数据不会说谎，让我们用事实说话。小记者最近看文献看的眼睛都酸涩了，不过所幸又发现了一篇新的孟德尔随机化研究【所以担心它没落的小伙伴担心早了】，人类对孟德尔随机化的开发不足1%（笑:-D）。
今天这篇文章还结合了Meta分析，一起来品读一下吧:
1、本研究选题新颖，与之前关于咖啡消费和IBD的研究不同，本文作者使用血浆咖啡因水平作为一种更准确的测量方法，不受个人咖啡因代谢差异和咖啡类型的影响，从而更清楚地了解咖啡因对IBD的真实影响。
2、本研究采用与CYP1A2或AHR基因周围±100kb范围内的全基因组显著性血浆咖啡因水平相关的单核苷酸多态性（SNPs）作为工具变量。
3、本研究对来自两个来源的MR相关SNPs进行了Meta分析，并使用乘性逆方差加权随机效应模型来组合每个SNP对结果暴露的影响。
4、本文研究结果表明，广泛摄入咖啡因可以降低IBD的发病率，有益于公众健康，并可能为确诊的IBD患者提供优势。想要紧紧抓住“MR”，发表同方向SCI的小伙伴们，不要错过本篇文章哦~ (ps：不知道怎么创新的小伙伴可以来找小记者！这里有新鲜出炉的生信热点方向，还有一大波的可复现的创新思路，感兴趣的直接来找我噢！)。
后台回复“999”获取原文献，文献编号240425
文章题目：通过孟德尔随机化揭示血浆咖啡因水平与炎症性肠病风险之间的联系
发表杂志：The American Journal of Clinical Nutrition
影响因子：IF=7.1
发表时间：2024年3月
研究背景
炎症性肠病（IBD）被广泛认为是工业化社会当代健康挑战的标志。IBD的患病率在西方国家继续稳步上升，而在新兴工业化国家，IBD的发病率正在迅速激增。
咖啡因被公认为一种精神活性物质，在发展中国家的消费量显著增加。在过去的二十年里，即使在发达国家，咖啡因的消费量也呈上升趋势。考虑到咖啡因在不同年龄组中的广泛使用，即使它对IBD的潜在影响仍然很微妙，它也可能对公共健康产生重大影响。因此，必须阐明咖啡因在IBD发生中的作用。溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）代表了慢性疾病，其最终治愈方法仍然难以捉摸；这些疾病通常在早期表现出来，并持续一生。咖啡因被认为具有抗炎特性，但关于其对炎症型肠病（IBD）影响的直接人群证据仍然很少。
数据来源
数据集/队列 |
详细信息 |
血浆咖啡因GWAS |
该GWAS数据集包括9876名欧洲血统的个体。数据集中包括的所有个体在禁食状态下进行了95次测量。 |
IBD GWAS |
共包括来源两个数据集：在第一个数据集中，作者确定了与IBD相关的特定表型，包括7625名患者，UC包括5034名患者，CD包括1665名患者。所有研究样本仅由具有欧洲血统的个体组成。 在第二个数据集-国际IBD遗传学联合会（IIBDGC）中，包括12882例IBD、6968例UC和5956例CD，IIBDGC数据集中的所有参与者都有欧洲血统。 |
研究思路
本研究中采用了两个样本的MR方法来仔细检查血浆咖啡因水平与IBD风险之间的潜在因果关系。本研究所用的所有数据完全来源于公开的全基因组关联研究（GWAS）汇总统计数据。利用基因的变异作为血浆咖啡因水平的指标，不仅可以缓解反向因果关系，还可以模拟随机对照试验，从而最大限度地减少混杂因素的影响。
图1 血浆咖啡因水平与IBD风险之间关系的双样本MR研究设计
研究结果
1.经过聚类和协调程序，共有8个SNP被初步确定为163个
其中，两个SNP（rs2472297和rs4410790）随后被排除在考虑之外，因为它们与吸烟或饮酒有关。结果，6个SNP作为最终MR分析的选定候选者出现。值得注意的是，这六个SNPs，来源于AHR和CYP1A2基因区，分别显示出27和22的平均F-统计，并适当考虑了SNPs之间连锁不平衡的影响（补充表S3）。FinnGen和IIBDGC用于MR分析的综合SNPs 数据分别显示在补充表S4和S5中。荟萃分析变异结果关联的结果以及MR Wald比率详见补充表S6。
表S3 基因预测血浆咖啡因水平与IBD及其亚型的孟德尔随机关联
表S4 来自FinnGen的综合snp数据用于孟德尔随机化分析
表S5 来自IIBDGC的综合snp数据用于孟德尔随机化分析
表S6 Meta分析变结果关联和孟德尔随机化沃尔德比
2.基因预测的血浆咖啡因水平升高与IBD的总体风险降低以及UC和CD 亚型一致相关
在作者的研究中，基因预测的血浆咖啡因水平升高与IBD的总体风险降低以及UC和CD 亚型一致相关（图2）。具体而言，遗传预测的血浆咖啡因的每一个标准差（SD）增加都与炎症性肠病例几率降低22%（OR=0.78，95%置信区间[CI]:66-0.91，PFDR=0.004）、UC 21例几率降低（OR=0.79，0.66-0.94，PFDR=0.014）和CD 22例几率降低（OR=0.88，0.62-0.98，PFDR=0.032）相关。
图2 基因预测血浆咖啡因水平与IBD及其亚型的孟德尔随机关联
3.敏感性分析
采用留一法的敏感性分析强调了作者的MR估计的稳定性，表明没有单个SNP过度影响作者的结果（补充图S1）。图3显示了两个独立的GWAS来源对IBD、UC和CD的单独和综合结果。两个来源的结果显示出相似的效果估计，个来源之间没有观察到明显差异。
图S1 IBD及其亚型患者血浆咖啡因水平的留一估计
图3 孟德尔随机化:来自两种不同数据来源的基因预测血浆咖啡因水平与IBD及其亚型的关联
研究结论
本研究中，基因预测的较高血浆咖啡因水平与较低的IBD风险相关，比值比（OR）为0.78（95%置信区间[CI]:66-0.91；PFDR=0.004）。在UC和CD中也观察到了这一趋势，ORs分别为0.79（95%CI:0.66至0.94；PFDR=0.014）和0.78（95%CI:0.62至0.98；PFDR 18=0.032）。本研究提供了直接证据，支持咖啡因对炎症性肠病（IBD）及其亚型、溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）的保护作用。
文章小结
看完这篇孟德尔随机化（MR）分析文章，有没有觉得在MR分析方向的研究还有很多可做之处？作者使用全基因组关联研究(GWAS)以及多个数据库进行孟德尔随机化(MR)分析，与之前关于咖啡消费和IBD的研究不同，本文使用血浆咖啡因水平作为一种更准确的测量方法，不受个人咖啡因代谢差异和咖啡类型的影响，从而更清楚地了解咖啡因对IBD的真实影响。直接拿下7分+的文章，效果不得不说很赞啊！想在孟德尔随机化方向做点新东西的小伙伴，不要错过这篇SCI，把握新思路的大好时机，千万不能错过！小记者坐等你的联系哦~
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