11.3分顶刊，99%生信，2个半月接受，大家觉得这样的文章要用多少热点？
这里用到了7大热点，包含方向热点（铁死亡）、思路热点（网络毒理学、单细胞、空转、机器学习、分子对接）、技术热点（虚拟敲除），文章做的非常精彩，所以它不发高分谁发高分！下面就根据小记者来好好看看，这些热点是怎么融合在一起的：
（邻苯二甲酸盐暴露促进子宫内膜异位症的机制研究：基于铁死亡视角）
这篇文章来自南京大学鼓楼医院，研究PAEs在子宫内膜异位症（EM）中的毒性机制：
1.研究目标：选择的是PAEs，它在网络毒理学中非常常见了，但在EM中的与铁死亡的关联机制并不清楚，可以满足基本创新性，其次关联上了铁死亡机制，增加了研究热点和深度，为冲高分提供了第一波助力；
2.思路设计：文章走的一个比较典型的多热点分析思路，网络毒理学筛选靶点，多种机器学习算法进一步找到关键靶点，针对靶点进行多组学分析（包含bulk、单细胞和空间转录组分析），虚拟敲除分析靶点对铁死亡影响，分子对接锁定结合，临床样本验证表达。虽然没做组学测序，但基于多组学数据做了分析，也做了体外验证，逻辑闭环很完整，还有scTenifoldKnk 虚拟敲除这种当红热门技术助力，文章质量非常高，所以99%生信就能轻松拿下11+顶刊，性价比简直太高了！并且文章虽然虽然用了很多热点，但思路逻辑并不复杂，大部分分析难度也不高，很适合复现，单细胞+空转分析、虚拟敲除自己搞不定的话直接滴滴小记者帮忙~
此外，这个模式除了能发高分，还很符合国自然胃口，从机制部分再往后延伸（可做组学、深度调控机制、药物递送之类的）一些就可以作为大课题了，很值得复现一波，先来篇生信，再拓展成大课题，一举两得！复现过程中，思路设计和分析实操都可以找【生信日报】来协助，有咱们专业团队在，3个月就能帮你搞定一套分析，开学季活动进行中，有需要直接滴滴！
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研究思路解构
1.数据：多个毒性物质和疾病相关公共数据库、bulk转录组、单细胞和空转数据
2.思路方法：
1）基于公共数据库进行网络毒理学分析，获取PAEs-EM交叉靶点，基于bulk转录组进行差异表达和WGCNA分析获得EM相关差异基因，两者与铁死亡相关基因（FRG）取交集，获得PAEs/EM-FRGs，进行富集分析；
2）利用12种机器学习算法的85种组合来训练和识别关键PAEs/EM-FRGs，根据最佳模型选择关键基因ARF6，在临床样本中进行表达验证；
3）对EM进行免疫浸润分析，并分析免疫浸润细胞与ARF6的相关性；
4）基于单细胞数据分析ARF6的细胞特异性表达，利用免疫荧光验证ARF6与上皮和间质细胞标志物的共定位；
5）将上皮细胞进一步聚类，分析ARF6的细胞分布，使用CytoTRACE分析细胞干性并评估ARF6与细胞干性的相关性；
6）对间质细胞同样进行聚类，分析ARF6的细胞分布，利用GSVA分析间质细胞的EMT潜能；
7）对上皮细胞和MSCs亚型进行伪时序分析EMT分化趋势，并分析ARF6表达与成纤维细胞中EMT分化程度的相关性；
8）空间转录组结合免疫荧光验证EM中的EMT，以及ARF6在EMT中的作用；
9）采用 scTenifoldKnk 算法对成纤维细胞中的 ARF6 进行虚拟敲除，以研究其对下游铁死亡基因的干扰效应；
10）分子对接评估PAEs与ARF6的结合作用。
主要结果展示
1. 网络毒理学和转录组综合分析确定了10个PAEs/EM-FRGs，主要与氧化应激、EMT相关通路、铁死亡相关
2. 机器学习识别出关键靶点ARF6并进行了表达验证
3. 单细胞分析发现，ARF6在上皮细胞和间质细胞中均有不同程度的表达，与这两者EMT相关细胞共定位
4. ARF6表达与上皮细胞干性呈正相关关系，间质细胞表现出高EMT能力，ARF6介导EMT过程以促进成纤维细胞分化
5.空间转录组结合免疫荧光证实了ARF6与EMT相关细胞的共定位
6.虚拟敲除分析显示，受干扰的基因在应对氧化应激时显著富集，揭示了 ARF6 在介导 EMT 过程中铁死亡机制中的作用。分子对接模拟识别了PAEs与ARF6之间的特定相互作用
小记者话生信
这篇文章做的非常丰富，有铁死亡机制、有虚拟敲除、单细胞+空转、机器学习等多热点分析，还有验证实验，整篇质量绝佳，发到11分+轻轻松松！单细胞等多组学分析和虚拟敲除新技术的提分作用还是很强的，并且虽然用到了多个热点但大部分分析难度不大，整合在一起又把机制摸索的明明白白，这就是好思路！另外再提醒下大家，网毒加实验趋势已经很明显了，想冲高分的话可以在思路和机制分析上下点功夫，本文这个思路就很值得参考复现！如果你对这个联合思路感兴趣，但单细胞分析实操有难度，可以找生信日报团队合作！可评估设计思路，可定制生信分析，专业团队经验丰富，有需要随时小记者！
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