中科院2025期刊分区终于更新了，Phytomedicine这本网药“梦中情刊”仍然稳坐1区Top，这本期刊已经连续3年保持在中科院1区Top席位，并且影响因子几乎一直是爬升状态（除了2023年度小幅回落），预测今年影响因子能达到8分+，这说明杂志中的文章质量一直在线，很值得大家去参考学习！
咱们今天就看一个仅用了25天就接受的网药文章，要知道这个杂志的平均审稿周期是121天，那这篇能让杂志破例25天就接受的思路得有多强？一起来看看吧~
1. 研究目标：目标是回阳生肌汤和糖尿病皮肤溃疡，该复方治疗糖尿病皮肤溃疡的研究量较少，网药探索机制的文章更少，所以创新性较强；
2. 思路设计：该文章走的是传统网药+代谢组组学+分子对接+实验的进阶版思路，创新性更佳。用代谢组联合网药来探索机制比纯实验的风险低很多，也能得到更丰富的结果，一举两得！文章的网药分析部分比较简单，实验部分也都是些功能实验，不需要做复杂机制实验，难度比较低。整体来说，这个文章仅用25天就发到1区6.7分Top刊，网药+代谢组进阶思路设计功不可没，并且网药+组学已经是中医药发文大趋势了，这个思路还是很值得学习的，换个研究目标就能复制一篇高分，快冲！
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题目：结合代谢组学和网络药理学研究回阳生肌汤治疗糖尿病皮肤溃疡的机制
杂志：Phytomedicine（IF=6.7）
发表日期：2025年3月
研究背景
糖尿病性皮肤溃疡是一种糖代谢紊乱的临床疾病，治疗周期长，易反复发作。回阳生肌汤（HYSJD）是临床治疗的有效中药，但其对糖尿病皮肤溃疡患者的代谢作用尚未得到很好的研究。
研究思路
首先使用网络药理学筛选HYSJD治疗糖尿病伤口的潜在机制。进行UHPLC-MS/MS代谢组学分析和相关性分析，研究潜在的靶通路和基因，并利用 MetaboAnalyst 网站建立代谢物-基因-疾病相互作用网络，筛选出关键代谢物和基因。此外，利用细胞和分子生物学实验对 db/db 糖尿病伤口组织和 RAW264.7 巨噬细胞炎症模型进行了功能和机制验证。最后将活性成分与关键靶点进行分子对接。ps：组学检测后分析的数据处理量会大一些，推荐直接用服务器，自带GPU，赶紧给你的分析提提速吧！有需要直接联系小记者~
图1：研究流程图
主要结果
1. 网络药理学分析确定了244个常见药物-疾病靶基因，进行PPI网络鉴定出11个主要靶点，富集分析揭示HYSJD主要通过调节PI3K/AKT信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂抗性、代谢通路及其他相关代谢通路发挥治疗作用
图2：网络药理学分析
2. 代谢组学分析
获取各组小鼠血清样本进行UHPLC--MS/MS代谢组学分析，发现HYSJD和模型组的代谢部分重叠，表明HYSJD治疗后对糖尿病诱导的代谢紊乱具有潜在的保护作用。3组间共鉴定出16种差异代谢物，无监督聚类分析显示3个组的代谢物表达模式可以显著分离。与对照组相比， HYSJD治疗组的血清中L-赖氨酸含量增加，而亚油酸和脱氧胆酸的含量降低，这些物质参与生物素代谢。将16个差异代谢物和244个常见药物-疾病靶基因导入MetaboAnalyst建立代谢物-基因-疾病相互作用网络，发现亚油酸是治疗糖尿病并发症的关键代谢物，PPARγ是关键靶点。
图3：代谢组学数据分析
图4：差异代谢物分析
图5：差异代谢物的聚类分析
图6：差异代谢物的统计分析
图7：差异代谢物富集分析
图8：差异代谢物的关联网络分析
3. 体内实验证明，HYSJD促进了VEGF和PPAR的分泌和表达，从而加速了db/db糖尿病小鼠的伤口愈合
图9：体内实验
4. 体外实验表明，HYSJD抑制巨噬细胞ROS产生，增加线粒体ATP产生，提高线粒体膜电位，并降低线粒体ECAR率
图10：巨噬细胞活性氧分析和线粒体染色
图11：RAW264.7巨噬细胞氧化磷酸化和糖酵解功能测定
5. HYSJD通过调节PPARγ促进M2巨噬细胞极化
图12：HYSJD通过PPARγ促进M2极化
6. 分子对接结果表明，HYSJD中的活性化合物主要通过氢键作用与PPARγ蛋白结合，并且存在强而有利的相互作用
图13：分子对接
小结
这篇文章应用了网药+代谢组学+实验的高级思路，分析做的很扎实，用上组学就是能一下出很多图，内容一下子就丰富了起来，并且网药+组学也是发展大趋势，选它冲高分准没错！整体分析和实验难度都不大，比较容易模仿复现，换个研究目标套思路走起！中医药创新思路花样翻新，建议紧跟小记者脚步，获得第一手思路！想复现这个联合思路或者做个性化生信分析和思路设计？欢迎随时联系小记者！专业团队为你保驾护航，1V1定制创新思路！
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