众所周知基因决定蛋白的水平，但因为蛋白互作等，导致mRNA表达水平并不能与蛋白质水平划等号，所以单单研究转录组并不能体现修饰对蛋白质功能与活性的改变过程，这就需要引入蛋白质组学。
小记者先给大家讲几个目前蛋白质组学发文最火的几个思路吧：
蛋白质组学+翻译组：挖掘翻译效率对下游蛋白质丰度生物调控；
蛋白质组学+转录组学：探究基因在mRNA水平和蛋白水平的变化趋势；
蛋白质组学+代谢组学：探讨表型的直接相关性。
宝子们发现没有，这几个思路简单来说都是多组学技术，看来这多组学是非学不可呀，按照小记者的性子可不会只简单给大家介绍下思路就结束了，必须来点实际例子，比如说这篇由南方医科大学发表的文章，就应用了蛋白质组与转录组学，具体他们是如何分析的，感兴趣的宝子跟着小记者接着看下去吧～
Ps：对多组学感兴趣，但不知如何联合热门技术思路翻新？小记者的专业团队为你从生信分析，设计思路方面实打实解决，还不快来滴滴～
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数据来源
Dataset |
Platform |
Number of samples(groups) |
GSE102349 |
GEO |
88例鼻咽癌患者的RNA测序数据 |
这篇文章的蛋白质组学数据采用高分辨质谱法，在液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)模式下，采用数据非依赖采集(DIA)技术对多肽进行分析。基于预建谱图库或直接DIA策略进行多肽鉴定和定量分析。
研究思路
🔵建立了体外EBV再激活模型，以研究与病毒再激活相关的分子变化。
🔵通过转录组学（RNA-seq）和蛋白质组学（LC-MS/MS）分析，鉴定差异表达基因。转录组与蛋白质组联用，从而揭示与DNA修复和基因组完整性相关的失调通路，多组学技术目前被越来越多的人而熟知并应用到文章中，对于分析来说，它可以从多个角度综合分析；对于发文来说，多种组学能提高文章的发文竞争力。
🔵进行功能富集（GO&KEGG&GSEA）分析、PPI网络分析和生存分析，从而探讨关键基因的生物学意义。
🔵分析了鼻咽癌患者（GSE102349）的RNA-seq数据，以评估EBV再激活（BZLF1表达）与临床结局之间的关联。
选题介绍
🔵爱泼斯坦-巴尔病毒（EBV）感染在鼻咽癌（NPC）中起着核心作用，EBV主要有两种存在状态：潜伏期和溶解性再激活。有证据表明，BZLF1驱动的再激活可破坏细胞稳态，触发上EMT，通过破坏多个信号网络，BZLF1增强鼻咽癌的侵袭性和转移潜能。
🔵经过分析，这篇文章发现EBV再激活能够增强糖酵解。糖酵解作为细胞能量代谢的重要途径，在国自然中地位一直很高，这篇文章中后续对于关键基因的研究，可以从这方面入手，创新性完全足够。
研究结果
图1 从公共数据库获取鼻咽癌患者数据并定义筛选标准
图2 EBV裂解再激活模型促进鼻咽癌细胞转移并诱导细胞周期停滞
图3 候选基因簇筛选及其功能分析
小记者笔记
这篇文章通过整合转录组学和蛋白质组学分析，确定了与NPC中EBV再激活相关的预后基因标记，干湿结合的思路大大提高了文章分析结果的可靠性。
这篇文章最大的亮点便是对于十个关键基因的临床验证与预后意义，经验证的基因标记涵盖鼻咽癌发病机制中的多条关键通路，包括代谢、迁移、免疫逃逸、EMT、氧化应激反应和缺氧适应。
对于没有条件或者资金紧张的宝子们，小记者给大家推荐几个蛋白质组学的公共数据库：PRIDE Archive、MassIVE、PeptideAtlas以及iProX等。利用公共数据库做多组学分析除了上边所说的原因，还有许多优点，比如省去测序建库的时间，大大缩短了发文所需的时间，如果觉得用公共数据分析比不上自测序有创新性，咱们可以从思路和选题上弥补。如果选题敲定不了，或者想翻新思路，欢迎来滴滴小记者，专业生信团队在线等待～
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