大数跨境

真新鲜,网药还能结合UKB分析!不做组学也能发Phytomedicine,华科刘烈刚团队这招很妙

真新鲜,网药还能结合UKB分析!不做组学也能发Phytomedicine,华科刘烈刚团队这招很妙 生信日报
2025-12-25
0

网药现在的文章中十之有八都会做组学测序,尤其是想发到Phytomedicine这种1区顶刊的文章,所以大家也都在卷组学,包括来咱们这边做网药分析的朋友也都要求加上多组学,那只有“跟着卷”这一条路可走了吗?

并不是!咱们其实可以从“研究目标”和“思路”上求创新,用好了轻松冲高分拿顶刊,还可以试下纯生信发文:

其一,从研究目标上创新:一个是药物层面,可选民族药、罕见药、院内制剂、古方、西药、药食同源、功能性食品中医治疗方法肠道菌群代谢产物等等另一个是疾病层面,选研究少的疾病(比如罕见病)、或者共病、多病;

其二,从思路设计上创新一个是打造多热点思路,网药联合一些机器学习、孟德尔随机化、单细胞分析等热点另一个是另辟蹊径,之前给大家分享过用“meta分析+网药”思路发2区纯生信的文章,今天又找到了一篇UKB数据分析+网药的联合思路,无需组学测序,只加了点实验就发到了Phytomedicine,效果相当哇塞!如果UKB数据获取不到也可以换成NHANES数据,满足关联性研究目的即可,NHANES数据用起来能更方便一点~

欧洲越橘提取物改善膳食晚期糖基化终产物诱导的肌肉损伤)

1.研究目标:首先这里选的是欧洲越橘提取物EBE和膳食 AGEs 引起的肌肉损伤,药物和疾病都是比较少见的目标,创新性非常高,给文章发顶刊送上第一波助力~

2.思路:设计为UKB数据分析+实验+网药分析的联合思路,UKB分析超加工食品(UPF)和浆果摄入与肌肉量的关联→动物实验验证→网药分析靶点和机制→实验验证机制,干湿结合形成从流行病学关联→分子机制的逻辑闭环,虽然没用组学,但质量依然在线,内容也很丰富!整体实操难度中等,适合复现,不想做组学的朋友推荐使用!看到新思路不知道怎么模仿复现?直接联系小记者根据咱们团队的项目经验,这个分析量1个月左右就能完成,需要协助分析的朋友欢迎滴滴~

定制生信分析

生信云服务

研究思路解构

1.数据UKB数据库、多个化合物和疾病相关数据库

2.方法思路

1)纳入至少有一次 24 小时膳食回顾的UKB 参与者数据,使用 Cox 模型分析UPF(膳食AGEs的主要来源)和浆果(包含EBE)摄入量与低肌肉力量(LMS)和低肌肉质量(LMM)的关联;

2)以烘焙食品作为高膳食AGEs的代表,以EBE作为浆果的代表在动物模型中验证膳食 AGEs 和 EBE 对肌肉的影响;

3)利用UPLC-MS/MS技术对EBE进行成分鉴定,利用网络药理学分析鉴定AGEs与肌肉减少症的共同靶点以及花青素与肌肉减少症之间的共同靶点,分别构建PPI网络,并进行功能分析识别共享通路

4)体外实验检测AGEs 暴露后 EBE 和花青素对 L6 肌原细胞的增殖和分化的影响,并进行通路验证

主要结果展示

1.UKB分析显示,在平均随访 8.08 年后,该队列观察到 3439 例 LMS 和 1984 例 LMM。UPF 消费最高的四分位数参与者 LMS 和 LMM 的风险分别增加了 16%和 18%,高浆果摄入量可能抵消了高 UPF 消费参与者中 LMS 增加的风险

2. 动物实验表明,高剂量 EBE 减轻了由烘焙饮食(BD)引起的肌肉力量和功能下降

3. 通过UPLC-MS/MS在EBE样本中鉴定并测定了15种花青素的含量网络药理学分别鉴定出AGEs与肌肉减少症之间的120个共同基因,花青素与肌肉减少症之间的70个共同基因,富集分析确定了AGEs-肌肉减少症-花青素间的共享通路——AGE-RAGE信号通路

4. 体外实验显示,EBE 与 AGEs 的共同培养改善了 L6 肌细胞的增殖和分化,EBE通过调节AGE-RAGE信号通路,保护了L6肌母细胞免受AGEs的毒性作用,并且EBE比单一花青素效果更好

小记者话生信

这篇文章虽然没有做组学,但得益于新颖的研究目标和思路设计,依然达到了顶刊水平,直接发到Phytomedicine上,难度不大但质量比较高,这个模式非常值得学习和复现

这里再提醒一下不走组学之路的朋友,研究目标选择和思路一定要新颖,药物和疾病选研究少的,思路上要么另辟蹊径要么叠多热点,本文这个与UKB数据联合的模式就很不错,同理还可以替换为更简单的NAHNES分析不想做组学测序的朋友用起来吧~需要个性化生信分析和思路设计想加快发文进程可以直接小记者团队合作!专业团队为你保驾护航,1V1定制创新思路!

定制生信分析

生信云服务器

课题思路设计

单细胞测序

机器学习

网络药理学

临床数据库


【声明】内容源于网络
0
0
生信日报
内容 283
粉丝 0
生信日报
总阅读67
粉丝0
内容283