滴灌系统对水质的要求很高，因此在使用前必须要对灌溉水进行严格的沉淀过滤处理，去除水体中的杂质和悬浮物，必要时还要使用通电沉淀。过滤后，也要对过滤器材及时清理。保证水体的水质，是防止滴灌器材堵塞的重要手段。每次使用滴灌进行灌溉后，都要对整体系统进行清理，保证管道器材中没有杂质残留，特别是滴灌施肥之后，更要对系统进行清理，避免肥料残留在管道中引起微生物的滋生。好多农民在灌水器的选择上也有着许多错误的认识。由于滴灌系统前期资金投入较多，因此农民在选用灌水器的时候通常选择价格便宜质量次的产品，这些产品本身抗堵塞性能就差，再由于日常管理养护不当，就更容易堵塞，选择优质合格的灌水器非常重要。与此同时，也要加强使用者的专业知识，做好滴灌系统的日常管理养护工作，尽量避免滴灌器材出现堵塞的情况。
滴灌系统要想良好工作，滴灌管得滴头必须出水均匀，均匀度至少要控制在90%以上。一切的设计措施都是围绕出水均匀这个目的来进行的。所以，过滤防堵塞在滴灌当中起着至关重要的作用。很多滴灌系统的失败都是因为滴头堵塞造成的，滴头堵塞的原因有很多。
主要原因有
一、灌溉水质差
灌溉水中含泥沙等杂物被水泵抽取进入管道及滴灌管后，杂物将流道堵塞而使滴头无法出水而引起堵塞。
解决方法：
1.对滴灌水进行预处理，这是防止堵塞的最经济有效方法；
2.合理安装过滤系统及滴灌管；
二、作物的根系入侵滴灌出水孔造成堵塞
作物根系的向水性及不均衡灌溉，会导致根系向滴灌出水孔生长，并伸入出水孔造成堵塞。
解决方法：
1.田间安装滴灌管时，慎选渗灌，滴灌管放于地面，减少根系入侵滴灌孔。
三、肥料溶解性差
造成滴灌堵塞的肥料原因主要是由于肥料溶解性差，肥料中的部分杂质进入滴灌设备中造成堵塞。
解决方法：
1.滴灌结合施肥，才能发挥高效益。但是，使用不恰当，会引起系统大面积的堵塞，严重还会使全部滴灌管堵塞。滴灌必须使用溶解性好的肥料，没有杂质，溶解快速，方便使用。常用的滴灌肥料有滴灌专用配方肥、悬浮肥、其它水溶性肥等。
如上面所述，水质、肥料、滴灌设备在滴灌系统中的作用相辅相成，只有选择好的水质、运用优质的肥料和配套滴灌设施，才能更好的保证滴灌系统正常运行，达到作物增产增收的目的。
