由于灌溉而使土壤盐分累积，由此产生的典型问题就是土壤次生盐渍化。在半干旱干旱地区发展自流灌溉而导致土壤发生次生盐渍化，迄今仍然是一个尚未完全解决且具有普遍性的问题。近半个世纪以来，我国由于现代灌溉事业的迅速发展，干旱和半干旱土地灌溉面积不断扩大，因灌溉不当而引起土壤次生盐渍化的问题，已成为当今农业发展的主要障碍之一。我国北方的许多新、老灌区，如内蒙古河套灌区、宁夏银川灌区、山西汾河灌区、新疆皮墨垦区等灌区，都有土壤次生盐渍化发生，灌溉不当而抬，其原因主要是无节制灌造成灌水量太大，灌溉渠道渗漏，以及其他管理工作不善，而引起地下水位的抬升，随着灌区农田不断蒸发，携带矿物质的地下水便随水气聚集到地表，形成土壤次生盐渍化。
由于灌溉而导致土壤盐分累积主要有以下原因：在具有潜在盐渍化威胁的地区，运用引、蓄、灌、排等水利技术措施不尽合理，导致灌区地下水位普遍上升超过当地的地下水临界深度，这是引起盐分累积，进而土壤发生次生盐渍化最主要的原因。在相同条件下，地下水位越浅，矿化度越高，土壤积盐越迅速、越重即使在地下水矿化度不高的情况下，如其水位长期处于临界深度以上，也会引起土壤盐渍化这方面的实例国内外比比皆是。
如何避免过量灌溉？
为了更好的将作物根系分布与水肥一体化技术融合，笔者归纳为八句话：挖挖根拍照片，看看水咋回事。再看根怎么长，定饭量做食谱。渴一渴饿一饿，少喝点别喝多。怎么吃更营养，回头看改一改。这八句话中，第一句讲的是水肥一体化技术应用中我们需要根据实际情况（作物类型、土壤质地等）看清楚作物根系在土壤中的分布范围；第二句讲的是根据土壤质量情况，滴灌带流量等情况掌握不同时间土壤中水分运移规律；第三句讲水分对根系生长的影响，掌握滴灌水肥一体化后根系的具体分布特征；第四句讲的是根据作物类型、区域气候特征、土壤质地等因素，综合考虑确定灌溉制度和施肥制度；第五句讲的是作物生育前期的水肥控制，通过适当的控水控肥措施促进根系下扎，形成合理的根系分布区；第六句讲的是水肥一体化的灌溉施肥原则，即少量多次的原则；第七八句讲根系水肥根三者耦合，再调整的意义。
