含水量过低导致的霉变。开窖后的青贮整体表现为焦黑色或深褐色，看似燃烧过一样；用手掂量、揉搓感觉轻飘而干燥、散落不紧实； 嗅之有焦糊蒸熏味道。这是由于青贮装窖时秸秆收获期较晚等原因造成原料含水量太低，使之在制作青贮时不易压实，其中存有空气较多，导致青贮开始发酵时原料中需氧菌呼吸强烈、十分活跃，造成温度急剧上升，高温几乎杀死所有的厌氧发酵菌，特别是乳酸菌。这样制作出来的青贮养分损失很大，营养价值很低。
含水量过高导致的霉变。开窖后的青贮整体或部分表现为墨绿色或黑褐色， 看似水洗过一样；用手掂量、揉搓感觉重而湿漉、紧实粘手、容易揉碎为烂泥状；嗅之有酸臭味道，品尝有苦涩味。这是因为青贮原料水分过大（超过80％）或青贮窖进水，造成丁酸菌发酵产生氨化物和水，引起青贮腐败变质。
青贮窖中间夹有霉变层现象。打开青贮窖有时可发现横断截面上有带状的霉变层，而且霉变层的厚度宽窄不一，有时呈等距离排列。这种情况多是由于受原料、天气、设备、人力及青贮方法等因素的影响，青贮原料装填不是一气呵成的，而是每天白天装填，晚上休息，或是在青贮过程中有间歇或停止一段时间后又继续装填的现象，而且装填的速度比较慢，在青贮过程中又没有均匀逐层压实和密封，致使部分暴露时间过长的青贮原料进行了有氧发酵开始腐烂，待新的原料覆盖其上时就会产生霉变层，凡是带有 霉变夹层的青贮，都是在青贮制作过程中发生间歇期间 有氧发酵造成的。
青贮窖顶部及四周有腐败变质现象。这种现象有一定的普遍性，主要原因是封窖的方法不正确造成的。好多覆盖封存青贮是把塑料薄膜压在青贮窖墙的外部和顶部，待青贮发酵后体积变小而发生下沉，青贮窖顶部及四周边缘则留出孔隙，同时容易把边沿的塑料薄膜扯烂，造成边缘透气，空气顺着边缘渗透进入顶部及四周，造成青贮窖顶部及四周边缘的青贮料腐败变质。
饲喂时青贮窖截面发生霉变现象。青贮料一般在 40 ~ 50 天完成发酵过程后，就可以开窖饲喂了。开窖饲喂后，如发现青贮窖截面有发霉、变黑和变质现象，这是因为青贮窖打开的截面大，饲养家畜数量少与之不配套、青贮摄取量少、取用进度过慢等原因造成青贮窖截面的青贮产生二次发酵，导致截面的青贮发霉变质。
在使用过程产生的其他霉变现象。密封好的青贮一般可以饲喂几年时间，随着青贮窖使用时间延长，外界环境对青贮窖会产生一定的破坏和影响。如风吹雨淋会使青贮窖顶部封盖的土层及覆盖物受到破坏，炎热及寒冷季节可导致封窖的塑料薄膜撕裂和破损，塑料薄膜的自然老化或被鸟类和禽类叨碎等，都会造成青贮窖封盖不严、透光透气、漏雨进水，造成青贮腐败霉变。
还有一种现象是开窖饲喂后不久，就会发现青贮窖的顶部边缘开始逐渐发霉变质，这是因为开窖后，青贮窖顶部透气引起的青贮二次发酵，造成霉变腐败。