Nat Commun|孟德尔随机化凭4图登上“水刊”之王！1000+代谢物，2000+疾病，看南医大尹先勇团队如何“以量取胜”！- 大数跨境

Nat Commun|孟德尔随机化凭4图登上“水刊”之王！1000+代谢物，2000+疾病，看南医大尹先勇团队如何“以量取胜”！

生信日报

2025-04-14

最近刚出的中科院分区，一直被戏称“水刊”之王的NC依然稳坐一区宝座，说人家“水”的，有多少人都梦想发一篇NC呢？又有几个期刊能达到它的水平？

近日，南京医科大学尹先勇教授联合国外团队在NC发表了一篇孟德尔随机化方向的文章，评估1099种血浆代谢物对2099种二元疾病终点的潜在因果影响。单从数据上就能看出这项研究的数据量之大，分析方法上相对比较常规，只用到了双样本孟德尔随机化，复现起来难度降低，想复现的朋友这种“以量取胜”的思路也是一个不错的选择哦！

担心电脑不给力的朋友可以考虑咱们的服务器，各种软件、R包已经给您预装好了，即开即用，非常方便；自己搞不定的直接联系小记者，从选题到分析小记者帮你一站式解决，包满意哦~

定制生信分析

生信云服务器

(加微信备注99领取试用)

题目：评估1099种血浆代谢物对2099种二元疾病终点的潜在因果影响

研究背景

代谢物是一种小分子，可用于估计疾病风险和阐明疾病生物学。该研究进行了双样本孟德尔随机化（MR），以系统地推断METSIM（男性代谢综合征）研究中6136名芬兰男性中测量的1099种血浆代谢物对FinnGen中309154名芬兰人中测量的2099种二元疾病终点风险的潜在因果影响。

数据来源

1099代谢物的GWAS汇总统计数据来自METSIM（一项单点队列研究，旨在调查2型糖尿病和心血管疾病的危险因素）；

2099种疾病特征的GWAS汇总统计数据来自FinnGen （release 8）数据库。

主要结果

总结MR结果

为了确定人类疾病的潜在致病血浆代谢物，使用单变量MR分析，评估FinnGen研究中1099种代谢物对2099种二元疾病性状的因果效应(图1 a)。在FDR < 1%的情况下确定了70种血浆代谢物对183种疾病特征的282种潜在因果效应的证据（图2），突出了血浆代谢物水平与人类健康的相关性。

70种推定的因果代谢物包括脂质、氨基酸、异种生物、辅助因子和维生素、核苷酸、碳水化合物、肽和部分表征的分子。与评估的1099种代谢物相比，70种推定有因果关系的代谢物在氨基酸中富集，在外源物中缺失。70种血浆代谢物对1-26种疾病性状具有显著的推定因果效应，其中32种代谢物显示出对一种以上疾病特征的显著推定因果关系（图1b， c）。183种疾病特征中的每一种都有1-6种潜在的因果代谢物；53种具有≥2种潜在的因果代谢物（图1d）。

图1

图2

疾病的潜在因果代谢物

在282个假定的因果效应中，再现了几个已知的关系。例如，发现低血浆脂质糖基- n -硬脂酰-鞘磷脂水平与冠状动脉疾病风险增加有潜在的因果关系。血浆n -乙酰缬氨酸水平升高可降低2型糖尿病的风险。高水平的血浆n -酰基α氨基酸n -乙酰谷氨酸和n -乙酰蛋氨酸可能会降低2型糖尿病的风险。三种n -酰基α氨基酸n -乙酰缬氨酸、n -乙酰谷氨酸和n -乙酰蛋氨酸显示出明显的表型相关性，并共享许多IVs（图3）。

图3

潜在的因果代谢物在疾病之间共享

确定了32种代谢物的证据，这些代谢物可能对一种以上的疾病性状产生因果影响(图1b和图2)。在这32种代谢物中，25种对两种或两种以上的疾病类别显示出显著的潜在因果效应（图1c）。

同一疾病的潜在独立因果代谢途径

单变量MR鉴定了53种疾病特征与一种以上的假定因果代谢物，其中包括41种代谢物的152种潜在因果关联。多变量MR鉴定出17种代谢物对23种疾病性状的20种显著推定因果效应。为了提供更多的见解，作者计算了70种重要代谢物对每对的表型相关性和IV效应（rIV）相关性（图3）。发现对于相同的疾病性状，一些潜在的因果代谢物对之间存在很强的相关性。

MR发现了N6,N6-dimethyllysine:N-methylpipecolate比值增加对焦虑型人格障碍风险的潜在因果影响的证据（图4）。