细胞死亡研究领域近期是多点开花啊,前两天刚给朋友们分享过线粒体氧化膜裂死亡(Mitoxyperilysis)和核胞吞(nucleocytosis),这又来了个“铁衰老(Ferro-aging)”,它与铁死亡看起来很像,两者有何不同呢?铁衰老会不会也能像铁死亡一样,成为一个现象级生信热点呢?
首先小记者简单介绍下这个来自Cell Metabolism杂志的新概念,铁衰老是由年龄相关铁积累,促进由ACSL4调控的慢性脂质过氧化,从而促进细胞衰老和全身功能下降。虽然它与铁死亡共享ACSL4这个关键调节因子,且都与铁代谢失调相关,但它与铁死亡不同,铁衰老只会导致慢性细胞衰老和器官的渐进性衰退,而铁死亡属于一种急性的,以以细胞死亡为导向的反应。

下面重点分析下“铁衰老”的发文潜力,小记者查到这个方向目前全网文章仅1篇,生信发文0篇,又是一个超级大蓝海,并且衰老和铁死亡能做的疾病,铁衰老都能做,挖掘空间相当大!小记者团队已经整理好了相关基因集,抢发走起吧!1月份分享的Mitoxyperilysis方向这两个月咱们这边已经有十来个抢发项目了,小记者预测铁衰老的关注度也低不了,所以有想法的朋友们要抓紧出手了!需要协助抢发的话,欢迎联系小记者,咱们团队做细胞死亡相关项目经验超丰富的~
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由于铁衰老方向还没有生信文章,所以小记者先选了一篇近期发表的5分+细胞焦亡方向的文章来做个示范,思路都是可以通用的:

(整合单细胞和转录组分析基于机器学习鉴定出IBD 细胞焦亡生物标志物)
该文章用的是单细胞升级版标志物分析思路,分为3大模块,单细胞分析焦亡相关基因特征并获取候选基因→bulk转录组分析验证→机器学习识别诊断基因。这个思路逻辑比较简单,也比较好实操,主要靠单细胞分析和机器学习在提分,全文只有4张图,45天直接发到5+纯生信,这性价比相当炸裂了,很值得复现!此外,想做升级版思路的话,还可以用上虚拟敲除等新算法,加入空转、虚拟筛选内容,这样冲高分更有实力!
这篇文章用焦亡这个经典热点搭配单细胞升级版标志物分析思路都能发到5+纯生信,如果换成铁衰老新方向效果肯定更好,如果能用上空转、虚拟细胞技术,冲6-8分也不在话下!需要抢发的朋友可以直接call小记者,从个性化设计思路→定制化分析咱都齐备,专业团队很靠谱,2-3月左右就能完成核心分析,助您更快一步成文!
研究思路解构
1.数据:bulk、单细胞数据
2.分析流程:
1)基于单细胞数据识别细胞亚群,比较不同病理状态下的细胞组成;
2)使用 AUCell、AddModuleScore 和 GSVA 评估每个细胞中与细胞焦亡(这里就可以换成铁衰老基因集了)相关的基因表达特征;
3)根据 AUCell 和 AddModuleScore 细胞焦亡评分,将细胞分为高焦亡和低焦亡组分析差异基因,再与焦亡相关基因取交集,获得候选基因;
4)在bulk转录组中验证候选基因的差异表达,并进行功能富集分析;
5)利用5种机器学习算法筛选特征基因,ROC 曲线分析特征基因的诊断性能。
主要结果展示
1.单细胞分析识别出 18 个不同的细胞亚群,在炎症条件下免疫细胞亚群比例显著增加

2. 综合3种评分方法发现,细胞焦亡在巨噬细胞、上皮细胞和中性粒细胞中最活跃,结肠细胞等6个细胞亚群在 UC 和 CD 组中持续表现出高细胞焦亡。两种评分所得差异基因与细胞焦亡相关基因取交集得到19个候选基因

3.bulk转录组验证发现,16 个基因在黏膜和血液样本中均上调,功能分析将这些基因与细胞凋亡和活性氧物种途径联系起来

4. 整合5种机器学习识别出了6个关键诊断基因BASP1、LITAF、NAMPT、PHACTR1、PLAUR、PPIF,其中 BASP1 的诊断能力最强

小记者点评
虽然铁衰老这个方向刚提出,但关注的人已有不少,成为铁死亡这种现象级热点指日可待!咱们要做的就是趁着它现在生信0发文、创新性还是天花板的时期,尽快抢发!像“线粒体膜破裂死亡”这个热点,2个月内光咱们这边就有十几个抢发的项目了,可以预见“铁衰老”也会是这个速度,所以考验你手速的时候到了,当然找小记者团队协助也是一个快捷途径,有需要欢迎联系~
思路上咱们可以根据自己的需求来选择,用本文这个单细胞升级版标志物分析思路可以短平快发文,加入虚拟敲除、虚拟筛选、空转等热门技术后可以冲高分,这两类思路都很适合复现!对铁衰老新方向感兴趣的朋友抓紧行动起来吧,蓝海方向等你来挖!生信分析自己搞不定的朋友,可以直接滴滴小记者来帮你,专业团队为你保驾护航,2-3个月左右就能完成核心分析,助你快速抢发~
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