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【生信工具篇】顶刊中的PCA图这么高级,怎么画的?看这里,有了这个零代码小工具,你也可以!

【生信工具篇】顶刊中的PCA图这么高级,怎么画的?看这里,有了这个零代码小工具,你也可以! 生信日报
2023-07-05
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导读:欢迎各位看官又来到【生信日报】的生信零代码小工具推荐栏目~ ~看到Top期刊中的一些华丽的生信分析图,你有没


欢迎各位看官又来到【生信日报】的生信零代码小工具推荐栏目~ ~

看到Top期刊中的一些华丽的生信分析图,你有没有想着自己啥时候才能画出这么好看的图?

不瞒朋友们说,小记者一开始看见这些炫酷的图也是觉得难不可及,但咱有神器呀!你想不想知道呢?

它就是小记者墙裂推荐的零代码生信分析神器——“云生信在线分析平台”,平台中包含几百个零代码分析小工具,从分析到作图应有尽有,只需上传数据,直接一键成图,超级适合生信小白使用哦。网址:http://www.biocloudservice.com/home.html,分析平台开源、注册登录后可免费使用。用上它你也可以轻松拥有华丽分析图,操作简单直接就能上手,对生信小白相当友好,想知道怎么用的话跟着小记者往下看吧!


上一篇给小伙伴们分享了箱线图和GO富集分析的棒棒糖图的分析工具,这一次再分享一个PCA绘制工具,只需要输入2个文件,一键运行即可得图,感兴趣的朋友快来尝试用一下吧!(ps:觉得有用的小伙伴麻烦点个关注哦,朋友们的支持是【生信日报】更新的最大动力!)



小工具工作原理


转录组的表达量矩阵都有成千上万个基因,这类高维度数据很难直接进行可 视 化 展 示 。为 了 能 够 在 二 维 平 面上展示,就需要对其进行降维,而PCA(pricinple components analysis,主成分分析)分析是目前最常用的降维工具。通过PCA分析就能在图上一眼看出哪些样品之间更像,哪些样品属于/不属于同一组。不仅适用于测序数据,也适合多个分组的数据。
PCA是一种常见的数据分析方式,常用于高维数据的降维,可用于提取数据的主要特征分量。PCA通常用于降低大型数据集的维数,方法是数据集中的指标数量变少,并且保留原数据集中指标的大部分信息。总而言之:减少数据指标数量,保留尽可能多的信息。该软件用TCGA数据来画主成分分析PCA的图,分析后台瞬时完成。


操作方法




Step 1 首先打开云生信在线分析平台,并登录使用。点击“多种PCA图的绘制进入小工具页面:

Step 2进入小工具页面后,可以看到上传数据选项,点击进入后,提示上传expr.csvmeta.csv文件。回到工具页面可以根据左上角输入数据模板制作数据。

Step 3点击“输入数据模板”,进入以下页面,可以看到给出了2个数据模板,点击数据可以在线预览和下载。


输入数据-1不同病人特定的基因表达谱数据【expr.csv

(第一列是样本名称,后面几列是各基因的表达量)



输入数据-2样本分组数据【meta.csv

(第一列是样本名称,第二列是组别)



vStep 4制作好数据后,在文件上传界面上传所有输入数据,点击上传文件。再返回到工具主页面点击“运行自有数据”即可跳转到结果展示页面。

vStep 5PCA图绘制工具共得到4张图,包括1个经典PCA图、2个带圈的PCA图和箭头版PCA图。可以在结果展示页面直接点击某个图进入预览页面,也可以直接下载使用。


结果说明


v经典PCAPCA_classic.pdf】:

v带圈的PCAPCA_DIY1.pdf】:

v多次叠加,画两个圆圈的图PCA_DIY2.pdf】:

v箭头版PCA图,标注特定基因的位置PCA_arrow.pdf】:


结语


简单好操作,又可以一键得4图的PCA图绘制,你学会了吗?动一动手指就能拿到高颜值的分析图,简直不要太适合新手朋友哦,感兴趣的小伙伴赶快来尝试一波吧!后面还有更多小工具推荐,敬请期待哦!



小记者话生信


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