL 汇总数据，应用两阶段最小二乘法进行单样本MR分析，以验证候选蛋白质与CKD之间的因果关系；
3）基于GWAS数据和来自deCODE 的 pQTL 汇总数据，应用 Wald 比率或IVW）方法进行双样本MR分析，进一步验证候选蛋白质与CKD之间的因果关系；
4）使用公开可用的数据库进一步评估由蛋白组分析和至少一种 MR 方法支持的蛋白质的新颖性，发现新的与CKD相关的蛋白质；
5）通过多基因风险评分评估每个心血管疾病结局的遗传风险；
6）利用HPA等数据库进行基因表达分析、组织特异性分析及敏感性分析以增强研究结果的可信度；
7）利用CTD数据库筛选针对这些已鉴定蛋白质的潜在治疗药物，并进行分子对接评估蛋白质与已知能够上调其表达的小分子药物之间的结合相互作用。
主要结果展示
1. 观察性分析确定了603种与CKD相关的候选蛋白质
2. 通过综合观察和MR分析，共鉴定出45种与糖代谢异常受试者CKD显著相关的蛋白质，其中11种是新发现：CD300C、CD300LG、CDNF、CDSN、CHRDL1、ENPP6、LEFTY2、MOG、RSPO3、TNFRSF13B和MYLPF，其中ENPP6 在所有分析方法中都有一致的证据
3. 转录组和HPA数据分析发现，ENPP6 显示出肾脏特异性表达，特别是在肾小管周围和近端肾小管细胞内，KM分析发现ENPP6高表达组患CKD的风险较低，这些发现通过全面的敏感性分析得到了有力的验证
4. CTD筛选出三种能够上调 ENPP6 表达的药物：恩替诺特、炔雌醇和唑来膦酸，分子对接显示这3种药物与ENPP6均能稳定结合
小记者话生信
看完文章，不得不再次感叹：“UKB分析+孟德尔随机化”思路模式的发文实力也太强劲了，高分纯生信说发就发啊！
除了这个思路模式，这篇文章还用到了大规模数据应用和表达验证、药物筛选、分子对接等额外分析，分析量确实不小，质量也过硬，但单个分析方法的实操难度并不高，所以参考价值很高，很适合复现！
此外，除了UKB数据库与MR分析联合，GBD和NHANES与MR分析联合使用的也越来越多，并且GBD和NHANES更偏统计分析，会比UKB蛋白组分析稍微简单点，担心大规模多模态多组学数据处理有难度的朋友，也可以考虑上车“GBD和NHANES与MR分析联合思路”！想用纯生信拼高分，就抓住“UKB等数据库分析+MR分析”这条线，用上它，下一篇顶刊就是你的！思路设计搞不定？大规模数据分析不了？找小记者！专业的思路设计和生信分析团队为您提供1V1的方案定制服务，有需要随时联系~
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